t/largefasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 16);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $tmpfile = test_output_file();
  16
  17 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format'=>'largefasta',
  18                            '-file'  =>test_input_file('genomic-seq.fasta'));
  19 is defined $seqio, 1, 'Instantiate Bio::SeqIO::largefasta';
  20
  21 my $pseq = $seqio->next_seq();
  22 $pseq->alphabet('dna');
  23 $pseq->desc('this is my description');;
  24 my $plength = $pseq->length();
  25 my $last_3 = $pseq->subseq($plength-3,$plength);
  26
  27 is defined $pseq, 1;
  28 is $plength > 0, 1;
  29 is length($pseq->subseq(100, 299)), 200;
  30 is $pseq->trunc(100,199)->length(), 100;
  31 is $pseq->alphabet(), 'dna';
  32 is $pseq->display_id(), 'HSBA536C5';
  33 is $pseq->accession_number(), 'unknown';
  34 is $pseq->desc, 'this is my description';
  35
  36 is open(OUT, ">$tmpfile"), 1;
  37
  38 my $seqout = Bio::SeqIO->new('-format' => 'largefasta',
  39                             '-fh'     => \*OUT );
  40 is defined $seqout, 1;
  41
  42 is $seqout->write_seq($pseq), 1;
  43 $seqout->close();
  44 close(OUT);
  45 my $seqin = Bio::SeqIO->new('-format' => 'largefasta',
  46                         '-file'   => $tmpfile);
  47 my $pseq2 = $seqin->next_seq;
  48 is ($plength, $pseq2->length());
  49 is ($pseq->display_id(), $pseq2->display_id());
  50 is ($pseq->desc(), $pseq2->desc());