Changes

   1 $Id$
   2 Revision history for Bioperl core modules
   3
   4 1.1.1 Developer release
   5
   6     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
   7
   8     o New HowTo documents located in doc/howto describing
   9       a domain of Bioperl.
  10
  11     o Note that bugs are now stored at bugzilla.bioperl.org
  12       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
  13
  14     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
  15       have been addressed.
  16
  17     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
  18
  19     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
  20       A global _load_module method was implemented to simplify the
  21       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
  22       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
  23       etc).
  24
  25     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
  26       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
  27
  28     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
  29       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
  30       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
  31       before 1.2 release.
  32
  33 1.1 Developer release
  34
  35     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
  36       this separation removes some of the complexity in our test suite
  37       and separates the core modules in bioperl from those that need
  38       external programs to run.
  39
  40     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
  41       not run into trouble running the makefile
  42
  43     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
  44       read,create,and write locations for grouped/split locations
  45       (like mRNA features on genomic sequence).
  46
  47     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
  48       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
  49
  50     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
  51       paraphyly, least common ancestor, etc.
  52
  53     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
  54
  55     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
  56       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
  57
  58     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
  59       a pseudo-blast textfile format
  60
  61
  62 1.0.2 Bug fix release
  63
  64     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
  65       in this release will not work after December 2002 when NCBI
  66       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
  67       on our main development branch and the functionality will be
  68       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
  69       Fall 2002.
  70
  71     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
  72       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
  73       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
  74       context sequence that is provided with a FastA alignment.
  75
  76     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
  77       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
  78       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
  79       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
  80       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
  81       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
  82       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
  83       implementation in BlastHSP).
  84
  85     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
  86       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
  87
  88     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
  89
  90     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
  91       to Howard Ross notice performance problem when writing out
  92       unbalanced trees.
  93
  94     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
  95       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
  96       -seqid becamse -seq_id.
  97
  98     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
  99       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
 100       the alignment when the best alignment starts internally in the
 101       sequence.
 102
 103 1.0.1 Bug fix release
 104
 105     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
 106
 107     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
 108       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
 109
 110     o Small API change to add methods for completeness across
 111       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
 112       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
 113       as the BlastXX objects.
 114         * Bio::Search::Result::ResultI
 115          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
 116            iterator method)
 117
 118         * Bio::Search::Hit::HitI
 119          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
 120            iterator method)
 121
 122     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
 123        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
 124        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
 125        has to be done here to make it work properly and will nee major
 126        API changes.
 127
 128     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
 129        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
 130        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
 131
 132     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
 133       tests added.
 134
 135     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
 136
 137     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
 138
 139     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
 140       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
 141       the newline.
 142
 143 1.0.0 Major Stable Release
 144
 145   This represents a major release of bioperl with significant
 146   improvements over the 0.7.x series of releases.
 147
 148     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
 149       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
 150
 151     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
 152       Bio::LocationI objects as well as start/end.
 153
 154     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
 155       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
 156       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
 157       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
 158       documentation in Bio::Biblio for more information.
 159
 160     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
 161       Open Bioinformatics Database Access.  See
 162       http://obda.open-bio.org for more information.
 163
 164     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
 165       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
 166       local database.
 167
 168     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
 169       been added by Lincoln Stein.
 170
 171     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
 172
 173     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
 174       a starting point for frequent questions and issues.
 175
 176 0.9.3 Developer's release
 177
 178     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
 179       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
 180       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
 181       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
 182
 183     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
 184       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
 185       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
 186       modules.
 187
 188     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
 189       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
 190
 191     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
 192       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
 193       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
 194       Bio::DB::GFF databases.
 195
 196 0.9.2 Developer's release
 197
 198     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
 199       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
 200       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
 201
 202     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
 203       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
 204       statistics module for evaluating.
 205
 206     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
 207       server for DAS servers.
 208
 209     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
 210       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
 211       for the data stream.
 212
 213     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
 214       functionality.
 215
 216     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
 217
 218     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
 219       cgi-bin entry point which should be more reliable.
 220
 221     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
 222       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
 223
 224     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
 225       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
 226       remote servers.
 227
 228     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
 229       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
 230       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
 231       previous system.
 232
 233     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
 234
 235     o Scripts from the bioperl script submission project and new
 236       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
 237
 238     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
 239       strictly enforced.
 240
 241     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
 242       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
 243
 244     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
 245       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
 246
 247 0.9.0 Developer's release
 248
 249     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
 250
 251     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
 252       blast jobs at NCBI.
 253
 254     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
 255
 256     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
 257       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
 258       Promotor, PolyA and Transcript.
 259
 260     o Speedup of translate method in PrimarySeq
 261
 262     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
 263       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
 264
 265     o Various fixes to Variation toolkit
 266
 267     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
 268       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
 269       and dbs in a single interface.
 270
 271     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
 272
 273     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
 274       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
 275
 276     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
 277
 278 0.7.2 Bug fix release
 279
 280     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
 281       to be runnable in many (but not all modules)
 282
 283     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
 284
 285     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
 286       split locations
 287
 288     o Bio::SeqIO::genbank
 289         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
 290         * moltype and molecule separation
 291
 292     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
 293
 294     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
 295       sequence calculation
 296
 297     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
 298
 299     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
 300       major changes are not on the 0.7 branch.
