t/phyloxml.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 BEGIN {
   7   use lib 't/lib';
   8   use BioperlTest;
   9
  10   test_begin(-tests => 97,
  11              -requires_modules => [qw(XML::LibXML XML::LibXML::Reader)],
  12             );
  13   if (1000*$] < 5008) {
  14     plan skip_all => "Reader interface only supported in Perl >= 5.8";
  15     exit;
  16   } elsif (XML::LibXML::LIBXML_VERSION() <= 20620) {
  17     plan skip_all => "Reader not supported for libxml2 <= 2.6.20";
  18     exit;
  19   }
  20         use_ok('Bio::TreeIO');
  21         use_ok('Bio::TreeIO::phyloxml');
  22   diag("libxml version: ", XML::LibXML::LIBXML_VERSION());
  23 }
  24
  25 my $verbose = test_debug();
  26
  27 ok my $treeio = Bio::TreeIO->new(
  28            -verbose => $verbose,
  29                              -format => 'phyloxml',
  30                              -file   => test_input_file('phyloxml_examples.xml'));
  31
  32 # tree1: clade and attribute
  33 # <phylogeny> <clade> <name>
  34 {
  35   if ($verbose > 0) {
  36     diag("\ntree1: clade and attribute");
  37   }
  38   my $tree = $treeio->next_tree;
  39   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  40   is($tree->id, 'example from Prof. Joe Felsenstein\'s book "Inferring Phylogenies"');
  41   is($tree->get_tag_values('description'), 'phyloXML allows to use either a "branch_length" attribute or element to indicate branch lengths.');
  42   if ($verbose > 0) {
  43     diag("tree id: ",$tree->id);
  44     diag("tree description: ", $tree->get_tag_values('description'));
  45   }
  46   is($tree->get_tag_values('rooted'), 'true');
  47   my @nodes = $tree->get_nodes;
  48   is(@nodes, 5);
  49   my ($A) = $tree->find_node('A');
  50   ok($A);
  51   is($A->branch_length, '0.102');
  52   if ($verbose > 0) {
  53     diag("node A: branch_length ", $A->branch_length);
  54   }
  55   is($A->ancestor->id, '');
  56   is($A->ancestor->branch_length, '0.06');
  57   my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
  58   if ($verbose > 0) {
  59     diag($leaves_string);
  60   }
  61   is($leaves_string, '((A,B),C)');
  62
  63 # write_tree
  64   if ($verbose > 0) {
  65     diag("\ntest write_tree");
  66   }
  67   my $FILE1 = test_output_file();
  68   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
  69       -format => 'phyloxml',
  70       -file   => ">$FILE1");
  71   $treeio->write_tree($tree);
  72   ok -s $FILE1;
  73   if ($verbose > 0) {
  74     diag(`cat $FILE1`);
  75   }
  76 }
  77
  78 # tree2: branch_length
  79 # <branch_length>
  80 {
  81   if ($verbose > 0) {
  82     diag("\ntree2: branch_length");
  83   }
  84   my $tree = $treeio->next_tree;
  85   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
  86   if ($verbose > 0) {
  87     diag("tree id: ",$tree->id);
  88   }
  89   my @nodes = $tree->get_nodes;
  90   is(@nodes, 5);
  91   my $A = $tree->find_node('A');
  92   ok($A);
  93   is($A->branch_length, '0.102');
  94   if ($verbose > 0) {
  95     diag("node A: branch_length ", $A->branch_length);
  96   }
  97   is($A->ancestor->id, '');
  98   is($A->ancestor->branch_length, '0.06');
  99   my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 100   if ($verbose > 0) {
 101     diag($leaves_string);
 102   }
 103   is($leaves_string, '((A,B),C)');
 104
 105 # write_tree
 106   if ($verbose > 0) {
 107     diag("\ntest write_tree");
 108   }
 109   my $FILE1 = test_output_file();
 110   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 111       -format => 'phyloxml',
 112       -file   => ">$FILE1");
 113   $treeio->write_tree($tree);
 114   ok -s $FILE1;
 115   if ($verbose > 0) {
 116     diag(`cat $FILE1`);
 117   }
 118 }
 119
 120 # tree3: confidence (bootstrap)
 121 # <confidence>
 122 {
 123   if ($verbose > 0) {
 124     diag("\ntree3: confidence (bootstrap)");
 125   }
 126   my $tree = $treeio->next_tree;
 127   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 128   if ($verbose > 0) {
