t/simpleGOparser.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 102,
  11                            -requires_module => 'Graph');
  12
  13         use_ok('Bio::OntologyIO');
  14 }
  15
  16 my $parser = Bio::OntologyIO->new(
  17                       -format    => "go",
  18                       -defs_file => test_input_file('GO.defs.test'),
  19                       # test using -file
  20                       -file      => test_input_file('component.ontology.test'));
  21
  22
  23 my $IS_A    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "IS_A" );
  24 my $PART_OF = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "PART_OF" );
  25
  26
  27 my @onts = ();
  28 while(my $ont = $parser->next_ontology()) {
  29     push(@onts, $ont);
  30 }
  31 is (scalar(@onts), 1);
  32 my $ont = $onts[0];
  33 isa_ok $ont, "Bio::Ontology::OntologyI";
  34 is ($ont->name(), "Gene Ontology");
  35
  36 my $engine = $ont->engine();
  37 isa_ok $engine, "Bio::Ontology::OntologyEngineI";
  38
  39 my $term = $engine->get_terms( "GO:0018897" );
  40
  41 # note that all dblinks are now Bio::Annotation::DBLink instances and that all
  42 # *dblink* methods related to Bio::Ontology::Term are deprecated; this is due to
  43 # inconsistencies in those Bio::Ontology::Term methods. Use *dbxref* methods
  44 # instead
  45
  46 my @dblinks = sort {$a->display_text cmp $b->display_text} ( $term->get_dbxrefs() );
  47 my @synos = sort ( $term->get_synonyms() );
  48
  49 is( $dblinks[ 0 ]->display_text, "MetaCyc:PWY-681" );
  50 is( $dblinks[ 1 ]->display_text, "UM-BBD_pathwayID:dbt" );
  51 is( $synos[ 0 ], "murein sacculus" );
  52 is( $synos[ 1 ], "peptidoglycan" );
  53 is( $term->ontology()->name(), "Gene Ontology" );
  54 is( $term->name(), "dibenzothiophene desulfurization" );
  55
  56
  57 $term = $engine->get_terms( "GO:0004796" );
  58 @dblinks = sort ( $term->get_dbxrefs() );
  59 @synos = sort ( $term->get_synonyms() );
  60 my @sec = sort ( $term->get_secondary_GO_ids() );
  61
  62 is( $dblinks[ 0 ]->display_text, "EC:5.3.99.5" );
  63 is( $synos[ 0 ], "cytochrome P450 CYP5" );
  64 is( $sec[ 0 ], "GO:0008400" );
  65 is( $term->ontology()->name(), "Gene Ontology" );
  66 is( $term->name(), "thromboxane-A synthase" );
  67
  68 my @parents = sort goid ( $ont->get_parent_terms( $term ) );
  69 is( @parents, 2 );
  70 is( $parents[ 0 ]->GO_id(), "GO:0015034" );
  71 is( $parents[ 1 ]->GO_id(), "GO:0018895" );
  72
  73
  74 @parents = sort goid ( $ont->get_parent_terms( $term, $PART_OF, $IS_A) );
  75
  76 is( @parents, 2 );
  77 is( $parents[ 0 ]->GO_id(), "GO:0015034" );
  78 is( $parents[ 1 ]->GO_id(), "GO:0018895" );
  79
  80
  81 @parents = sort goid ( $ont->get_parent_terms( "GO:0004796", $IS_A ) );
  82 is( @parents, 2 );
  83 is( $parents[ 0 ]->GO_id(), "GO:0015034" );
  84 is( $parents[ 1 ]->GO_id(), "GO:0018895" );
  85
  86
  87 @parents = sort goid ( $ont->get_parent_terms( "GO:0004796", $PART_OF ) );
  88 is( scalar(@parents), 0 );
  89 my @anc = sort goid ( $ont->get_ancestor_terms( $term ) );
