Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.922
  21
  22     * Address CPAN test failures [cjfields]
  23     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
  24     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
  25
  26 1.6.921
  27
  28     * Minor update to address CPAN test failures
  29
  30 1.6.920
  31
  32     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
  33       - this cause version clashes with an independently-released
  34         version of Bio::Biblio
  35
  36 1.6.910
  37
  38     [New features]
  39
  40     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
  41       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
  42         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
  43         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
  44         1.7.x release series [cjfields]
  45
  46     [New features]
  47
  48     * Bio::Seq::SimulatedRead
  49         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
  50     * Bio::Tools::IUPAC
  51         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
  52           [fangly]
  53     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
  54         - Code refresh [fangly]
  55     * Bio::DB::Taxonomy
  56         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
  57     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
  58         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
  59         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
  60           number is exceeded in add_trait() [fangly]
  61         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
  62         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
  63     * Bio::DB::Taxonomy::list
  64         - Misc optimizations [fangly]
  65         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
  66     * Bio::DB::Taxonomy::*
  67         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
  68     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
  69         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
  70         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
  71         - new option to remove index file at the end [fangly]
  72     * Bio::DB::Fasta
  73         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
  74     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
  75         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
  76     * Bio::PrimaryQual
  77         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
  78     * Bio::SeqIO::fasta
  79         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
  80           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
  81         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
  82           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
  83     * Bio::FeatureIO::*
  84         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
  85     * Bio::SeqFeature::Annotated
  86         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
  87     * Bio::Cluster::SequenceFamily
  88         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
  89           criteria
  90     * Bio::SearchIO::hmmer3
  91         - now supports nhmmer [bosborne]
  92
  93     [Bug fixes]
  94
  95     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
  96       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
  97     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
  98       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
  99     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 100       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 101     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 102       total gaps [Paul Cantalupo]
 103     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 104     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 105       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 106     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 107       cjfields]
 108     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 109       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 110     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 111       types [fangly]
 112     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 113     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 114       cjfields]
 115     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 116     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 117       breaks parsing [cjfields]
 118     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 119       be reverse-complemented [fangly]
 120     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 121     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 122       when unsure that values will be numerical [fangly]
 123     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 124     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 125     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 126     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 127       Sallou]
 128     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 129       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 130     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 131       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 132     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 133       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 134     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 135       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 136     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 137       without also passing a lineage to store [fangly]
 138     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 139       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 140       [fangly]
 141     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 142     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 143     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 144       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 145
 146
 147 1.6.901 May 18, 2011
 148
 149     [Notes]
 150
 151     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 152       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 153     * Minor bug fix release
 154     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 155     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 156     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 157     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 158     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 159       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 160       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 161
 162     [Bug fixes]
 163
 164     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 165       docs [genehack, cjfields]
 166     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 167       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 168       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 169
 170
 171 1.6.900 April 14, 201
 172
 173     [Notes]
 174
 175     * This will probably be the last release to add significant features to
 176       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 177       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 178       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 179     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 180       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 181       This code essentially is what is on the github master branch.
