t/SeqTools/SeqPattern.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 9);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::SeqPattern');
  13 }
  14
  15 my ( $pattern,$pattern_obj,$pattern_obj2, $pattern_obj3);
  16
  17 $pattern     = '(CCCCT)N{1,200}(agyyg)N{1,80}(ag)';
  18 ok $pattern_obj = Bio::Tools::SeqPattern->new(-SEQ =>$pattern, -TYPE =>'dna');
  19 isa_ok $pattern_obj, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  20
  21 $pattern_obj2  = $pattern_obj->revcom();
  22 is $pattern_obj2->str, '(CT)N(CRRCT){1,80}N(AGGGG){1,200}';
  23
  24 $pattern_obj3 = $pattern_obj->revcom(1);
  25 is $pattern_obj3->str, '(CT).{1,80}(C[GA][GA]CT).(AGGGG){1,200}';
  26
  27 $pattern     = '(CCCCT)N{1,200}(agyyg)N{1,80}(bb)'; # test protein object expand
  28 ok $pattern_obj = Bio::Tools::SeqPattern->new(-SEQ =>$pattern, -TYPE =>'protein');
  29 isa_ok $pattern_obj, 'Bio::Tools::SeqPattern';
  30
  31 is $pattern_obj2->expand, '(CT).(C[AG][AG]CT){1,80}.(AGGGG){1,200}';
  32
  33 # amino patterns
  34
  35 $pattern = 'ABZH';
  36 $pattern_obj2 = Bio::Tools::SeqPattern->new(-SEQ =>$pattern,
  37                                            -TYPE =>'amino');
  38 is $pattern_obj2->expand, 'A[EQ][DN]H';