  90 is( scalar(@anc), 3 );
  91 is( $anc[ 0 ]->GO_id(), "GO:0003673" );
  92 is( $anc[ 1 ]->GO_id(), "GO:0015034" );
  93 is( $anc[ 2 ]->GO_id(), "GO:0018895" );
  94
  95
  96 @anc = sort goid ( $ont->get_ancestor_terms( "GO:0004796", $IS_A ) );
  97 is( scalar(@anc), 3 );
  98 is( $anc[ 0 ]->GO_id(), "GO:0003673" );
  99 is( $anc[ 1 ]->GO_id(), "GO:0015034" );
 100 is( $anc[ 2 ]->GO_id(), "GO:0018895" );
 101
 102
 103 @anc = sort goid ( $ont->get_ancestor_terms( "GO:0000666" ) );
 104 is( @anc, 12 );
 105
 106 @anc = sort goid ( $ont->get_ancestor_terms( "GO:0000666", $IS_A ) );
 107 is( @anc, 2 );
 108 is( $anc[ 0 ]->GO_id(), "GO:0005811" );
 109 is( $anc[ 1 ]->GO_id(), "GO:0030481" );
 110
 111 @anc = sort goid ( $ont->get_ancestor_terms( "GO:0000666", $PART_OF ) );
 112 is( @anc, 6 );
 113 is( $anc[ 0 ]->GO_id(), "GO:0005623" );
 114 is( $anc[ 1 ]->GO_id(), "GO:0005625" );
 115 is( $anc[ 2 ]->GO_id(), "GO:0005933" );
 116 is( $anc[ 3 ]->GO_id(), "GO:0005935" );
 117 is( $anc[ 4 ]->GO_id(), "GO:0005937" );
 118 is( $anc[ 5 ]->GO_id(), "GO:0005938" );
 119
 120
 121 my @childs = sort goid ( $ont->get_child_terms( "GO:0005625", $PART_OF ) );
 122 is( @childs, 2 );
 123 is( $childs[ 0 ]->GO_id(), "GO:0000666" );
 124 is( $childs[ 0 ]->name(), "polarisomeX" );
 125 is( $childs[ 1 ]->GO_id(), "GO:0000667" );
 126 is( $childs[ 1 ]->name(), "polarisomeY" );
 127 is( $childs[ 1 ]->ontology()->name(), "Gene Ontology" );
 128
 129
 130 is( $engine->get_terms( "GO:0005625" )->name(), "soluble fraction" );
 131
 132
 133 @childs = sort goid ( $ont->get_descendant_terms( "GO:0005624", $IS_A ) );
 134 is( @childs, 6 );
 135 is( $childs[ 0 ]->GO_id(), "GO:0000299" );
 136 is( $childs[ 0 ]->name(), "integral membrane protein of membrane fraction" );
 137 is( $childs[ 1 ]->GO_id(), "GO:0000300" );
 138 is( $childs[ 1 ]->name(), "peripheral membrane protein of membrane fraction" );
 139 is( $childs[ 2 ]->GO_id(), "GO:0005792" );
 140 is( $childs[ 2 ]->name(), "microsome" );
 141 is( $childs[ 3 ]->GO_id(), "GO:0019717" );
 142 is( $childs[ 3 ]->name(), "synaptosome" );
 143 is( $childs[ 4 ]->GO_id(), "GO:0019718" );
 144 is( $childs[ 4 ]->name(), "rough microsome" );
 145 is( $childs[ 5 ]->GO_id(), "GO:0019719" );
 146 is( $childs[ 5 ]->name(), "smooth microsome" );
 147
 148 @childs = sort goid ( $ont->get_descendant_terms( "GO:0005625", $IS_A ) );
 149 is( @childs, 0 );
 150
 151
 152 @childs = sort goid ( $ont->get_descendant_terms( "GO:0005625", $PART_OF ) );
 153 is( @childs, 2 );
 154
 155 my @rels = sort child_goid ( $ont->get_relationships( "GO:0005625" ) );
 156 is( @rels, 3 );
 157 is( $rels[ 0 ]->object_term()->GO_id(), "GO:0005625" );
 158 is( $rels[ 0 ]->subject_term()->GO_id(), "GO:0000666" );
 159 ok( $rels[ 0 ]->predicate_term()->equals( $PART_OF ) );
 160
 161 is( $rels[ 1 ]->object_term()->GO_id(), "GO:0005625" );
 162 is( $rels[ 1 ]->subject_term()->GO_id(), "GO:0000667" );
 163 ok( $rels[ 1 ]->predicate_term()->equals( $PART_OF ) );
 164