 182
 183     [New features]
 184
 185     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 186     * Bio::Tree refactor
 187         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 188         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 189           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 190     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 191           many others]
 192     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 193           [Warren Kretzschmar]
 194     * Bio::SeqIO::gbxml
 195         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 196     * Bio::Assembly::IO
 197         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 198         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 199         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 200         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 201         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 202           at a time [Joshua Udall, fangly]
 203     * Bio::OntologyIO
 204         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 205             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 206         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 207     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 208
 209     [Bug fixes]
 210
 211     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 212     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 213     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 214     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 215                [cjfields]
 216     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 217     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 218     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 219     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 220     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 221                hyphaltip]
 222     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 223     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 224     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 225                cjfields]
 226     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 227     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 228     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 229     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 230     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 231     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 232                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 233     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 234                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 235     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 236                jhannah]
 237     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 238     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 239                cjfields]
 240     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 241     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 242     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 243     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 244     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 245     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 246     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 247                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 248     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 249     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 250     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 251     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 252     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 253     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 254     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 255     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 256                DaveMessina]
 257     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 258     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 259     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 260     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 261     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 262     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 263     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 264     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 265                PAML 4.4d [DaveMessina]
 266     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 267                DaveMessina]
 268     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 269     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 270     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 271     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 272     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 273     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 274     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 275     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 276                cjfields]
 277     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 278     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 279     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 280     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 281     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 282     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 283     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 284     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 285     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 286     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 287     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 288     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 289     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 290     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 291                cjfields]
 292     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 293     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 294     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 295     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 296     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 297     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 298     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 299     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 300     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 301     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 302     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 303     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 304     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 305     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 306     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 307     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 308     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 309     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 310     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 311                cjfields]
 312     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 313
 314     [Deprecated]
 315
 316     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 317       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 318       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 319       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 320
 321     [Other]
 322
 323     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 324       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 325     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 326     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 327       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 328       [cjfields]
 329
 330 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 331     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 332
 333 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 334     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 335
 336 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 337     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 338     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 339       [cjfields]
 340     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 341
 342 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 343     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 344     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 345       [cjfields]
 346     * Minor doc fixes [cjfields]
 347
 348 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 349     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 350     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 351
 352 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 353     * Bio::Root::Build
 354         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 355
 356 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 357     * Bio::Align::DNAStatistics
 358         - fix divide by zero problem [jason]
 359     * Bio::AlignIO::*
 360         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 361     * Bio::AlignIO::stockholm
 362         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 363     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 364         - function to score contig spectrum [fangly]
 365     * Bio::DB::EUtilities
 366         - small updates [cjfields]
 367     * Bio::DB::Fasta
 368         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 369           [lstein]
 370     * Bio::DB::HIV
 371         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 372           database interface [maj]
 373     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 374         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 375         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 376         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 377     * Bio::DB::SwissProt
 378         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 379     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 380         - mailing list bug fix [cjfields]
 381     * Bio::LocatableSeq
 382         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 383     * Bio::Matrix::IO::phylip
 384         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 385     * Bio::Nexml
 386         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 387           file format [maj, chmille4]
 388     * Bio::PopGen
 389         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 390         - simplify LD code [jason]
 391     * Bio::RangeI
 392         - deal with empty intersection [jason]
 393     * Bio::Restriction
 394         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 395           external and non-palindromic cutters. [maj]
 396     * Bio::Root::Build
 397         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 398     * Bio::Root::IO
 399         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 400         - catch unintentional undef values [cjfields]
 401         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 402     * Bio::Root::Root/RootI
 403         - small debugging and core fixes [cjfields]
 404     * Bio::Root::Test
 405         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 406     * Bio::Root::Utilities
 407         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 408     * Bio::Search
 409         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 410           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 411           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 412           release
 413         - small fixes [cjfields]
 414     * Bio::SearchIO
 415         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 416         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 417         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 418         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 419         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 420         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 421         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 422     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 423         - delete tempdirs [cjfields]
 424         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 425     * Bio::Seq::Quality
 426         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 427         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 428     * Bio::SeqFeature::Lite
 429         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 430     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 431         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 432     * Bio::SeqIO::chadoxml
 433         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 434     * Bio::SeqIO::embl
 435         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 436     * Bio::SeqIO::fastq
 437         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 438           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 439           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 440           [cjfields]
 441     * Bio::SeqIO::genbank
 442         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 443         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 444     * Bio::SeqIO::largefasta
 445         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 446     * Bio::SeqIO::raw
 447         - add option for 'single' and 'multiple'
 448     * Bio::SeqIO::scf
 449         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 450     * Bio::SeqUtils
 451         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 452           Jackson]
 453     * Bio::SimpleAlign
 454         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 455         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 456         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 457           [Tristan Lefebure, maj]
 458         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 459         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 460     * Bio::Tools::dpAlign
 461         - add support for LocatableSeq [ymc]
 462         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 463     * Bio::Tools::EUtilities
 464         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 465         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 466           [cjfields]
 467     * Bio::Tools::HMM
 468         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 469         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 470     * Bio::Tools::Primer3
 471         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 472     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 473         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 474     * Bio::Tools::SeqPattern
 475         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 476     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 477         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 478     * Bio::Tree::*
 479         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 480     * Bio::Tree::Statistics
 481         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 482           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 483     * Bio::Tree::Tree
 484         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 485           prematurely garbage-collected [cjfields]
 486         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 487           [maj]
 488     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 489         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 490           Lefebure, maj]
 491     * Bio::TreeIO::newick
 492         - fix small semicolon issue [cjfields]
 493     * scripts
 494         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 495         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 496         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 497         - gccalc - total stats [jason]
 498     * General Stuff
 499         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 500         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 501         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 502           in favor of num_* [cjfields]
 503         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 504         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 505
 506 1.6.0 Winter 2009
 507     * Feature/Annotation rollback
 508         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 509           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 510           overloading and interface methods.
