t/Scansite.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 14,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)]);
  12
  13         use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite');
  14         use_ok('Bio::SeqIO');
  15         use_ok('Bio::WebAgent');
  16 }
  17
  18 my $verbose = test_debug();
  19
  20 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  21
  22
  23 my $seqio=Bio::SeqIO->new( -verbose => $verbose,
  24                   -format => 'swiss',
  25                   -file   => test_input_file('swiss.dat'));
  26
  27 my $seq = $seqio->next_seq();
  28 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Scansite->new(
  29                                         -seq=>$seq->primary_seq);
  30 ok $tool->stringency('Low');
  31 is $tool->stringency(), 'Low';
  32 is $tool->protein_id(), $tool->seq->display_id();
  33
  34 SKIP: {
  35         test_skip(-tests => 6, -requires_networking => 2);
  36         ok $tool->run();
  37         skip "Something wrong with server? Terminated by error, skipping tests", 5 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  38         ok my $raw = $tool->result('');
  39         print $raw if $verbose;
  40         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  41         is $parsed->[0]{'site'}, 'T101';
  42         ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  43         is $res[0]->start, 101;
  44 }