t/RestrictionIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib 't/lib';
   9     use BioperlTest;
  10
  11     test_begin(-tests => 18);
  12
  13     use_ok('Bio::Restriction::IO');
  14 }
  15
  16 #
  17 # default enz set
  18 #
  19 ok my $in  = Bio::Restriction::IO->new();
  20 ok my $renzs = $in->read;
  21 is $renzs->each_enzyme, 532;
  22
  23 ok my $e = $renzs->get_enzyme('AccI');
  24 is $e->name, 'AccI';
  25
  26 my $outfile = test_output_file();
  27 ok my $out = Bio::Restriction::IO->new(-format => 'base', -file => ">$outfile");
  28 TODO: {
  29     local $TODO = "writing to a file doesn't seem to work? prints to STDOUT!";
  30     #$out->write($renzs);
  31     ok -s $outfile;
  32     #map {print $_->name, "\t", $_->site, "\t", $_->overhang, "\n"} $renzs->each_enzyme;
  33 }
  34
  35 #
  36 # withrefm, 31
  37 #
  38
  39 ok $in  = Bio::Restriction::IO->new
  40   (-format=> 'withrefm',
  41         -verbose => 0,
  42         -file => test_input_file('rebase.withrefm'));
  43 ok $renzs = $in->read;
  44 is $renzs->each_enzyme, 11;
  45
  46 #
  47 # itype2, 8
  48 #
  49 #enzyme name [tab] prototype [tab] recognition sequence with cleavage site
  50 #  [tab] methylation site and type [tab] commercial source [tab] references
  51
  52 ok $in  = Bio::Restriction::IO->new
  53     (-format=> 'itype2', -verbose => 0,
  54      -file => test_input_file('rebase.itype2'));
  55
  56 ok $renzs = $in->read;
  57 is $renzs->each_enzyme, 16;
  58
  59 ok  $out  = Bio::Restriction::IO->new(-format=>'base');
  60
  61 SKIP: {
  62    test_skip(-tests => 3, -requires_networking => 1);
  63    #test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'LWP::UserAgent');
  64
  65     ok  $in  = Bio::Restriction::IO->new(-format=>'prototype',
  66                                           -current => 1);
  67
  68     ok my $coll = $in->read;
  69     is $coll->each_enzyme, 307;
  70 }
  71