 511         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 512           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 513           speedup.
 514     * Bio::Graphics
 515         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 516           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 517         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 518           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 519     * Bio::Root::Test
 520         - Common test bed for all BioPerl modules
 521     * Bio::Root::Build
 522         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 523     * Bio::DB::EUtilities
 524         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 525           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 526           and user agent request posting and retrieval
 527     * Test implementation and reorganization
 528         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 529           cases.
 530         - Automated test coverage is now online:
 531           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 532         - After this release, untested modules will be moved into a
 533           separate developer distribution until tests can be derived.
 534           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 535           and adequate test coverage.
 536
 537 1.5.2 Developer release
 538
 539     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 540     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 541     The following represents a brief overview of the most important changes.
 542
 543     o Bio::Map
 544       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 545         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 546         backward compatible.
 547
 548     o Bio::Taxonomy
 549       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 550         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 551
 552     o Bio::DB::Taxonomy
 553
 554       - Taxonomy.pm
 555         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 556
 557         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 558
 559         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 560           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 561
 562       - flatfile.pm
 563         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 564
 565         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 566           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 567
 568       - entrez.pm
 569         * get_node() has new option -full
 570
 571         * Caches data retrieved from website
 572
 573     o Bio::Species
 574       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 575         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 576         backward compatability in species() method.
 577
 578     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 579       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 580         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 581         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 582         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 583
 584
 585 1.5.1 Developer release
 586
 587     o Major problem with how Annotations were written out with
 588       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 589       Bio::Annotation objects.
 590
 591     o Bio::SeqIO
 592
 593      - genbank.pm
 594        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 595          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 596          indicate line wrapping.
 597
 598        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 599          both common_name() and classification()
 600
 601        * parse swissprot fields in genpept file
 602
 603        * parse WGS genbank records
 604
 605      - embl.pm
 606         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 607           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 608           colon expression following the captured \S+. This means the
 609           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 610           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 611           repbase
 612
 613         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 614           it. Like: "genomic DNA"
 615
 616      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 617
 618      - entrezgene.pm
 619         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 620           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 621
 622     o Bio::AlignIO
 623
 624      -  maf.pm coordinate problem fixed
 625
 626     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 627
 628      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 629        can be done via Web without downloading all the sequence.
 630
 631     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 632       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 633       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 634       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 635       fully expects to change things in the future.
 636
 637     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 638
 639       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 640
 641       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 642         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 643         to bootstraps.
 644          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 645             $node->bootstrap($node->id);
 646             $node->id('');
 647          }
 648       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 649         LF.
 650
 651       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 652
 653       - Node height and depth now properly calculated
 654
 655       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 656
 657     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 658       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 659       these.
 660
 661     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 662       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 663
 664     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 665       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 666       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 667
 668     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 669
 670     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 671       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 672       branch specific parametes are now supported.
 673
 674     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 675       (joins of joins)
 676
 677     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 678       for getter/setter functions
 679
 680     o Bio::SearchIO
 681
 682       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 683         and possible e+ values
 684
 685       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 686         a full database pathname,
 687
 688       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 689         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 690
 691       - psl off-by-one error fixed
 692
 693       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 694         and HSPs can be constructed from them.
 695
 696       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 697         always available via $hit->description and
 698         $result->query_description
 699
 700       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 701
 702       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 703
 704     o Bio::Tools::Hmmpfam
 705       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 706       allow parse of multiple records
 707
 708
 709 1.5 Developer release
 710
 711     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 712       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 713       respectively.
 714
 715     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 716       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 717       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 718       particularly large multiple sequence alignments.
 719
 720     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 721       be treated similarly as an assembled contig.
