t/Tools/PrositeScan.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use lib '.';
   5     use Bio::Root::Test;
   6
   7     test_begin(-tests => 3);
   8
   9     use_ok('Bio::Tools::PrositeScan');
  10     use_ok('Bio::SeqFeature::FeaturePair');
  11 }
  12
  13 # Note: data generated by running
  14 #
  15 #   ./ps_scan.pl --pfscan ./pfscan -d prosite.dat -o fasta \
  16 #       t/data/test.fasta > t/data/ps_scan/out.PrositeScan
  17 #
  18 # followed by a manual removal of some of the output to simplify the test.
  19
  20 subtest "Predictions" => sub {
  21     my $factory = Bio::Tools::PrositeScan->new(
  22           '-file'   => test_input_file('ps_scan/out.PrositeScan'),
  23           '-format' => 'fasta'
  24     );
  25
  26     my $expected_matches = [
  27         { seq_id => 'roa1_drome', coords => [253, 256], psac => 'PS00001', subseq => 'NNSF' },
  28         { seq_id => 'roa1_drome', coords => [270, 273], psac => 'PS00001', subseq => 'NNSW' },
  29         { seq_id => 'roa2_drome', coords => [344, 349], psac => 'PS00008', subseq => 'GNNQGF' },
  30         { seq_id => 'roa2_drome', coords => [217, 355], psac => 'PS50321', subseq => re(qr/NR.{135}NN/) },
  31     ];
  32
  33     my $actual_matches = [];
  34     while( my $match = $factory->next_prediction ) {
  35         push @$actual_matches, {
  36             seq_id  =>   $match->seq_id,
  37             coords  => [ $match->start, $match->end ],
  38             psac    =>   $match->hseq_id,
  39             subseq  =>   $match->feature1->seq->seq,
  40         };
  41     }
  42
  43     cmp_deeply( $actual_matches, $expected_matches, 'Comparing parsed prediction input' );
  44 };