t/largepseq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 30);
  11
  12         use_ok('Bio::Seq::LargePrimarySeq');
  13         use_ok('Bio::Seq::LargeSeq');
  14         use_ok('Bio::Location::Simple');
  15         use_ok('Bio::Location::Fuzzy');
  16         use_ok('Bio::Location::Split');
  17         use_ok('Bio::SeqIO');
  18 }
  19
  20 my $pseq = Bio::Seq::LargePrimarySeq->new();
  21 ok $pseq;
  22 $pseq->add_sequence_as_string('ATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAAT');
  23 $pseq->add_sequence_as_string('GTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGGGGGT');
  24
  25 is $pseq->display_id('hello'), 'hello';
  26
  27 is $pseq->seq, 'ATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAATGTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGGGGGT' , "Sequence is " . $pseq->seq;
  28
  29 is $pseq->subseq(3,7), 'GGGGT', "Subseq is ".$pseq->subseq(3,7);
  30 my $location = Bio::Location::Simple->new(-start => 4, -end => 8,
  31                                          -strand => 1);
  32 is($pseq->subseq($location), 'GGGTG');
  33
  34 my $splitlocation = Bio::Location::Split->new();
  35
  36 $splitlocation->add_sub_Location( Bio::Location::Simple->new('-start' => 1,
  37                                                             '-end'   => 15,
  38                                                             '-strand' => 1));
  39
  40 $splitlocation->add_sub_Location( Bio::Location::Simple->new('-start' => 21,
  41                                                             '-end'   => 27,
  42                                                             '-strand' => -1));
  43
  44 is( $pseq->subseq($splitlocation), 'ATGGGGTGGGGTGAACCCCCAA');
  45
  46 my $fuzzy = Bio::Location::Fuzzy->new(-start => '<10',
  47                                      -end   => '18',
  48                                      -strand => 1);
  49
  50 is( $pseq->subseq($fuzzy), 'GGTGAAACC');
  51
  52
  53 is($pseq->trunc(8,15)->seq, 'GGGGTGAA',
  54     'trunc seq was ' . $pseq->trunc(8,15)->seq);
  55
  56
  57 is $pseq->alphabet('dna'), 'dna'; # so translate will not complain
  58 is $pseq->translate()->seq, 'MGWGETLWGWGKCLGLNPFGG';
  59
  60
  61 my $seq = Bio::Seq::LargeSeq->new(-primaryseq => $pseq );
  62
  63 is $seq->display_id('hello'), 'hello';
  64
  65 is $seq->seq, 'ATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAATGTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGGGGGT' , "Sequence is " . $seq->seq;
  66
  67 # test SeqIO::fasta (allows LargeSeqI; bug 2490)
  68
  69 SKIP: {
  70     eval {require IO::String};
  71     skip "SeqIO output for LargeSeq requires IO::String", 2 if $@;
  72         my $str;
  73         my $strobj = IO::String->new($str);
  74         my $out = Bio::SeqIO->new(-fh => $strobj, -format => 'fasta');
  75     ok($out->write_seq($seq));
  76         like($str, qr/>hello\nATGGGGTGGGGTGAAACCCTTTGGGGGTGGGGTAAATGTTTGGGGTTAAACCCCTTTGGG\nGGGT/,
  77                  'output via Bio::SeqIO::fasta');
  78 }
  79
  80 is $seq->subseq(3,7), 'GGGGT', "Subseq is ".$seq->subseq(3,7);
  81 is ($seq->trunc(8,15)->seq, 'GGGGTGAA',
  82     'trunc seq was ' . $seq->trunc(8,15)->seq);
  83
  84 is $seq->alphabet('dna'), 'dna'; # so translate will not complain
  85 is $seq->translate()->seq, 'MGWGETLWGWGKCLGLNPFGG';
  86
  87 $seq = Bio::Seq::LargeSeq->new( -display_id => 'hello');
  88 $seq->seq('ATGGGGTGGGGT');
  89 is $seq->display_id, 'hello';
  90
  91 is $seq->seq, 'ATGGGGTGGGGT' , "Sequence is " . $seq->seq;
  92
  93 is $seq->subseq(3,7), 'GGGGT', "Subseq is ".$seq->subseq(3,7);
  94 is ($seq->trunc(8,12)->seq, 'GGGGT',
  95     'trunc seq was ' . $seq->trunc(8,12)->seq);
  96
  97 is $seq->alphabet('dna'), 'dna'; # so translate will not complain
  98 is $seq->translate()->seq, 'MGWG';
  99