t/RNA_SearchIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 495);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result,$iter,$hit,$hsp, $algorithm, $meta);
  16
  17 ### Infernal ####
  18
  19 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
  20                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
  21                                 # version is reset to the correct one by parser
  22                                 -version => 0.7,
  23                                 -model => 'Purine',
  24                                 -query_acc => 'RF00167',
  25                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
  26                                 -database => 'b_sub.fas',
  27                                 -hsp_minscore => 40,
  28                                 -convert_meta => 0,
  29                                 -verbose => 2
  30                                );
  31
  32 $result = $searchio->next_result;
  33 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
  34 $algorithm = $result->algorithm;
  35 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
  36 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
  37 is($result->algorithm_version, 0.7, "Result $algorithm version");
  38 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
  39 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
  40 is($result->database_entries, '', "Result entries");
  41 is($result->database_letters, '', "Result letters");
  42 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
  43 is($result->num_hits, 2, "Result num_hits");
  44 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
  45 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
  46 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
  47 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
  48 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
  49
  50 $hit = $result->next_hit;
  51 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
  52 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
  53 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
  54 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
  55 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
  56 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
  57 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
  58 is($hit->n, 2, "Hit n");
  59 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
  60 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
  61
  62 # These Bio::Search::Hit::HitI methods are currently unimplemented in
  63 # Bio::Search::Hit::ModelHit; they may be integrated over time but will require
  64 # some reconfiguring for Model-based searches
  65
  66 eval { $hit->length_aln() };
  67 like($@, qr'length_aln not implemented for Model-based searches',
  68      "Hit length_aln() not implemented");
  69 eval {$hit->num_unaligned_hit};
  70 like($@, qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
  71      "Hit num_unaligned_hit() not implemented");
  72 eval {$hit->num_unaligned_query};
  73 like($@, qr'num_unaligned_query not implemented for Model-based searches',
  74      "Hit num_unaligned_query() not implemented");
  75 eval {$hit->num_unaligned_sbjct};
  76 like($@, qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
  77      "Hit num_unaligned_sbjct() not implemented");
  78 eval {$hit->start};
  79 like($@, qr'start not implemented for Model-based searches','Hit start not implemented');
  80 eval {$hit->end};
  81 like($@, qr'end not implemented for Model-based searches','Hit end not implemented');
  82 eval {$hit->strand};
  83 like($@, qr'strand not implemented for Model-based searches','Hit strand not implemented');
  84 eval {$hit->logical_length};
  85 like($@, qr'logical_length not implemented for Model-based searches','Hit logical_length not implemented');
  86 eval {$hit->frac_aligned_hit};
  87 like($@, qr'frac_aligned_hit not implemented for Model-based searches','Hit frac_aligned_hit not implemented');
  88 eval{$hit->frac_aligned_query};
  89 like($@, qr'frac_aligned_query not implemented for Model-based searches','Hit frac_aligned_query not implemented');
  90 eval {$hit->frac_conserved};
  91 like($@, qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches','Hit frac_conserved not implemented');
  92 eval{$hit->frac_identical};
  93 like($@, qr'frac_identical not implemented for Model-based searches','Hit frac_identical not implemented');
  94 eval{$hit->matches};
  95 like($@, qr'matches not implemented for Model-based searches','Hit matches not implemented');
  96 eval{$hit->gaps};
  97 like($@, qr'gaps not implemented for Model-based searches','Hit gaps not implemented');
  98 eval{$hit->frame};
  99 like($@, qr'frame not implemented for Model-based searches','Hit frame not implemented');
 100 eval {$hit->range};
 101 like($@, qr'range not implemented for Model-based searches','Hit range not implemented');
 102 eval {$hit->seq_inds};
 103 like($@, qr'seq_inds not implemented for Model-based searches','Hit seq_inds not implemented');
 104
 105 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 106 eval {$hit->p};
 107 like($@, qr'P-value not defined. Using expect\(\) instead',
 108      "No p values");
 109
 110 is($hit->length, 0, "Hit length");
 111 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 112 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 113 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 114 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 115 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 116 is($hit->significance, undef, "Hit significance");
 117
 118 $hsp = $hit->next_hsp;
 119 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 120 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 121 is($hsp->evalue, undef, "HSP evalue");
 122 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 123 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 124 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 125 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 126 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 127 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::');
 128
 129 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 130 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 131 is($hit->length, 0, "Hit length");
