t/Tools.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 10);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13         use_ok('Bio::Tools::SeqWords');
  14         use_ok('Bio::Tools::SeqStats');
  15 }
  16
  17 my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file('multifa.seq'), '-format' => 'Fasta');
  18 my $seqobj= $str->next_seq();
  19 ok defined $seqobj, 'new Bio::Root::IO object';
  20
  21 my $words = Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  22 my $hash = $words->count_words(6);
  23 ok (defined $words, 'new Bio::Tools::SeqWords object');
  24 ok (defined $hash, 'count_words');
  25
  26 my $seq_stats  =  Bio::Tools::SeqStats->new('-seq' => $seqobj);
  27 ok defined $seq_stats && $seq_stats, 'new Bio::Tools:SeqStats object';
  28
  29 # eg for DNA sequence
  30 my $hash_ref = $seq_stats->count_monomers();
  31 is ( $hash_ref->{'A'}, 80 , 'count_monomers()');
  32
  33 $hash_ref = $seq_stats-> count_codons();
  34 ok defined $hash_ref && $hash_ref , 'count_codons()';
  35
  36 my $weight = $seq_stats->get_mol_wt();
  37 ok defined $weight && $weight , 'get_mol_wt()' ;