t/SeqIO/pir.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin( -tests => 12 );
  10
  11     use_ok('Bio::SeqIO::pir');
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16 my $in = Bio::SeqIO->new(
  17     -file    => test_input_file('seqfile.pir'),
  18     -verbose => $verbose,
  19     -format  => 'pir'
  20 );
  21
  22 ok( defined $in, 'new instance is defined ' );
  23 isa_ok( $in, 'Bio::SeqIO' );
  24
  25 my $out = Bio::SeqIO->new(
  26     -format => 'pir',
  27     -fh     => \*STDOUT
  28 );
  29
  30 while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
  31     ok( $seq->length > 1, 'checked length' );
  32     $out->write_seq($seq) if $verbose > 0;
  33 }
  34
  35 # Empty description line
  36 $in = Bio::SeqIO->new(
  37     -file    => test_input_file('seqfile-no-desc.pir'),
  38     -verbose => $verbose,
  39     -format  => 'pir'
  40 );
  41 my $seq = $in->next_seq();
  42 ok( $seq->seq =~ /^MGD/, 'Correct start' );
  43 $seq = $in->next_seq();
  44 ok( $seq->seq =~ /^GDV/, 'Correct start' );
  45 $seq = $in->next_seq();
  46 ok( $seq->seq =~ /^GDV/, 'Correct start' );