 129     diag("tree id: ",$tree->id);
 130   }
 131   my $AB = $tree->find_node('AB');
 132   ok($AB);
 133   is($AB->bootstrap, '89');
 134   if ($verbose > 0) {
 135     diag("node AB: bootstrap ", $AB->bootstrap);
 136   }
 137   my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 138   if ($verbose > 0) {
 139     diag($leaves_string);
 140   }
 141   is($leaves_string, '((A,B),C)');
 142
 143 # write_tree
 144   if ($verbose > 0) {
 145     diag("\ntest write_tree");
 146   }
 147   my $FILE1 = test_output_file();
 148   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 149       -format => 'phyloxml',
 150       -file   => ">$FILE1");
 151   $treeio->write_tree($tree);
 152   ok -s $FILE1;
 153   if ($verbose > 0) {
 154     diag(`cat $FILE1`);
 155   }
 156 }
 157
 158 # tree4: species and sequence
 159 # <taxonomy> <scientific_name> <sequence> <annotation>
 160 {
 161   if ($verbose > 0) {
 162     diag("\ntree4: taxonomy and sequence");
 163   }
 164   my $tree = $treeio->next_tree;
 165   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 166   if ($verbose > 0) {
 167     diag("tree id: ",$tree->id);
 168   }
 169   my $C = $tree->find_node('C');
 170   my ($ac) = $C->annotation->get_Annotations('taxonomy');
 171   isa_ok( $ac, 'Bio::Annotation::Collection');
 172   my ($ac2) = $ac->get_Annotations('scientific_name');
 173   isa_ok( $ac2, 'Bio::Annotation::Collection');
 174   my ($scientificname) = $ac2->get_Annotations('_text');
 175   is($scientificname->value, 'C. elegans');
 176   if ($verbose > 0) {
 177     diag( "Node C Scientific Name: ",$scientificname->value);
 178   }
 179   my ($ac3) = $C->annotation->get_nested_Annotations(-keys=>['scientific_name'], -recursive=>1);
 180   isa_ok( $ac3, 'Bio::Annotation::Collection');
 181   ($scientificname) = $ac2->get_Annotations('_text');
 182   is($scientificname->value, 'C. elegans');
 183   if ($verbose > 0) {
 184     diag( "Node C Scientific Name: ",$scientificname->value);
 185   }
 186   my ($seq) = @{$C->sequence};
 187   isa_ok( $seq, 'Bio::SeqI');
 188   my ($seqac) = $seq->annotation;
 189   isa_ok( $seqac, 'Bio::Annotation::Collection');
 190   my ($descac) = $seqac->get_nested_Annotations(-keys=>['desc'], -recursive=>1);
 191   my ($desc) = $descac->get_Annotations('_text');
 192   is($desc->value, 'alcohol dehydrogenase');
 193   if ($verbose > 0) {
 194     diag( "Node C Sequence description: ",$desc->value);
 195   }
 196   ($descac) = $seqac->get_nested_Annotations(-keys=>['desc'], -recursive=>1);
 197
 198 # write_tree
 199   if ($verbose > 0) {
 200     diag("\ntest write_tree");
 201   }
 202   my $FILE1 = test_output_file();
 203   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 204       -format => 'phyloxml',
 205       -file   => ">$FILE1");
 206   $treeio->write_tree($tree);
 207   ok -s $FILE1;
 208   if ($verbose > 0) {
 209     diag(`cat $FILE1`);
 210   }
 211 }
 212
 213 # tree5: homolog relationship and sequence relationship
 214 # <events> <speciations> <duplications> <symbol> <accession>
 215 # <sequence_relation>
 216 {
 217   if ($verbose > 0) {
 218     diag("\ntree5: events and relations");
 219   }
 220   my $tree = $treeio->next_tree;
 221   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 222   if ($verbose > 0) {
 223     diag("tree id: ",$tree->id);
 224   }
 225   my $node = $tree->get_root_node;
 226   my ($speciationsac) = $node->annotation->get_nested_Annotations(-keys=>['speciations'], -recursive=>1);
 227   my ($speciationval) = $speciationsac->get_Annotations('_text');
 228   is($speciationval->value, '1');
 229   if ($verbose > 0) {
 230     diag("root node speciation event: ", $speciationval->value);
 231   }
 232   my @children = ($node);
 233   for (@children) {
 234     push @children, $_->each_Descendent();
 235   }
 236   my @leaves = ();
 237   for (@children) {
 238     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 239   }
