t/fasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 6);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 # There are many other tests of fasta I/O in t/, this
  16 # is a dedicated script that could be further customized
  17
  18 my $verbose = test_debug();
  19
  20 my $io = Bio::SeqIO->new(-format => '',
  21                                                                  -verbose => $verbose,
  22                                                                  -file => test_input_file('test.fasta'));
  23
  24 ok(my $seq = $io->next_seq);
  25 is($seq->length, 358);
  26 is($seq->display_id,'roa1_drome');
  27 is($seq->desc,'Rea guano receptor type III >> 0.1');
  28 is($seq->alphabet,'protein');