 132 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 133 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 134 is($hsp->hit_string,
 135    'CAUGAAAUCAAAACACGACCUCAUAUAAUCUUGGGAAUAUGGCCCAUAAGUUUCUACCCGGCAACCGUAAAUUGCCGGACUAUGcAGGGAAGUGAUCGAUAAA',
 136    "HSP hit_string");
 137 is($hsp->homology_string,
 138    ' A+ A+A+ AAAA A   :CUC:UAUAAU: :GGGAAUAUGGCCC: :AGUUUCUACC:GGCAACCGUAAAUUGCC:GACUA:G AG: AA + ++  +++++',
 139    "HSP homology_string");
 140 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 141 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 142 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 143 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 144 is($hsp->n, '', "HSP n");
 145 is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 146 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 147 is($hsp->query_string,
 148    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 149    "HSP query_string");
 150 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 151 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 152 is($hsp->seq_inds, 67, "HSP seq_inds");
 153 is($hsp->significance, undef, "HSP significance");
 154 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 155 is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 156
 157 # These Bio::Search::HSP::HSPI methods are currently unimplemented in
 158 # Bio::Search::HSP::ModelHSP; they may be integrated over time but will require
 159 # some reconfiguring for Model-based searches
 160
 161 eval {$hsp->matches};
 162 like($@, qr'matches not implemented for Model-based searches','HSP matches not implemented');
 163 eval {$hsp->frac_conserved};
 164 like($@, qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches','HSP frac_conserved not implemented');
 165 eval {$hsp->frac_identical};
 166 like($@, qr'frac_identical not implemented for Model-based searches','HSP frac_identical not implemented');
 167 eval {$hsp->num_conserved};
 168 like($@, qr'num_conserved not implemented for Model-based searches','HSP num_conserved not implemented');
 169 eval {$hsp->num_identical};
 170 like($@, qr'num_identical not implemented for Model-based searches','HSP num_identical not implemented');
 171 eval {$hsp->percent_identity};
 172 like($@, qr'percent_identity not implemented for Model-based searches','HSP percent_identity not implemented');
 173 eval {$hsp->cigar_string};
 174 like($@, qr'cigar_string not implemented for Model-based searches','HSP cigar_string not implemented');
 175 eval {$hsp->generate_cigar_string};
 176 like($@, qr'generate_cigar_string not implemented for Model-based searches','HSP cigar_string not implemented');
 177
 178 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 179 is($hsp->seq_str,
 180    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcG.aGuaAauauuaaauauuu',
 181    "HSP seq_str");
 182 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 183 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 184 is($hsp->meta,
 185    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,)))).))))::::::::::::::',
 186    "HSP meta");
 187 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 188
 189 $hsp = $hit->next_hsp;
 190 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 191 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 192 is($hsp->evalue, undef, "HSP evalue");
 193 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 194 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 195 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 196 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 197 # infernal can return alignment data
 198 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 199 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 200 is($hsp->hit_string,
 201    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 202    "HSP hit_string");
 203 is($hsp->homology_string,
 204    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 205    "HSP homology_string");
 206 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 207 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 208 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 209 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 210 is($hsp->n, '', "HSP n");
 211 is($hsp->pvalue, undef, "HSP pvalue");
 212 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 213 is($hsp->query_string,
 214    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 215    "HSP query_string");
 216 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 217 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 218 is($hsp->seq_inds, 69, "HSP seq_inds");
 219 is($hsp->significance, undef, "HSP significance");
 220 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 221 is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 222 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 223 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 224 # this should probably default to the hit string
 225 is($hsp->seq_str,
 226    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 227    "HSP seq_str");
 228 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 229 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 230 is($hsp->meta,
 231    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 232    "HSP meta");
 233 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 234
 235 # one more hit...
 236
 237 $hit = $result->next_hit;
 238 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 239 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 240 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 241 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 242 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 243 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 244 is($hit->length, 0, "Hit length");
 245 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 246 is($hit->n, 1, "Hit n");
 247 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 248 is($hit->num_hsps, 1, "Hit num_hsps");
 249 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 250 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 251 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 252 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 253 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 254 is($hit->significance, undef, "Hit significance");
 255
 256 # one more HSP...