 240   my ($z) = $leaves[0];
 241   my $z_seq = $z->sequence->[0];
 242   isa_ok ($z_seq, 'Bio::SeqI');
 243   my ($z_id) = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 244   my ($z_id_text) = $z_id->value;
 245   my @seq_rels = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['sequence_relation'], '-recursive'=>1);
 246   foreach my $rel (@seq_rels) {
 247     isa_ok($rel, 'Bio::Annotation::Relation');
 248     is ($rel->tagname, 'sequence_relation');
 249     my $seqto = $rel->to;
 250     isa_ok ($seqto, 'Bio::SeqI');
 251     my ($seqto_id) = $seqto->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 252     my $seqto_text = $seqto_id->value;
 253     if ($verbose > 0) {
 254       diag( "node ", $z_id_text, " has ", $rel->type, " relation to ", $seqto_text);
 255     }
 256   }
 257   my ($x) = $leaves[1];
 258
 259
 260 # write_tree
 261   if ($verbose > 0) {
 262     diag("\ntest write_tree");
 263   }
 264   my $FILE1 = test_output_file();
 265   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 266       -format => 'phyloxml',
 267       -file   => ">$FILE1");
 268   $treeio->write_tree($tree);
 269   ok -s $FILE1;
 270   if ($verbose > 0) {
 271     diag(`cat $FILE1`);
 272   }
 273 }
 274
 275 # tree6: detailed sequence data
 276 # <mol_seq> <annotation> <code>
 277 {
 278   if ($verbose > 0) {
 279     diag("\ntree6: detailed sequence annotation");
 280   }
 281   my $tree = $treeio->next_tree;
 282   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 283   if ($verbose > 0) {
 284     diag("tree id: ",$tree->id);
 285   }
 286   my @children = ($tree->get_root_node);
 287   for (@children) {
 288     push @children, $_->each_Descendent();
 289   }
 290   my @leaves = ();
 291   for (@children) {
 292     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 293   }
 294   my ($z) = $leaves[0];
 295   my $z_seq = $z->sequence->[0];
 296   isa_ok ($z_seq, 'Bio::SeqI');
 297   my ($z_seqname) = $z_seq->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['name'], '-recursive'=>1);
 298   my ($z_seqname_text) = $z_seqname->get_Annotations('_text');
 299   is ($z_seqname_text->value, 'NADH-dependent butanol dehydrogenase B');
 300   my ($z_molseq) = $z_seq->seq;
 301   is ($z_molseq, 'MVDFEYSIPTRIFFGKDKINVLGRELKKYGSKVLIVYGGGSIKRNGIYDK');
 302   if ($verbose > 0) {
 303     diag("Sequence ", $z_seqname_text->value, " is ", $z_molseq);
 304   }
 305   my ($z_seqname_text2) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$z_seq, '-path'=>'name');
 306   is ($z_seqname_text->value, $z_seqname_text2);
 307
 308 # write_tree
 309   if ($verbose > 0) {
 310     diag("\ntest write_tree");
 311   }
 312   my $FILE1 = test_output_file();
 313   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 314       -format => 'phyloxml',
 315       -file   => ">$FILE1");
 316   $treeio->write_tree($tree);
 317   ok -s $FILE1;
 318   if ($verbose > 0) {
 319     diag(`cat $FILE1`);
 320   }
 321 }
 322
 323 # tree7: network
 324 # <clade_relation> @id_source & @id_ref
 325 {
 326   if ($verbose > 0) {
 327     diag("\ntree7: network using id_source/id_ref");
 328   }
 329   my $tree = $treeio->next_tree;
 330   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 331   if ($verbose > 0) {
 332     diag("tree id: ",$tree->id);
 333   }
 334   my @children = ($tree->get_root_node);
 335   for (@children) {
 336     push @children, $_->each_Descendent();
 337   }
 338   my @leaves = ();
 339   for (@children) {
 340     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 341   }
 342   my ($c) = $leaves[0];
 343   my ($c_id) = $c->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 344   my @clade_rels = $c->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['clade_relation'], '-recursive'=>1);
 345   foreach my $rel (@clade_rels) {
 346     isa_ok($rel, 'Bio::Annotation::Relation');
 347     is ($rel->tagname, 'clade_relation');
 348     my $nodeto = $rel->to;