 722
 723     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 724       methods for identifying particular codons that encode a given
 725       amino acid.
 726
 727     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 728       a Bio::Coordinate pair directly from a
 729       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 730
 731     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 732       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 733       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 734       results as XML.
 735
 736     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 737
 738     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 739       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 740       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 741       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 742       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 743       Sequence Ontology.
 744
 745     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 746       analysis of protein interaction graphs.
 747
 748     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 749
 750     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 751       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 752
 753     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 754       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 755       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 756       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 757       import.
 758
 759     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 760       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 761
 762     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 763       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 764       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 765       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 766       ontology files are hard-coded into
 767       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 768
 769     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 770       population genetics analyses.
 771
 772     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 773       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 774       overlapping ranges are merged into a single range with the
 775       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 776
 777     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 778       The new -url argument allows one to specify the network address
 779       of a file for input.  -url currently only works for GET
 780       requests, and thus is read-only.
 781
 782     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 783       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 784       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 785       involved in the alignments was the same, but this only worked
 786       when the repeated domain occured without interruption by any
 787       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 788       objects.
 789
 790     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 791       implement the "get_statistics" method to access
 792       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 793       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 794       lambda for BLAST/FASTA).
 795
 796     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 797       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 798
 799     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 800       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 801       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 802       dealing with untyped annotation tags.  All
 803       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 804       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 805
 806     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 807       melting point predictions.
 808
 809     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 810       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 811
 812     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 813       Bio::Species interoperability.
 814
 815     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 816       make_iupac_string() methods.
 817
 818     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 819
 820     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 821
 822     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 823       parsers.
 824
 825     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 826       for designing small inhibitory RNA.
 827
 828     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 829       methods based on a distance matrix.
 830
 831     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 832       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 833       based on provided bootstrap tree topologies.
 834
 835     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 836
 837 1.4 branch
 838
 839 1.4.1
 840
 841   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 842
 843   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 844
 845   o Bio::SearchIO
 846    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 847      (RF lines alone)
 848    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 849    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 850
 851   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 852     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 853     supporting more complex queries
 854
 855
 856 1.4. Stable major release
 857
 858 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
 859
 860    o installable scripts
 861
 862    o global module version from Bio::Root:Version
 863
 864    o Bio::Graphics
 865       - major improvements; SVG support
 866
 867    o Bio::Popgen
 868      - population genetics
 869      - support several population genetics types of questions.
 870      - Tests for statistical neutrality of mutations
 871        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
 872        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
 873        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
 874        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
 875        well.
 876      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
 877        and csv (comma delimited formatted) data.
 878
 879      - a directory for implementing population simulations has
 880        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
 881        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
 882        simulation have been provided.  This replaces the code in
 883        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
 884        methods for generating random phylogenetic trees are
 885        implemented.
 886
 887    o Bio::Restriction
 888       - new restrion analysis modules
 889
 890    o Bio::Tools::Analysis
 891       - web based DNA and Protein analysis framework and several
 892         implementations
 893
 894    o Bio::Seq::Meta
 895      - per residue annotable sequences
 896
 897    o Bio::Matrix
 898       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
 899       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
 900         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
 901         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
 902         Distance matricies respectively.  A generic matrix
 903         implementation for general use was added in
 904         Bio::Matrix::Generic.
 905
 906    o Bio::Ontology
 907      - major changes
 908
 909    o Bio:Tree
 910
 911    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
 912      - small inhibitory RNA
 913
 914    o Bio::SeqFeature::Tools
 915      - seqFeature mapping tools
 916      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
 917        -- deal with mapping GenBank feature collections into
 918           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
 919
 920    o Bio::Tools::dpAlign
 921      - pure perl dynamic programming sequence alignment
 922      - needs Bioperl-ext
 923
 924    o new Bio::SearchIO formats
 925      - axt and psl:  UCSC formats.
