t/Spidey.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 26);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Spidey::Results');
  13 }
  14
  15 ok my $spidey = Bio::Tools::Spidey::Results->new(-file=> test_input_file('spidey.noalignment'),
  16                                                  -verbose => -1);
  17
  18 $spidey->close();
  19
  20 my $exonset = $spidey->next_exonset;
  21 ok(!defined($exonset));
  22
  23 $spidey = Bio::Tools::Spidey::Results->new(-file=> test_input_file('spidey.test1'));
  24 $exonset = $spidey->next_exonset;
  25 my @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  26 is @exons, 6;
  27
  28 is $spidey->genomic_dna_length(), 145732769;
  29 is $spidey->splicesites(), 4;
  30 is $spidey->est_coverage(), 100;
  31 is $spidey->overall_percentage_id(), 99.7;
  32 is $spidey->missing_mrna_ends(), 'neither';
  33
  34 is $exonset->seq_id(), 'lcl|chr2';
  35 is $exonset->start(), 36356457;
  36 is $exonset->end(), 36375798;
  37
  38 my $exon = 0;
  39 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'lcl|tmpseq_0';
  40 is $exons[$exon]->start(), 36375691;
  41 is $exons[$exon]->end(), 36375798;
  42 is $exons[$exon]->strand(), -1;
  43 is $exons[$exon]->est_hit()->start(), 1;
  44 is $exons[$exon]->est_hit()->end(), 108;
  45 is $exons[$exon]->donor(), 1;
  46 is $exons[$exon]->acceptor(), 0;
  47
  48 $exon = 1;
  49 is $exons[$exon]->start(), 36369345;
  50 is $exons[$exon]->end(), 36369492;
  51 is $exons[$exon]->est_hit()->start(), 109;
  52 is $exons[$exon]->est_hit()->end(), 256;
  53 is $exons[$exon]->donor(), 0;
  54 is $exons[$exon]->acceptor(), 1;
  55
  56 $spidey->close();