t/SearchIO/rnamotif.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_rnamotif.t 14672 2008-04-22 21:42:50Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 60);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result, $iter, $hit, $hsp, $algorithm, $meta);
  16
  17 #### RNAMotif ####
  18
  19 # regular data
  20
  21 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'rnamotif',
  22                                 -file   => test_input_file('trna.strict.rnamotif'),
  23                                 -model => 'trna.descr',
  24                                 -query_acc => 'test',
  25                                 -database => 'gbrna.fas',
  26                                 -verbose => 2
  27                                );
  28
  29 $result = $searchio->next_result;
  30 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  31 $algorithm = $result->algorithm;
  32 is($result->algorithm, 'RNAMOTIF', "Result $algorithm");
  33 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
  34 is($result->algorithm_version, '3.0.3', "Result $algorithm version");
  35 is($result->database_entries, '', "Result entries");
  36 is($result->database_letters, '', "Result letters");
  37 is($result->database_name, 'gbrna.fas', "Result database_name");
  38 is($result->num_hits, 28, "Result num_hits");
  39 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
  40 is($result->query_accession, 'test', "Result query_accession");
  41 is($result->query_description, 'h5 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 h3 ss', "Result query_description");
  42 is($result->query_length, 0, "Result query_length");
  43 is($result->query_name, 'trna.strict.descr', "Result query_name");
  44
  45 $hit = $result->next_hit;
  46 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
  47 is($hit->accession, 'M10671', "Hit accession");
  48 is($hit->ncbi_gi, '173683', "Hit GI");
  49 is($hit->algorithm, 'RNAMOTIF', "Hit algorithm");
  50 is($hit->description, 'Avian oncornavirus Trp-tRNA',
  51    "Hit description"); # no hit descs yet
  52 is($hit->length, 0, "Hit length");
  53 is($hit->locus, 'ACSTRW', "Hit locus");
  54 is($hit->n, 8, "Hit n");
  55 is($hit->name, 'gi|173683|gb|M10671|ACSTRW', "Hit name");
  56 is($hit->num_hsps, 8, "Hit num_hsps");
  57 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
  58 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
  59 is($hit->raw_score, 0, "Hit raw_score");
  60 is($hit->score, 0, "Hit score");
  61 float_is($hit->significance, undef);
  62
  63 $hsp = $hit->next_hsp;
  64 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
  65 is($hsp->algorithm, 'RNAMOTIF', "HSP algorithm");
  66 float_is($hsp->evalue, undef);
  67 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
  68 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
  69 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
  70 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
  71
  72 # RNAMotif cannot build alignments
  73 eval{$hsp->get_aln};
  74 like($@, qr'Missing query string, can\'t build alignment','RNAMotif get_aln warning');
  75 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
  76 is($hsp->hit_string,
  77    'gacctcgtggcgcaacggtagcgcgtctgactccagatcagaaggctgcgtgttcgaatcacgtcggggtcacca',
  78    "HSP hit_string");
  79 is($hsp->homology_string,
  80    '',
  81    "HSP homology_string");
  82 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
  83 is($hsp->hsp_length, 75, "HSP hsp_length");
  84 is($hsp->length, 75, "HSP length");
  85 is($hsp->links, undef, "HSP links");
  86 is($hsp->n, 1,"HSP n");
  87 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
  88 is($hsp->query_string,
  89    '',
  90    "HSP query_string");
  91 is($hsp->range, 75, "HSP range");
  92 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
  93 float_is($hsp->significance, undef);
  94 is($hsp->end, 75, "HSP end");
  95 float_is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
  96 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
  97 is($hsp->seq_str,
  98    '',
  99    "HSP seq_str");
 100 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 101 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 102 is($hsp->meta,
 103    '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....',
 104    "HSP meta");
 105 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 106 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 107 is($meta, '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....');
 108 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 109 is($meta, '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....');
 110