 926      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
 927
 928    o new Bio::SeqIO formats
 929      - chado, tab, kegg, tigr, game
 930      - important fixes for old modules
 931
 932    o Bio::AlignIO: maf
 933
 934    o improved Bio::Tools::Genewise
 935
 936    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
 937      stream
 938
 939    o new parsers in Bio::Tools:
 940       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
 941
 942    o Bio::DB::Registry bugs fixed
 943      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
 944      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
 945        used by the OBDA system
 946
 947    o several new HOWTOs
 948      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
 949        Databases
 950
 951    o hundreds of new and improved files
 952
 953
 954    o
 955    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
 956      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
 957
 958
 959 1.2 Branch
 960
 961 1.2.3 Stable release update
 962     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
 963                   handling.
 964     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
 965     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
 966       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
 967     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
 968       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
 969       keywords returns a string and the array is accessible via
 970       get_keywords).
 971     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
 972       Added a new initialization option -nodelete which
 973       won't try and cleanup the containing nodes if this
 974       is true.
 975      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
 976        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
 977        - Also merged main trunk changes to the branch which make
 978          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
 979          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
 980          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
 981          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
 982          tests for this module as well.
 983     o Bio::SearchIO
 984       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
 985         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
 986         the extra unexpeted column).
 987       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
 988         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
 989         although doesn't try to correct it - will get the negative
 990         number for you.  Added a test for this as well.
 991       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
 992         has no top-level family classification scores but does have scores and
 993         alignments for individual domains.
 994       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
 995         regular expression to match the line was missing the possibility of
 996         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
 997         catch it before.
 998       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
 999         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1000       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1001         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1002         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1003      o Bio::DB::GFF
1004       - Update for GFF3 compatibility.
1005       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1006       - Added a 1.2003 version number.
1007      o Bio::Graphics
1008       - Updated tutorial.
1009       - Added a 1.2003 version number.
1010      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1011        properly writing keywords out.
1012      o Bio::SeqIO::genbank
1013       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1014         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1015         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1016         string so it is properly formatted.
1017       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1018         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1019         parse in the ORIGIN text.
1020      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1021        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1022        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1023        documentation for more information.
1024      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1025
1026 1.2.2 Stable release update
1027
1028     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1029       - auto-discover ontology name
1030       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1031       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1032       - various smaller issues
1033
1034     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1035       of Bio::Ontology::TermI
1036
1037     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1038
1039     o Bio::DB::GenBank
1040       - eutils URL change
1041       - accession number retrieval fixed
1042
1043     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1044
1045     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1046       #1459 which now properly report alignment start/end info
1047       for translated BLAST/FASTA searches.
1048
1049     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1050
1051     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1052       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1053       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1054       support for bl2seq in the SearchIO system.
1055
1056     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1057       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1058       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1059       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1060
1061     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1062
1063     o Bio::SeqIO::genbank
1064       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1065       - write moltype correctly for genpept
1066
1067 1.2.1 Stable release update
1068
1069     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1070
1071     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1072       BioSQL releases against 1.2.1
1073
1074     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1075
1076     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1077       the primary accession number
1078
1079     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1080
1081     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1082
1083 1.2  Stable major release
1084
1085     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1086
1087     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1088       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1089
1090     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1091       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1092       Hmmpfam parser.
1093
1094     o New ontology parsing Bio::Ontology
1095
1096     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1097       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1098
1099     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1100
1101     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1102
1103     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1104       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1105
1106     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1107       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1108       features into different coordinate systems.
1109
1110     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1111       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1112       NCBI eutils interface.
1113
1114     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1115       object for extracting subsets of features : currently only
1116       supports extraction by location.
1117
1118 1.1.1 Developer release
1119
1120     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1121
1122     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1123       a domain of Bioperl.
1124
1125     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1126       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1127
1128     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1129       have been addressed.
1130
1131     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1132
1133     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1134
1135     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1136       A global _load_module method was implemented to simplify the
1137       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1138       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1139       etc).
1140
1141     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1142       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1143
1144     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1145       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1146       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1147       before 1.2 release.
1148
1149     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1150
1151 1.1 Developer release
1152
1153     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1154       this separation removes some of the complexity in our test suite
1155       and separates the core modules in bioperl from those that need
1156       external programs to run.
1157
1158     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1159       not run into trouble running the makefile
1160
1161     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1162       read,create,and write locations for grouped/split locations
1163       (like mRNA features on genomic sequence).
1164
1165     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1166       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1167
1168     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1169       paraphyly, least common ancestor, etc.
