t/SearchIO/blasttable.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO.t 14995 2008-11-16 06:20:00Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 166);
  11
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13     use_ok('Bio::Search::SearchUtils');
  14 }
  15
  16 my ($searchio, $result,$iter,$hit,$hsp);
  17
  18 # test blasttable output
  19 my @eqset = qw( c200-vs-yeast.BLASTN.m9);
  20 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('c200-vs-yeast.BLASTN'),
  21                               -format => 'blast');
  22 $result = $searchio->next_result;
  23 isa_ok($result,'Bio::Search::Result::ResultI');
  24 my %ref = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  25 is( scalar keys %ref, 67);
  26 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('c200-vs-yeast.BLASTN.m8'),
  27                               -program_name => 'BLASTN',
  28                               -format => 'blasttable');
  29 $result = $searchio->next_result;
  30 my %tester = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  31 is( scalar keys %tester, 67);
  32 foreach my $key ( sort keys %ref ) {
  33     is($tester{$key}, $ref{$key},$key);
  34 }
  35
  36 # test WU-BLAST blasttable output
  37 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('test1.wublastp'),
  38                                                    -format => 'blast');
  39 $result = $searchio->next_result;
  40 isa_ok($result,'Bio::Search::Result::ResultI');
  41 my %wuref = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  42 is( scalar keys %wuref, 31);
  43 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('test1.blasttab3'),
  44                               -program_name => 'BLASTP',
  45                               -format => 'blasttable');
  46 $result = $searchio->next_result;
  47 my %wutester = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  48 is( scalar keys %wutester, 31);
  49 foreach my $key ( sort keys %ref ) {
  50     is($wutester{$key}, $wuref{$key},$key);
  51 }
  52
  53 # BLAST 2.2.18+ tabular output (has 13 columns instead of 12)
  54 $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'blasttable',
  55                                                           -file   => test_input_file('2008.blasttable'));
  56
  57 while(my $res = $searchio->next_result) {
  58     is($res->query_name, 'gi|1786183|gb|AAC73113.1|');
  59     is($res->algorithm, 'BLASTP');
  60     is($res->algorithm_version, '2.2.18+');
  61     my $hit = $res->next_hit;
  62     is($hit->name, 'gi|34395933|sp|P00561.2|AK1H_ECOLI');
  63     $hit = $res->next_hit;
  64     is($hit->score, 331, 'hit score');
  65     is($hit->raw_score, 331, 'hit raw_score');
  66     my $hsp = $hit->next_hsp;
  67         isa_ok($hsp, 'Bio::SeqFeatureI');
  68     is($hsp->bits, 331);
  69     float_is($hsp->evalue, 2e-91);
  70     is($hsp->start('hit'), 16);
  71     is($hsp->end('hit'), 805);
  72     is($hsp->start('query'), 5);
  73     is($hsp->end('query'), 812);
  74     is($hsp->length, 821);
  75     float_is($hsp->percent_identity, 30.0852618757613, 'fixed bug 3343 (percent identity)');
  76     is($hsp->gaps, 44, 'side effect of fixing bug 3343 (number of gaps)');
  77         my $hit_sf = $hsp->hit;
  78         my $query_sf = $hsp->query;
  79         isa_ok($hit_sf, 'Bio::SeqFeatureI');
  80     is($hit_sf->start(), 16);
  81     is($hit_sf->end(), 805);
  82     is($hit_sf->strand(), 0);
  83         isa_ok($query_sf, 'Bio::SeqFeatureI');
  84     is($query_sf->start(), 5);
  85     is($query_sf->end(), 812);
  86     is($query_sf->strand(), 0);
  87 }