 165 is( $rels[ 2 ]->object_term()->GO_id(), "GO:0000267" );
 166 is( $rels[ 2 ]->subject_term()->GO_id(), "GO:0005625" );
 167 ok( $rels[ 2 ]->predicate_term()->equals( $IS_A ) );
 168
 169 # dbxrefs and synonyms are candidates for being falsely picked up by
 170 # overly promiscuous regular expressions as related terms, so we test for
 171 # that here
 172 my @terms = $engine->get_terms( "EC:5.3.99.5" );
 173 is (scalar(@terms), 0);
 174 @terms = $engine->get_terms("MetaCyc:PWY-681","MetaCyc:PWY");
 175 is (scalar(@terms), 0);
 176 @terms = $engine->get_terms("UM-BBD_pathwayID:dbt","BBD_pathwayID:dbt",
 177                             "UM-BBD_pathwayID:dbt2","BBD_pathwayID:dbt2");
 178 is (scalar(@terms), 0);
 179
 180
 181 ok( $engine->graph() );
 182
 183 ok( $ont->add_term( Bio::Ontology::GOterm->new(-identifier => "GO:0000000")));
 184
 185 ok( $engine->has_term( "GO:0000300" ) );
 186
 187 is( scalar $ont->get_all_terms(), 44 );
 188 is( scalar $ont->get_relationship_types(), 3 );
 189
 190 ok( ! $ont->add_relationship( $rels[ 2 ] ) ); # this edge already exists, cannot add
 191
 192 $rels[ 2 ]->subject_term()->GO_id( "GO:0005938" );
 193 ok( $ont->add_relationship( $rels[ 2 ] ) ); # now it's changed, can add
 194
 195
 196 my @roots = $ont->get_root_terms();
 197 is( scalar(@roots), 10 );
 198
 199 my @leafs = $ont->get_leaf_terms();
 200 is( scalar(@leafs), 19 );
 201
 202
 203
 204 $parser = Bio::OntologyIO->new(
 205                       -format    => "go",
 206                       -defs_file => test_input_file('GO.defs.test2'),
 207                       # test using -files
 208                       -files     => test_input_file('component.ontology.test2'));
 209
 210 $ont = $parser->next_ontology();
 211 ok ($ont);
 212
 213 @roots = $ont->get_root_terms();
 214 is( scalar(@roots), 1 );
 215
 216 @leafs = $ont->get_leaf_terms();
 217 is( scalar(@leafs), 4 );
 218
 219 $parser = Bio::OntologyIO->new(
 220                       -format    => "go",
 221                       -file      => test_input_file('mpath.ontology.test'));
 222
 223 ok($parser);
 224 $ont = $parser->next_ontology;
 225 ok($ont);
 226 $engine = $ont->engine;
 227 ok($engine);
 228 $term = $engine->get_terms( "MPATH:30" );
 229 is($term->identifier,"MPATH:30");
 230 is($term->name,"cystic medial necrosis");
 231 is($term->definition,undef);
 232 is((sort $term->get_synonyms)[0],"erdheim disease");
 233 is($ont->get_parent_terms( $term )->name,"tissue specific degenerative process");
 234 is(scalar($ont->get_root_terms()),2);
 235 @anc = $ont->get_ancestor_terms($term);
 236 is(scalar(@anc),4);
 237
 238 #################################################################
 239 # helper functions
 240 #################################################################
 241
 242 sub goid { num ( $a->GO_id() ) <=> num ( $b->GO_id() ) }
 243
 244 sub child_goid { num ( $a->child_term()->GO_id() ) <=> num ( $b->child_term()->GO_id() ) }
 245
 246 sub num {
 247     my $x = shift( @_ );
 248     $x =~ s/\D+//g;
 249     return $x;
 250 }