1170
1171     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1172
1173     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1174       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1175
1176     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1177       a pseudo-blast textfile format
1178
1179
1180 1.0.2 Bug fix release
1181
1182     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1183       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1184       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1185       on our main development branch and the functionality will be
1186       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1187       Fall 2002.
1188
1189     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1190       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1191       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1192       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1193
1194     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1195       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1196       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1197       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1198       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1199       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1200       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1201       implementation in BlastHSP).
1202
1203     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1204       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1205
1206     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1207
1208     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1209       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1210       unbalanced trees.
1211
1212     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1213       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1214       -seqid becamse -seq_id.
1215
1216     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1217       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1218       the alignment when the best alignment starts internally in the
1219       sequence.
1220
1221 1.0.1 Bug fix release
1222
1223     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1224
1225     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1226       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1227
1228     o Small API change to add methods for completeness across
1229       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1230       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1231       as the BlastXX objects.
1232         * Bio::Search::Result::ResultI
1233          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1234            iterator method)
1235
1236         * Bio::Search::Hit::HitI
1237          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1238            iterator method)
1239
1240     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1241        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1242        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1243        has to be done here to make it work properly and will nee major
1244        API changes.
1245
1246     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1247        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1248        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1249
1250     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1251       tests added.
1252
1253     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1254
1255     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1256
1257     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1258       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1259       the newline.
1260
1261 1.0.0 Major Stable Release
1262
1263   This represents a major release of bioperl with significant
1264   improvements over the 0.7.x series of releases.
1265
1266     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1267       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1268
1269     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1270       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1271
1272     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1273       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1274       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1275       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1276       documentation in Bio::Biblio for more information.
1277
1278     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1279       Open Bioinformatics Database Access.  See
1280       http://obda.open-bio.org for more information.
1281
1282     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1283       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1284       local database.
1285
1286     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1287       been added by Lincoln Stein.
1288
1289     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1290
1291     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1292       a starting point for frequent questions and issues.
1293
1294 0.9.3 Developer's release
1295
1296     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1297       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1298       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1299       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1300
1301     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1302       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1303       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1304       modules.
1305
1306     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1307       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1308
1309     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1310       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1311       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1312       Bio::DB::GFF databases.
1313
1314 0.9.2 Developer's release
1315
1316     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1317       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1318       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1319
1320     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1321       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1322       statistics module for evaluating.
1323
1324     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1325       server for DAS servers.
1326
1327     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1328       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1329       for the data stream.
1330
1331     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1332       functionality.
1333
1334     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1335
1336     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1337       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1338
1339     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1340       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1341
1342     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1343       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1344       remote servers.
1345
1346     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1347       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1348       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1349       previous system.
1350
1351     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1352
1353     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1354       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1355
1356     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1357       strictly enforced.
1358
1359     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1360       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1361
1362     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1363       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1364
1365 0.9.0 Developer's release
1366
1367     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1368
1369     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1370       blast jobs at NCBI.
1371
1372     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1373
1374     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1375       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1376       Promotor, PolyA and Transcript.
1377
1378     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1379
1380     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1381       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1382
1383     o Various fixes to Variation toolkit
1384
1385     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1386       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1387       and dbs in a single interface.
1388
1389     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1390
1391     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1392       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1393
1394     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1395
1396 0.7.2 Bug fix release
1397
1398     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1399       to be runnable in many (but not all modules)
1400
1401     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1402
1403     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1404       split locations
1405
1406     o Bio::SeqIO::genbank
1407         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1408         * moltype and molecule separation
1409
1410     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1411
1412     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1413       sequence calculation
1414
1415     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1416
1417     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1418       major changes are not on the 0.7 branch.
1419
1420     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1421       with File::Spec
1422
1423     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1424         in several types of mutations:
1425         1.) AA level: deletion, complex
1426         2.) AA level: complex, inframe
1427         3.) RNA level: silent
1428
1429     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1430        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1431        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1432        way to test if report was empty is to see if
1433        $report->query->seqname is undefined.
1434
1435 0.7.1 Bug fix release
1436
1437     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1438       related to Feature table parsing and locations on remote
1439       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1440
1441     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1442       which include a number of header lines.
1443
1444     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1445       spaces where appropriate).