 349     isa_ok ($nodeto, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 350     my ($nodeto_id) = $nodeto->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['id_source'], '-recursive'=>1);
 351     is ($nodeto_id->value, 'b');
 352     my ($nodeto_id2) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$nodeto, '-path'=>'id_source', '-attr'=>1);
 353     is ($nodeto_id->value, $nodeto_id2);
 354     if ($verbose > 0) {
 355       diag( "node ", $c_id->value, " has ", $rel->type, " relation to ", $nodeto_id->value);
 356     }
 357   }
 358
 359 # write_tree
 360   if ($verbose > 0) {
 361     diag("\ntest write_tree");
 362   }
 363   my $FILE1 = test_output_file();
 364   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 365       -format => 'phyloxml',
 366       -file   => ">$FILE1");
 367   $treeio->write_tree($tree);
 368   ok -s $FILE1;
 369   if ($verbose > 0) {
 370     diag(`cat $FILE1`);
 371   }
 372 }
 373
 374 # tree8: property elements
 375 # <property>
 376 {
 377   if ($verbose > 0) {
 378     diag("\ntree8: property");
 379   }
 380   my $tree = $treeio->next_tree;
 381   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 382   if ($verbose > 0) {
 383     diag("tree id: ",$tree->id);
 384   }
 385   my ($A) = $tree->find_node('A');
 386   isa_ok($A, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 387   my ($ac) = $A->annotation();
 388   isa_ok($ac, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 389   my (@annotations) = $ac->get_Annotations('property');
 390   isa_ok( $annotations[0], 'Bio::Annotation::Collection');
 391   diag("property:",$annotations[0]);
 392   my (@keys) = $annotations[0]->get_all_annotation_keys();
 393   diag("keys:",@keys);
 394   my (@value) = $annotations[0]->get_Annotations('_text');
 395   is($value[0]->value, ' 1200 ');
 396   if ($verbose > 0) {
 397     diag( "Annotation NOAA:depth ",$value[0]->value);
 398   }
 399   my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 400   if ($verbose > 0) {
 401     diag($leaves_string);
 402   }
 403   is($leaves_string, '((A,B),C)');
 404
 405 # write_tree
 406   if ($verbose > 0) {
 407     diag("\ntest write_tree");
 408   }
 409   my $FILE1 = test_output_file();
 410   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 411       -format => 'phyloxml',
 412       -file   => ">$FILE1");
 413   $treeio->write_tree($tree);
 414   ok -s $FILE1;
 415   if ($verbose > 0) {
 416     diag(`cat $FILE1`);
 417   }
 418 }
 419
 420 # tree9: property outside tree topology using id refs
 421 # <property> @id_source @id_ref
 422 {
 423   if ($verbose > 0) {
 424     diag("\ntree9: property using id_source/id_ref");
 425   }
 426   my $tree = $treeio->next_tree;
 427   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 428   if ($verbose > 0) {
 429     diag("tree id: ",$tree->id);
 430   }
 431   my $A = $tree->find_node('A');
 432   isa_ok($A, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 433   my $ac = $A->annotation();
 434   isa_ok($ac, 'Bio::AnnotationCollectionI');
 435   my @annotations = $ac->get_Annotations('property');
 436   isa_ok( $annotations[0], 'Bio::Annotation::Collection');
 437   my @value = $annotations[0]->get_Annotations('_text');
 438   is($value[0]->value, ' 1200 ');
 439   if ($verbose > 0) {
 440     diag( "Annotation NOAA:depth ",$value[0]->value);
 441   }
 442   my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 443   if ($verbose > 0) {
 444     diag($leaves_string);
 445   }
 446   is($leaves_string, '((A,B),C)');
 447
 448 # write_tree
 449   if ($verbose > 0) {
 450     diag("\ntest write_tree");
 451   }
 452   my $FILE1 = test_output_file();
 453   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 454       -format => 'phyloxml',
 455       -file   => ">$FILE1");
 456   $treeio->write_tree($tree);
 457   ok -s $FILE1;
 458   if ($verbose > 0) {
 459     diag(`cat $FILE1`);
 460   }
 461 }
 462
 463 # tree10: detailed taxonomy and distribution
