t/sequencetrace.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 5);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $debug = test_debug();
  16
  17 my $in_scf_v3 = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('version3.scf'),
  18                     '-format' => 'scf');
  19
  20 my $trace = $in_scf_v3->next_seq();
  21
  22 my $start = $trace->length()-19;
  23 my $end = $trace->length();
  24
  25 is ($trace->subseq($trace->length()-19,$trace->length()), "CCCCTTTCCCAACAGCACCG");
  26
  27 my $qualstring = join(' ',@{$trace->subqual($start,$end)});
  28 is ($qualstring, "12 10 7 7 9 7 7 9 13 9 9 9 6 6 6 8 8 8 6 6");
  29
  30 my $ref = $trace->sub_peak_index($start,$end);
  31 my @temp = @{$ref};
  32
  33 my $indices_at_end = join(' ',@{$trace->sub_peak_index($start,$end)});
  34 is($indices_at_end, "13863 13874 13883 13898 13905 13922 13934 13952 13966 13975 13982 14003 14013 14026 14037 14056 14061 14084 14093 14099");
  35
  36 my $trace_end = $trace->trace_length();
  37 my $trace_start = $trace_end - 19;
  38 my $subtrace_a = join(' ',@{$trace->sub_trace('a',$trace_start,$trace_end)});
  39 is $subtrace_a, "63 61 68 82 101 120 135 145 148 143 131 111 85 59 37 18 4 0 3 6";
  40
  41
  42 # whew! now given a subset of bases, get their traces....
  43 my $traces2 = $trace->sub_trace_object(1,5);
  44 $traces2->verbose(-1);
  45
  46 $traces2->_synthesize_traces();
  47
  48 $traces2->set_accuracies();
  49
  50 if ($debug) {
  51         print("This is an scf dump:\n");
  52         $traces2->scf_dump();
  53 }