1446
1447     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1448       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1449
1450     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1451       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1452       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1453
1454     o A moderate number of documentation improvements were made as
1455       well to provide a better code synopsis in each module.
1456
1457
1458 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1459      Object system, new parsers, new functionality and
1460      all round better system. Highlights are:
1461
1462
1463      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1464        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1465
1466      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1467        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1468        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1469
1470      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1471        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1472        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1473        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1474        feature tables for complex locations.
1475
1476      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1477        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1478        a temporary file as a backend.
1479
1480      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1481        CDS retrieval and exon shuffling.
1482
1483      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1484
1485      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1486        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1487
1488      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1489        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1490
1491      o New Alignment IO framework
1492
1493      o New Index modules (Swissprot)
1494
1495      o New modules for running Blast within perl
1496        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1497        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1498        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1499
1500      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1501        documentation across the package.
1502
1503      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1504        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1505        setup (see PLATFORMS).
1506
1507      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1508        maintainability benefit a lot.
1509
1510      o A total of 957 automatic tests
1511
1512
1513 0.6.2
1514
1515    There are very few functionality changes but a large
1516    number of software improvements/bug fixes across the package.
1517
1518    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1519
1520    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1521      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1522      wait for 0.7 release
1523
1524    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1525
1526    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1527      fixed.
1528
1529    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1530
1531    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1532      set have been removed
1533
1534    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1535      have improved compliance with interface specs and documentation
1536
1537    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1538
1539    o Most minor bug fixes have happened.
1540
1541    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1542      rather than the deprecated syntax
1543
1544
1545 0.6.1  Sun April 2 2000
1546
1547    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1548         - The sequence features can be read from or written to
1549           EMBL and GenBank style flat files
1550
1551    o Objects for Annotation, including References (but not
1552      full medline abstracts), Database links and Comments are
1553      provided
1554
1555    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1556      is provided
1557
1558    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1559
1560    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1561      support and better overall behaviour.
1562
1563    o Flat file indexed databases provide both random access
1564      and sequential access to their component sequences.
1565
1566    o A CodonTable object has been written with all known
1567      CodonTables accessible.
1568
1569    o A number of new lightweight analysis tools have been
1570      added, such as molecular weight determination.
1571
1572     The 0.6 release also has improved software engineering
1573
1574    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1575      maintainable and easier to implement objects. These
1576      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1577
1578    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1579      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1580      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1581
1582      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1583      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1584      bioperl.
1585
1586    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1587      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1588      over arguments.
1589
1590    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1591      tests are now run before release).
1592
1593
1594
1595 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1596         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1597           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1598           and SimpleAlign.
1599         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1600           including better exception handling and PSI-Blast
1601           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1602         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1603           Follow the instructions in README for how to install
1604           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1605         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1606           objects are returned and where strings are returned.
1607         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1608           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1609         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1610
1611 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1612         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1613           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1614           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1615         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1616           sequence reformatting code out of the sequence object
1617         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1618           generic index capabilities and specifically works for
1619           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1620           databases
1621         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1622           databases, both via flat file + index (see above) and
1623           via http to NCBI
1624         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1625           are put has been started.
1626         - Many changes - a better distribution all round.
1627
1628 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1629         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1630           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1631         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1632         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1633         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1634         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1635           get_newline() since it could return more than one char.
1636         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1637         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1638         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1639         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1640         - Beefed up SimpleAlign.t test
1641
1642 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1643         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1644           script is run as a CGI and suppress output that is only
1645           appropriate when running interactively.
1646         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1647         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1648           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1649         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1650           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1651         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1652           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1653         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1654           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1655           -debug argument.
1656         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1657           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1658           creation and autodetect newline characters in files/streams
1659           (see bug report #19).
1660         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1661           Utilities::create_filehandle().
1662         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1663           of hardwiring in "\n".
1664         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1665
1666 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1667         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1668           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1669         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1670           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1671         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1672           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1673           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1674         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1675           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1676           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1677
1678 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1679         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1680           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1681         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1682           with make clean.
1683
1684 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1685         - Lots of new modules added including:
1686            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1687              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1688              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1689            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1690            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1691         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1692         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1693         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1694           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1695           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1696
1697 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1698         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18