t/seqfeaturePrimer.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 8);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqFeature::Primer');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 print("Checking to see if a BSFP object can be created:\n") if $DEBUG;
  18 # yes sure, but first scope a few variables
  19 my $seqsequence = "gcatcgatctagctagcta";
  20 my $primersequence = "aaaaaacgatcgatcgtagctagct";
  21
  22 my $seqname = "chads_nifty_sequence";
  23 my $primername = "chads_nifty_primer";
  24 # ok, and what about variables governing where the feature is located?
  25 # check the primer3docs, luke...
  26 # TARGET=513,26
  27 # PRIMER_FIRST_BASE_INDEX=1
  28 # PRIMER_LEFT=484,20
  29
  30
  31 print("Checking to see if the BSFP object can be constructed with a bio::seq object\n") if $DEBUG;
  32 my $seq = Bio::Seq->new( -seq => $seqsequence, -id =>$seqname);
  33 my $bsfp_seq = Bio::SeqFeature::Primer->new( -sequence => $seq,
  34                                              -TARGET => '5,3' );
  35 isa_ok $bsfp_seq, "Bio::SeqFeature::Primer";
  36
  37 print("Checking to see if the BSFP object can be constructed with scalars\n") if $DEBUG;
  38
  39 my $bsfp_scalar = Bio::SeqFeature::Primer->new( -sequence => $primersequence,
  40                                         -id => $primername,
  41                                              -TARGET => '5,3' );
  42 isa_ok $bsfp_scalar, "Bio::SeqFeature::Primer";
  43
  44 print("Checking to see that seq() returns a Bio::Seq object and that the object is the right one.\n") if $DEBUG;
  45 isa_ok $bsfp_scalar->seq(), "Bio::Seq";
  46 print("First for the scalar-ily created one.\n") if $DEBUG;
  47 print("id ok?\n") if $DEBUG;
  48 is $bsfp_scalar->seq()->id(), $primername;
  49 print("sequence ok?\n") if $DEBUG;
  50 is $bsfp_scalar->seq()->seq(), $primersequence;
  51 print("Now for the seq-ily created one\n") if $DEBUG;
  52 print("id ok?\n") if $DEBUG;
  53 is $bsfp_seq->seq()->display_id(), $seqname;
  54 print("sequence ok?\n") if $DEBUG;
  55 is $bsfp_seq->seq()->seq(), $seqsequence;