 257
 258 $hsp = $hit->next_hsp;
 259 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 260 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 261 is($hsp->evalue, undef, "HSP evalue");
 262 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 263 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 264 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 265 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 266 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 267 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 268 is($hsp->hit_string,
 269    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 270    "HSP hit_string");
 271 is($hsp->homology_string,
 272    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 273    "HSP homology_string");
 274 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 275 is($hsp->hsp_length, 103, "HSP hsp_length");
 276 is($hsp->length, 103, "HSP length");
 277 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 278 is($hsp->n, '', "HSP n");
 279 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 280 is($hsp->query_string,
 281    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 282    "HSP query_string");
 283 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 284 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 285 is($hsp->seq_inds, 64, "HSP seq_inds");
 286 is($hsp->significance, undef, "HSP significance");
 287 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 288 is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 289 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 290 is($hsp->seq_str,
 291    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 292    "HSP seq_str");
 293 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 294 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 295 is($hsp->meta,
 296    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 297    "HSP meta");
 298 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 299
 300 my $symbols = {
 301             '5-prime'        => '(',
 302             '3-prime'        => ')',
 303             'single-strand'  => ':',
 304             'unknown'        => '?',
 305             'gap'            => '-'
 306              # may add more for quartets, triplets
 307               };
 308
 309 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 310                                 -file   => test_input_file('test.infernal'),
 311                                 # version is reset to the correct one by parser
 312                                 -version => 0.7,
 313                                 -model => 'Purine',
 314                                 -query_acc => 'RF00167',
 315                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 316                                 -database => 'b_sub.fas',
 317                                 -hsp_minscore => 40,
 318                                 -convert_meta => 1,
 319                                 -symbols => $symbols
 320                                );
 321
 322 $result = $searchio->next_result;
 323 $hit = $result->next_hit;
 324 $hsp = $hit->next_hsp;
 325 is($hsp->meta,
 326    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))-))))::::::::::::::',
 327    "HSP meta gap bug");
 328 $hsp = $hit->next_hsp;
 329 is($hsp->meta,
 330    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 331    "HSP meta");
 332 $hit = $result->next_hit;
 333 $hsp = $hit->next_hsp;
 334 is($hsp->meta,
 335    ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::',
 336    "HSP meta");
 337 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 338 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 339 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 340 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((:::(((((((:::::::)))))))::::::::(((((((:::::::)))))))::))))))))::::::::::::::');
 341
 342 ## Infernal 0.81 parsing ##
 343
 344 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'infernal',
 345                                 -file   => test_input_file('purine_v081.infernal'),
 346                                 # version is reset to the correct one by parser
 347                                 -query_acc => 'RF00167',
 348                                 -query_desc => 'Purine riboswitch',
 349                                 -database => 'b_sub.fas',
 350                                 -convert_meta => 0,
 351                                 -verbose => 2
 352                                );
 353
 354 $result = $searchio->next_result;
 355
 356 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 357 $algorithm = $result->algorithm;
 358 is($result->algorithm, 'CMSEARCH', "Result $algorithm");
 359 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 360 is($result->algorithm_version, 0.81, "Result $algorithm version");
 361 is($result->available_parameters, 0, "Result parameters");
 362 is($result->available_statistics, 0, "Result statistics");
 363 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 364 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 365 is($result->database_name, 'b_sub.fas', "Result database_name");
 366 is($result->num_hits, 3, "Result num_hits");
 367 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 368 is($result->query_accession, 'RF00167', "Result query_accession");
 369 is($result->query_description, 'Purine riboswitch', "Result query_description");
 370 is($result->query_length, 102, "Result query_length");
 371 is($result->query_name, 'Purine', "Result query_name");
 372
 373 $hit = $result->next_hit;
 374 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 375 is($hit->ncbi_gi, '633168', "Hit GI");
 376 is($hit->accession, 'X83878.1', "Hit accession");
 377 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 378 is($hit->bits, 79.36, "Hit bits");
 379 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 380 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 381 is($hit->n, 2, "Hit n");
 382 is($hit->name, 'gi|633168|emb|X83878.1|', "Hit name");
