t/SearchIO/wise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_wise.t 11733 2007-10-26 18:22:10Z jason $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 20);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $parser = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('genewise.out'),
  16                             -format   => 'wise',
  17                             -wisetype => 'genewise');
  18 my $result = $parser->next_result;
  19 my $hit = $result->next_hit;
  20 is($result->query_name, 'SINFRUP00000067802');
  21 is($hit->name, 'Scaffold_2042.1');
  22
  23 is($hit->score, 2054.68);
  24 my $hsp = $hit->next_hsp;
  25
  26 is($hsp->query->start,22265);
  27 is($hsp->query->end,22396);
  28 is($hsp->query->strand,1);
  29 is($hsp->query->score, 2054.68);
  30
  31 is($hsp->hit->start,1);
  32 is($hsp->hit->end,44);
  33 is($hsp->hit->strand,0);
  34 is($hsp->hit->score, 2054.68);
  35
  36 $hsp = $hit->next_hsp;
  37
  38 is($hsp->query->start,24224);
  39 is($hsp->query->end,24328);
  40
  41 is($hsp->hit->start,45);
  42 is($hsp->hit->end,79);
  43
  44 $hsp = $hit->next_hsp;
  45
  46 is($hsp->query->start,24471);
  47 is($hsp->query->end,24513);
  48
  49 is($hsp->hit->start,80);
  50 is($hsp->hit->end,93);