 464 # <id> <rank> <uri> <common_name> <distribution>
 465 {
 466   if ($verbose > 0) {
 467     diag("\ntree10: taxonomy and distribution");
 468   }
 469   my $tree = $treeio->next_tree;
 470   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 471   if ($verbose > 0) {
 472     diag("tree id: ",$tree->id);
 473   }
 474   my $node = $tree->get_root_node;
 475   my @leaves;
 476   my @children = ($node);
 477   for (@children) {
 478     push @children, $_->each_Descendent();
 479   }
 480   for (@children) {
 481     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 482   }
 483   my ($A) = $leaves[0];
 484   my ($scientificname) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['scientific_name'], '-recursive'=>1);
 485   my ($scientificname_text) = $scientificname->get_Annotations('_text');
 486   my ($commonname) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['common_name'], '-recursive'=>1);
 487   my ($commonname_text) = $commonname->get_Annotations('_text');
 488   my ($rank) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['rank'], '-recursive'=>1);
 489   my ($rank_text) = $rank->get_Annotations('_text');
 490   if ($verbose > 0) {
 491     diag("node rank is ", $rank_text->value);
 492     diag("node scientific name is ", $scientificname_text->value);
 493     diag("node common name is ", $commonname_text->value);
 494   }
 495   my ($distribution) = $A->annotation->get_nested_Annotations('-keys'=>['distribution'], '-recursive'=>1);
 496   my ($desc) = $distribution->get_Annotations('desc');
 497   my ($desc_text) = $desc->get_Annotations('_text');
 498   if ($verbose > 0) {
 499     diag("node distribution is ", $desc_text->value);
 500   }
 501
 502 # write_tree
 503   if ($verbose > 0) {
 504     diag("\ntest write_tree");
 505   }
 506   my $FILE1 = test_output_file();
 507   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 508       -format => 'phyloxml',
 509       -file   => ">$FILE1");
 510   $treeio->write_tree($tree);
 511   ok -s $FILE1;
 512   if ($verbose > 0) {
 513     diag(`cat $FILE1`);
 514   }
 515 }
 516
 517 # tree11: phylogeographic information
 518 # <distribution> <point> <lat> <long> <alt>
 519 {
 520   if ($verbose > 0) {
 521     diag("\ntree11: phylogenographic information");
 522   }
 523   my $tree = $treeio->next_tree;
 524   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 525   if ($verbose > 0) {
 526     diag("tree id: ",$tree->id);
 527   }
 528   my $node = $tree->get_root_node;
 529   my @leaves;
 530   my @children = ($node);
 531   for (@children) {
 532     push @children, $_->each_Descendent();
 533   }
 534   for (@children) {
 535     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 536   }
 537   my ($D) = $leaves[0];
 538   my ($point) = $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/geodetic_datum', '-attr'=>1);
 539   is ($point, 'WGS84');
 540   my ($lat) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/lat');
 541   my ($long) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/long');
 542   my ($alt) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'distribution/point/alt');
 543   is ($lat, '32.880933');
 544   is ($long, '-117.217543');
 545   is ($alt, '104');
 546   if ($verbose > 0) {
 547     diag("node distribution lat: $lat long $long alt $alt");
 548   }
 549
 550
 551 # write_tree
 552   if ($verbose > 0) {
 553     diag("\ntest write_tree");
 554   }
 555   my $FILE1 = test_output_file();
 556   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 557       -format => 'phyloxml',
 558       -file   => ">$FILE1");
 559   $treeio->write_tree($tree);
 560   ok -s $FILE1;
 561   if ($verbose > 0) {
 562     diag(`cat $FILE1`);
 563   }
 564 }
 565
 566 # tree12: date information
 567 # <date> <desc> <value>
 568 {
 569   if ($verbose > 0) {
 570     diag("\ntree12: date");
 571   }
 572   my $tree = $treeio->next_tree;
 573   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 574   if ($verbose > 0) {
