t/SeqIO/bsml.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 16,
  11                            -requires_modules => ['XML::DOM']
  12                           );
  13         use_ok('XML::DOM');
  14         use_ok('Bio::SeqIO::bsml');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 my $str = Bio::SeqIO->new(-format => 'bsml',
  20                           -verbose => $verbose,
  21                           -file => test_input_file('U83300.bsml'));
  22 my $seq = $str->next_seq;
  23 isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeqI');
  24 my @refs = $seq->annotation->get_Annotations('reference');
  25 is(@refs, 2, 'got correct number of refs');
  26 is($seq->display_id, 'MIVN83300', 'display_id');
  27 is($seq->molecule, 'DNA', 'molecule');
  28 ok(! $seq->is_circular, 'is_circular');
  29 is($seq->get_dates, 2, 'dates');
  30 is($seq->accession_number, 'U83300', 'accession_number');
  31 is($seq->seq_version, 1, 'seq_version');
  32 my @feats = $seq->get_SeqFeatures;
  33 is(@feats, 2, 'got correct number of SeqFeatures');
  34 is($feats[1]->start, 1, 'feature start');
  35 is($feats[1]->end, 946, 'feature end');
  36 is($feats[1]->get_tag_values('db_xref'), 3, 'get_tag_values db_xref');
  37 is($seq->annotation->get_Annotations('reference'), 2, 'get_Annotations reference');
  38 is($seq->annotation->get_Annotations('dblink'), 2, 'get_Annotations dblink');