t/Seq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 61);
  11
  12         use_ok('Bio::Seq');
  13         use_ok('Bio::Seq::RichSeq');
  14         use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  15         use_ok('Bio::Species');
  16         use_ok('Bio::Annotation::SimpleValue');
  17 }
  18
  19 ok my $seq = Bio::Seq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACT',
  20                         -desc=>'Sample Bio::Seq object',
  21                         -alphabet => 'dna',
  22                         -is_circular => 1
  23                        );
  24
  25 ok $seq->is_circular;
  26 ok not $seq->is_circular(0);
  27 ok not $seq->is_circular;
  28
  29 my $trunc = $seq->trunc(1,4);
  30 is $trunc->length, 4, 'truncated sequence length';
  31
  32 is $trunc->seq, 'ACTG', 'truncated sequence string';
  33
  34 # test ability to get str function
  35 is $seq->seq(),  'ACTGTGGCGTCAACT' ;
  36
  37 ok $seq = Bio::Seq->new(-seq=>'actgtggcgtcaact',
  38                      -desc=>'Sample Bio::Seq object',
  39                      -display_id => 'something',
  40                      -accession_number => 'accnum',
  41                      -alphabet => 'dna' );
  42
  43 is uc $seq->alphabet, 'DNA' , 'alphabet';
  44
  45 # basic methods
  46
  47 is $seq->id(), 'something',  "id";
  48 is $seq->accession_number, 'accnum', "accession number";
  49 is $seq->subseq(5, 9),  'tggcg', "subseq";
  50
  51 # check IdentifiableI and DescribableI interfaces
  52 isa_ok $seq, 'Bio::IdentifiableI';
  53 isa_ok $seq, 'Bio::DescribableI';
  54 # make sure all methods are implemented
  55 is $seq->authority("bioperl.org"), "bioperl.org";
  56 is $seq->namespace("t"), "t";
  57 is $seq->version(0), 0;
  58 is $seq->lsid_string(), "bioperl.org:t:accnum";
  59 is $seq->namespace_string(), "t:accnum.0";
  60 is $seq->description(), 'Sample Bio::Seq object';
  61 is $seq->display_name(), "something";
  62
  63 # check that feature accession works regardless of lazy things going on
  64 is scalar($seq->top_SeqFeatures()), 0;
  65 is scalar($seq->flush_SeqFeatures()), 0;
  66
  67 my $newfeat = Bio::SeqFeature::Generic->new( -start => 10,
  68                                              -end => 12,
  69                                              -primary => 'silly',
  70                                              -source => 'stuff');
  71
  72
  73 $seq->add_SeqFeature($newfeat);
  74 is $seq->feature_count, 1;
  75
  76 my $species = Bio::Species->new
  77     (-verbose => 1,
  78      -classification => [ qw( sapiens Homo Hominidae
  79                               Catarrhini Primates Eutheria
  80                               Mammalia Vertebrata Chordata
  81                               Metazoa Eukaryota )]);
  82 $seq->species($species);
  83 is $seq->species->binomial, 'Homo sapiens';
  84 $seq->annotation->add_Annotation('description',
  85                  Bio::Annotation::SimpleValue->new(-value => 'desc-here'));
  86 my ($descr) = $seq->annotation->get_Annotations('description');
  87 is $descr->value(), 'desc-here';
  88 is $descr->tagname(), 'description';
  89
  90 #
  91 #  translation tests
  92 #
  93
  94 my $trans = $seq->translate();
  95 is  $trans->seq(), 'TVAST' , 'translated sequence';
  96
  97 # unambiguous two character codons like 'ACN' and 'GTN' should give out an amino acid
  98 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAAC');
  99 $trans = $seq->translate();
 100 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with unambiguous codons';
 101
 102 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACA');
 103 $trans = $seq->translate();
