t/singlet.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 4,
  11                            -requires_module => 'DB_File');
  12
  13         use_ok('Bio::Assembly::IO');
  14 }
  15
  16 my $aio = Bio::Assembly::IO->new(-file=>test_input_file(qw(consed_project edit_dir test_project.fasta.screen.ace.1)),
  17                                 -format=>'ace');
  18
  19 my $assembly = $aio->next_assembly();
  20 my @contigs = $assembly->all_contigs();
  21 my @singlets = $assembly->all_singlets();
  22
  23 isa_ok $contigs[0], "Bio::Assembly::Contig",'Testing to see if the first contig is a Contig';
  24
  25 isa_ok $singlets[0], "Bio::Assembly::Singlet",'Testing to see if the first singlet is a Singlet';
  26
  27 isa_ok $singlets[0], 'Bio::Assembly::Contig', 'Testing to see if the Singlet ISA Contig';
  28
  29 # commented out entirely, no testing functionality - spiros denaxas
  30 # this is what i really want to do:
  31 #*** TODO?
  32 # print("There were this many contigs: (".scalar(@contigs).")\n");
  33 # print("There were this many singlets: (".scalar(@singlets).")\n");
  34 # push @contigs,@singlets;
  35 # print("This is a list of the ".scalar(@contigs)." contigs:\n");
  36 # foreach my $contig (@contigs) {
  37 #     # print &contig_dump($contig);
  38 # }
  39
  40 ###############################################
  41
  42 sub contig_dump {
  43      my ($contig) = @_;
  44      my $returner;
  45      #my $count = 1;
  46      my $prefix .= ("Contig: name(".$contig->id().") ");
  47      my @members = $contig->each_seq();
  48      if (!@members) { return $prefix." No Members\n"; }
  49      my $count = 1;
  50      foreach my $member (@members) {
  51           print("$prefix Member $count chromatfilename(".$member->{chromatfilename}.") phdfilenamename(".$member->{phdfilename}.") start(".$member->start().")\n");
  52           $count++;
  53      }
  54      return $returner;
  55 }