 301
 302     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
 303       with File::Spec
 304
 305     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
 306         in several types of mutations:
 307         1.) AA level: deletion, complex
 308         2.) AA level: complex, inframe
 309         3.) RNA level: silent
 310
 311     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
 312        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
 313        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
 314        way to test if report was empty is to see if
 315        $report->query->seqname is undefined.
 316
 317 0.7.1 Bug fix release
 318
 319     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
 320       related to Feature table parsing and locations on remote
 321       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
 322
 323     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
 324       which include a number of header lines.
 325
 326     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
 327       spaces where appropriate).
 328
 329     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
 330       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
 331
 332     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
 333       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
 334       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
 335
 336     o A moderate number of documentation improvements were made as
 337       well to provide a better code synopsis in each module.
 338
 339
 340 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
 341      Object system, new parsers, new functionality and
 342      all round better system. Highlights are:
 343
 344
 345      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
 346        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
 347
 348      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
 349        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
 350        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
 351
 352      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
 353        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
 354        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
 355        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
 356        feature tables for complex locations.
 357
 358      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
 359        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
 360        a temporary file as a backend.
 361
 362      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
 363        CDS retrieval and exon shuffling.
 364
 365      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
 366
 367      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
 368        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
 369
 370      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
 371        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
 372
 373      o New Alignment IO framework
 374
 375      o New Index modules (Swissprot)
 376
 377      o New modules for running Blast within perl
 378        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
 379        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
 380        (Bio::Tools::Run::Alignment).
 381
 382      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
 383        documentation across the package.
 384
 385      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
 386        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
 387        setup (see PLATFORMS).
 388
 389      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
 390        maintainability benefit a lot.
 391
 392      o A total of 957 automatic tests
 393
 394
 395 0.6.2
 396
 397    There are very few functionality changes but a large
 398    number of software improvements/bug fixes across the package.
 399
 400    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
 401
 402    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
 403      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
 404      wait for 0.7 release
 405
 406    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
 407
 408    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
 409      fixed.
 410
 411    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
 412
 413    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
 414      set have been removed
 415
 416    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
 417      have improved compliance with interface specs and documentation
 418
 419    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
 420
 421    o Most minor bug fixes have happened.
 422
 423    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
 424      rather than the deprecated syntax
 425
 426
 427 0.6.1  Sun April 2 2000
 428
 429    o Sequences can have Sequence Features attached to them
 430         - The sequence features can be read from or written to
 431           EMBL and GenBank style flat files
 432
 433    o Objects for Annotation, including References (but not
 434      full medline abstracts), Database links and Comments are
 435      provided
 436
 437    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
 438      is provided
 439
 440    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
 441
 442    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
 443      support and better overall behaviour.
 444
 445    o Flat file indexed databases provide both random access
 446      and sequential access to their component sequences.
 447
 448    o A CodonTable object has been written with all known
 449      CodonTables accessible.
 450
 451    o A number of new lightweight analysis tools have been
 452      added, such as molecular weight determination.
 453
 454     The 0.6 release also has improved software engineering
 455
 456    o The sequence objects have been rewritten, providing more
 457      maintainable and easier to implement objects. These
 458      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
 459
 460    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
 461      a Perl implementation has been provided. The interfaces
 462      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
 463
 464      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
 465      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
 466      bioperl.
 467
 468    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
 469      processing and perl-like automatic interpretation of <>
 470      over arguments.
 471
 472    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
 473      tests are now run before release).
 474
 475
 476
 477 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
 478         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
 479           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
 480           and SimpleAlign.
 481         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
 482           including better exception handling and PSI-Blast
 483           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
 484         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
 485           Follow the instructions in README for how to install
 486           it (basically, you have to edit Parse.pm).
 487         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
 488           objects are returned and where strings are returned.
 489         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
 490           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
 491         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
 492
 493 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
 494         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
 495           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
 496           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
 497         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
 498           sequence reformatting code out of the sequence object
 499         - The Bio::Index:: system has been started, providing
 500           generic index capabilities and specifically works for
 501           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
 502           databases
 503         - The Bio::DB:: system started, providing access to
 504           databases, both via flat file + index (see above) and
 505           via http to NCBI
 506         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
 507           are put has been started.
 508         - Many changes - a better distribution all round.
 509
 510 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
 511         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
 512           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 513         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
 514         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
 515         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
 516         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
 517           get_newline() since it could return more than one char.
 518         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
 519         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
 520         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
 521         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
 522         - Beefed up SimpleAlign.t test
 523
 524 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
 525         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
 526           script is run as a CGI and suppress output that is only
 527           appropriate when running interactively.
 528         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
 529         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
 530           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
 531         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
 532           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
 533         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
 534           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 535         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
 536           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
 537           -debug argument.
 538         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
 539           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
 540           creation and autodetect newline characters in files/streams
 541           (see bug report #19).
 542         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
 543           Utilities::create_filehandle().
 544         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
 545           of hardwiring in "\n".
 546         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
 547
 548 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
 549         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
 550           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 551         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
 552           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
 553         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
 554           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
 555           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
 556         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
 557           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
 558           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
 559
 560 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
 561         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
 562           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
 563         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
 564           with make clean.
 565
 566 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
 567         - Lots of new modules added including:
 568            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
 569              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
 570              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
 571            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
 572            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
 573         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
 574         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
 575         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
 576           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
 577           file in the Bio/Tools/Blast directory.
 578
 579 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
 580         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18
 581