t/Root-Utilities.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib 't/lib';
   9     use BioperlTest;
  10
  11     test_begin(-tests => 50);
  12
  13         use_ok('Bio::Root::Utilities');
  14 }
  15
  16 # Object creation
  17 my $u = Bio::Root::Utilities->new();
  18 isa_ok($u, 'Bio::Root::Utilities') ;
  19
  20 # month2num() and num2month()
  21
  22 my @month = qw(XXX Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec);
  23 for my $i (1 .. 12) {
  24   is $u->month2num($month[$i]), $i;
  25   is $u->num2month($i), $month[$i];
  26 }
  27
  28 # untaint()
  29
  30 is $u->untaint(''), '';
  31 is $u->untaint('nice string'), 'nice string';
  32 is $u->untaint('bad *?&^$! string'), 'bad ';
  33 is $u->untaint( q{100% relaxed&;''\"|*?!~<>^()[]{}$}, 1 ), '100% relaxed';
  34
  35 # mean_stdev()
  36
  37 my($mu,$sd);
  38
  39 ($mu,$sd) = $u->mean_stdev();
  40 is $mu, undef;
  41 is $sd, undef;
  42
  43 ($mu,$sd) = $u->mean_stdev(42);
  44 is $mu, 42;
  45 is $sd, undef;
  46
  47 ($mu,$sd) = $u->mean_stdev(-1,0,1);
  48 is $mu, 0;
  49 is $sd, 1;
  50
  51 # file_date(), file_flavor(), date_format()
  52
  53 my $file = test_input_file('test.txt');
  54 my $fdate = $u->file_date($file);
  55 like $fdate ,  qr/\d{4}-\d{2}-\d{2}/, 'file_date()';
  56 ok $u->file_flavor($file), 'unix (\n or 012 or ^J)';
  57
  58 my $date = $u->date_format();
  59 like $date, qr/\d{4}-\d{2}-\d{2}/, 'date format';
  60 my $date2 = $u->date_format('yyyy-mmm-dd', $date);
  61 like $date2 , qr/\d{4}-[a-z]{3}-\d{2}/i, 'date format';
  62 my $date3 = $u->date_format('mdhms');
  63 like $date3 , qr/[a-z]{3}\d{1,2} \d{1,2}:\d{1,2}:\d{1,2}/, 'date format';
  64 my $date4 = $u->date_format('d-m-y', '11/22/60');
  65 like $date4 , qr/\d{1,2}-[a-z]{3}-\d{4}/i, 'date format';
  66 my $date5 = $u->date_format('mdy', '1/5/01');
  67 like $date5 , qr/[a-z]{3} \d{1,2}, \d{4}/i, 'date format';
  68
  69 # External executable-related functions.
  70
  71 my $exe = $u->find_exe('some-weird-thing-no-one-will-have');
  72 ok ! defined $exe ;
  73
  74 # compress() and uncompress() using gzip.
  75 SKIP: {
  76     my $gzip = $u->find_exe('gzip');
  77     skip "gzip not found, skipping gzip tests", 6 unless $gzip;
  78     ok -x $gzip;
  79
  80     my $zfile = $u->compress($file);
  81     like $zfile, qr/$file.gz|tmp.bioperl.gz/;
  82     ok -s $zfile;
  83     if ($zfile =~ /tmp.bioperl.gz/) {
  84         ok -e $file;
  85     }
  86     else {
  87         ok ! -e $file;
  88     }
  89     my $unzfile = $u->uncompress($zfile);
  90     ok ! -e $zfile;
  91     ok -e $file;
  92 }
  93
  94 # send_mail()
  95
  96 # $u->send_mail(-to=>'sac@bioperl.org',  # <--- your address here!
  97 #               -subj=>'Root-Utilities.t',
  98 #               -msg=>'Hey, your send_mail() method works!');