 104 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with unambiguous codons';
 105
 106 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACAG');
 107 $trans = $seq->translate();
 108 is $trans->seq(), 'TVAST', 'translated sequence with unambiguous codons';
 109
 110 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACAGT');
 111 $trans = $seq->translate();
 112 is $trans->seq(), 'TVASTV', 'translated sequence with unambiguous codons';
 113
 114 $seq->seq('ACTGTGGCGTCAACAGTA');
 115 $trans = $seq->translate();
 116 is $trans->seq(), 'TVASTV', 'translated sequence with unambiguous codons';
 117
 118 $seq->seq('AC');
 119 is $seq->translate->seq , 'T', 'translated sequence with unambigious 2 char codon';
 120
 121 #difference between the default and full CDS translation
 122
 123 $seq->seq('atgtggtaa');
 124 $trans = $seq->translate();
 125 is $trans->seq(), 'MW*' , 'translated sequence with stop';
 126
 127 $seq->seq('atgtggtaa');
 128 $trans = $seq->translate(undef,undef,undef,undef,1);
 129 is $trans->seq(), 'MW', 'translated sequence';
 130
 131 #frame
 132 my $string;
 133 my @frames = (0, 1, 2);
 134 foreach my $frame (@frames) {
 135     $string .= $seq->translate(undef, undef, $frame)->seq;
 136     $string .= $seq->revcom->translate(undef, undef, $frame)->seq;
 137 }
 138 is $string, 'MW*LPHCGYHVVTT';
 139
 140 #Translating with all codon tables using method defaults
 141 $string = '';
 142 my @codontables = qw( 1 2 3 4 5 6 9 10 11 12 13 14 15 16 21 22 23);
 143 foreach my $ct (@codontables) {
 144     $string .= $seq->translate(undef, undef, undef, $ct)->seq;
 145 }
 146 is $string, 'MW*MW*MW*MW*MW*MWQMW*MW*MW*MW*MW*MWYMW*MW*MW*MW*MW*';
 147
 148 # CDS translation set to throw an exception for internal stop codons
 149 $seq->seq('atgtggtaataa');
 150 eval {
 151     $seq->translate(undef, undef, undef, undef, 'CDS' , 'throw');
 152 };
 153 like ($@, qr/EX/);
 154
 155 $seq->seq('atgtggtaataa');
 156 is( $seq->translate('J', '-',)->seq, 'MWJJ');
 157
 158 # tests for RichSeq
 159 ok my $richseq = Bio::Seq::RichSeq->new( -seq => 'atgtggtaataa',
 160                                       -accession_number => 'AC123',
 161                                       -alphabet => 'rna',
 162                                       -molecule => 'mRNA',
 163                                       -id => 'id1',
 164                                       -dates => [ '2001/1/1' ],
 165                                       -pid => '887821',
 166                                       -keywords => 'JUNK1;JUNK2',
 167                                       -division => 'Fungi',
 168                                       -secondary_accessions => 'AC1152' );
 169
 170 is ($richseq->seq, 'atgtggtaataa');
 171 is ($richseq->display_id, 'id1');
 172 is (($richseq->get_dates)[0], '2001/1/1');
 173 is (($richseq->get_secondary_accessions)[0], 'AC1152');
 174 is ($richseq->accession_number, 'AC123');
 175 is ($richseq->alphabet, 'rna');
 176 is ($richseq->molecule, 'mRNA');
 177 is ($richseq->pid, 887821);
 178 is ($richseq->division, 'Fungi');
 179 is ($richseq->keywords, 'JUNK1; JUNK2');
 180 $richseq->seq_version('2');
 181 is ($richseq->seq_version, 2);
 182
 183 # tests for subtle misbehaviors
 184 $seq = Bio::Seq->new(-primary_id => 'blah', -accession_number => 'foo');
 185 is ($seq->accession_number, $seq->primary_seq->accession_number);
 186 is ($seq->primary_id, $seq->primary_seq->primary_id);
 187 $seq->accession_number('blurb');
 188 $seq->primary_id('bar');
 189 is ($seq->accession_number, $seq->primary_seq->accession_number);
 190 is ($seq->primary_id, $seq->primary_seq->primary_id);