t/Restriction/IO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use lib '.';
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin( -tests => 17 );
  10
  11     use_ok('Bio::Restriction::IO');
  12 }
  13
  14 #
  15 # default enz set
  16 #
  17 ok my $in    = Bio::Restriction::IO->new();
  18 ok my $renzs = $in->read;
  19 is $renzs->each_enzyme, 532;
  20
  21 ok my $e = $renzs->get_enzyme('AccI');
  22 is $e->name, 'AccI';
  23
  24 my $outfile = test_output_file();
  25 ok my $out = Bio::Restriction::IO->new( -format => 'base', -file => ">$outfile" );
  26 TODO: {
  27     local $TODO = "writing to a file doesn't seem to work? prints to STDOUT!";
  28
  29     #$out->write($renzs);
  30     # ok -s $outfile;
  31     #map {print $_->name, "\t", $_->site, "\t", $_->overhang, "\n"} $renzs->each_enzyme;
  32 }
  33
  34 #
  35 # withrefm, 31
  36 #
  37
  38 ok $in = Bio::Restriction::IO->new(
  39     -format  => 'withrefm',
  40     -verbose => 0,
  41     -file    => test_input_file('rebase.withrefm')
  42 );
  43 ok $renzs = $in->read;
  44 is $renzs->each_enzyme, 11;
  45
  46 #
  47 # itype2, 8
  48 #
  49 #enzyme name [tab] prototype [tab] recognition sequence with cleavage site
  50 #  [tab] methylation site and type [tab] commercial source [tab] references
  51
  52 ok $in = Bio::Restriction::IO->new(
  53     -format  => 'itype2',
  54     -verbose => 0,
  55     -file    => test_input_file('rebase.itype2')
  56 );
  57
  58 ok $renzs = $in->read;
  59 is $renzs->each_enzyme, 16;
  60
  61 ok $out = Bio::Restriction::IO->new( -format => 'base' );
  62
  63 SKIP: {
  64     test_skip(
  65         -tests               => 3,
  66         -requires_module     => 'LWP::UserAgent',
  67         -requires_networking => 1
  68     );
  69
  70     eval {$in = Bio::Restriction::IO->new(-format  => 'prototype',
  71                                           -current => 1); };
  72     skip "Couldn't connect to REBASE with Bio::Restriction::IO. Skipping those tests", 3 if $@;
  73
  74     ok $in = Bio::Restriction::IO->new(
  75         -format  => 'prototype',
  76         -current => 1
  77     );
  78
  79     ok my $coll = $in->read;
  80     cmp_ok $coll->each_enzyme, '>=', 307;
  81 }