 575     diag("tree id: ",$tree->id);
 576   }
 577   my $node = $tree->get_root_node;
 578   my @leaves;
 579   my @children = ($node);
 580   for (@children) {
 581     push @children, $_->each_Descendent();
 582   }
 583   for (@children) {
 584     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 585   }
 586   my ($D) = $leaves[0];
 587   my ($dateunit) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/unit', '-attr'=>1);
 588   my ($daterange) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/range', '-attr'=>1);
 589   my ($datevalue) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/value');
 590   is ($dateunit, 'mya');
 591   is ($daterange, '30');
 592   is ($datevalue, '600');
 593   if ($verbose > 0) {
 594     diag("node date unit: $dateunit range $daterange value $datevalue");
 595   }
 596
 597 # write_tree
 598   if ($verbose > 0) {
 599     diag("\ntest write_tree");
 600   }
 601   my $FILE1 = test_output_file();
 602   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 603       -format => 'phyloxml',
 604       -file   => ">$FILE1");
 605   $treeio->write_tree($tree);
 606   ok -s $FILE1;
 607   if ($verbose > 0) {
 608     diag(`cat $FILE1`);
 609   }
 610 }
 611
 612 # tree13: alignment outside <phylogeny>
 613 # <align:alignment> <seq>
 614 {
 615   if ($verbose > 0) {
 616     diag("\ntree13: alignment outside  <phylogeny>");
 617   }
 618   my $tree = $treeio->next_tree;
 619   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 620   if ($verbose > 0) {
 621     diag("tree id: ",$tree->id);
 622   }
 623   my $leaves_string = $tree->simplify_to_leaves_string();
 624   if ($verbose > 0) {
 625     diag($leaves_string);
 626   }
 627   is($leaves_string, '((A,B),C)');
 628
 629 # add annotation in phyloxml
 630   if ($verbose > 0) {
 631     diag("test add annotation in phyloXML format");
 632   }
 633   my $node = $tree->get_root_node;
 634   my @leaves;
 635   my @children = ($node);
 636   for (@children) {
 637     push @children, $_->each_Descendent();
 638   }
 639   for (@children) {
 640     push @leaves, $_ if $_->is_Leaf;
 641   }
 642   my ($D) = $leaves[0];
 643   isa_ok($D, 'Bio::Tree::AnnotatableNode');
 644   $treeio->add_phyloXML_annotation(
 645             -obj => $D,
 646             -xml => "            <name>D</name>
 647             <date unit=\"mya\" range=\"30\">
 648                <desc>my date</desc>
 649                <value>veryveryold</value>
 650             </date>
 651 "
 652             );
 653   my ($dateunit) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/unit', '-attr'=>1);
 654   my ($daterange) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/range', '-attr'=>1);
 655   my ($datevalue) =  $treeio->read_annotation('-obj'=>$D, '-path'=>'date/value');
 656   is ($dateunit, 'mya');
 657   is ($daterange, '30');
 658   is ($datevalue, 'veryveryold');
 659
 660 # write_tree
 661   if ($verbose > 0) {
 662     diag("\ntest write_tree");
 663   }
 664   my $FILE1 = test_output_file();
 665   my $treeio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 666       -format => 'phyloxml',
 667       -file   => ">$FILE1");
 668   $treeio->write_tree($tree);
 669   ok -s $FILE1;
 670   if ($verbose > 0) {
 671     diag(`cat $FILE1`);
 672   }
 673 }
 674
 675
 676 # convert between nhx-phyloxml
 677 {
 678   if ($verbose > 0) {
 679     diag("\n test translation between nhx and phyloxml");
 680   }
 681   ok my $nhxio = Bio::TreeIO->new(
 682       -verbose => $verbose,
 683       -format => 'nhx',
 684       -file   => test_input_file('test.nhx'));
 685   my $tree = $nhxio->next_tree;
 686   isa_ok($tree, 'Bio::Tree::TreeI');
 687   my $FILE1 = test_output_file();
 688   my $phyloxmlio = Bio::TreeIO->new(-verbose => $verbose,
 689       -format => 'phyloxml',
 690       -file   => ">$FILE1");
 691   $phyloxmlio->write_tree($tree);
 692   ok -s $FILE1;
 693   if ($verbose > 0) {
 694     diag(`cat $FILE1`);
 695   }
 696 }
 697