 383 is($hit->num_hsps, 2, "Hit num_hsps");
 384
 385 # These Bio::Search::Hit::HitI methods are currently unimplemented in
 386 # Bio::Search::Hit::ModelHit; they may be integrated over time but will require
 387 # some reconfiguring for Model-based searches
 388
 389 eval { $hit->length_aln() };
 390 like($@, qr'length_aln not implemented for Model-based searches',
 391      "Hit length_aln() not implemented");
 392 eval {$hit->num_unaligned_hit};
 393 like($@, qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
 394      "Hit num_unaligned_hit() not implemented");
 395 eval {$hit->num_unaligned_query};
 396 like($@, qr'num_unaligned_query not implemented for Model-based searches',
 397      "Hit num_unaligned_query() not implemented");
 398 eval {$hit->num_unaligned_sbjct};
 399 like($@, qr'num_unaligned_hit/num_unaligned_sbjct not implemented for Model-based searches',
 400      "Hit num_unaligned_sbjct() not implemented");
 401 eval {$hit->start};
 402 like($@, qr'start not implemented for Model-based searches','Hit start not implemented');
 403 eval {$hit->end};
 404 like($@, qr'end not implemented for Model-based searches','Hit end not implemented');
 405 eval {$hit->strand};
 406 like($@, qr'strand not implemented for Model-based searches','Hit strand not implemented');
 407 eval {$hit->logical_length};
 408 like($@, qr'logical_length not implemented for Model-based searches','Hit logical_length not implemented');
 409 eval {$hit->frac_aligned_hit};
 410 like($@, qr'frac_aligned_hit not implemented for Model-based searches','Hit frac_aligned_hit not implemented');
 411 eval{$hit->frac_aligned_query};
 412 like($@, qr'frac_aligned_query not implemented for Model-based searches','Hit frac_aligned_query not implemented');
 413 eval {$hit->frac_conserved};
 414 like($@, qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches','Hit frac_conserved not implemented');
 415 eval{$hit->frac_identical};
 416 like($@, qr'frac_identical not implemented for Model-based searches','Hit frac_identical not implemented');
 417 eval{$hit->matches};
 418 like($@, qr'matches not implemented for Model-based searches','Hit matches not implemented');
 419 eval{$hit->gaps};
 420 like($@, qr'gaps not implemented for Model-based searches','Hit gaps not implemented');
 421 eval{$hit->frame};
 422 like($@, qr'frame not implemented for Model-based searches','Hit frame not implemented');
 423 eval {$hit->range};
 424 like($@, qr'range not implemented for Model-based searches','Hit range not implemented');
 425 eval {$hit->seq_inds};
 426 like($@, qr'seq_inds not implemented for Model-based searches','Hit seq_inds not implemented');
 427
 428 # p() works but there are no evalues yet for Infernal output, so catch and check...
 429 eval {$hit->p};
 430 like($@, qr'P-value not defined. Using expect\(\) instead',
 431      "No p values");
 432
 433 is($hit->length, 0, "Hit length");
 434 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 435 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 436 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 437 is($hit->raw_score, 79.36, "Hit raw_score");
 438 is($hit->score, 79.36, "Hit score");
 439 is($hit->significance, 1.945e-07, "Hit significance");
 440
 441 $hsp = $hit->next_hsp;
 442 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 443 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 444 is($hsp->evalue, 1.945e-07, "HSP evalue");
 445 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 446 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 447 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 448 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 449 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 450 is($meta, ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::');
 451
 452 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 453 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 454 is($hit->length, 0, "Hit length");
 455 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 456 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 457 is($hsp->hit_string,
 458    'UUACAAUAUAAUAGGAACACUCAUAUAAUCGCGUGGAUAUGGCACGCAAGUUUCUACCGGGCA-CCGUAAA-UGUCCGACUAUGGGUGAGCAAUGGAACCGC',
 459    "HSP hit_string");
 460 is($hsp->homology_string,
 461    '+ A A++A AA A  AA:AC+C:UAUAAU::CG:G AUAUGGC:CG::AGUUUCUACC:G CA CCGUAAA UG C:GACUA:G+GU:A  A+U  A+    ',
 462    "HSP homology_string");
 463 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 464 is($hsp->hsp_length,102, "HSP hsp_length");
 465 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 466 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 467 is($hsp->n, '', "HSP n");
 468 is($hsp->pvalue, 1.945e-07, "HSP pvalue");
 469 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 470 is($hsp->query_string,
 471    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 472    "HSP query_string");
 473 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 474 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 475 is($hsp->seq_inds, 64, "HSP seq_inds");
 476 is($hsp->significance, 1.945e-07, "HSP significance");
 477 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 478 is($hsp->expect, 1.945e-07, "HSP expect");
 479
 480 # These Bio::Search::HSP::HSPI methods are currently unimplemented in
 481 # Bio::Search::HSP::ModelHSP; they may be integrated over time but will require
 482 # some reconfiguring for Model-based searches
 483
 484 eval {$hsp->matches};
 485 like($@, qr'matches not implemented for Model-based searches','HSP matches not implemented');
 486 eval {$hsp->frac_conserved};
 487 like($@, qr'frac_conserved not implemented for Model-based searches','HSP frac_conserved not implemented');
 488 eval {$hsp->frac_identical};
 489 like($@, qr'frac_identical not implemented for Model-based searches','HSP frac_identical not implemented');
 490 eval {$hsp->num_conserved};
 491 like($@, qr'num_conserved not implemented for Model-based searches','HSP num_conserved not implemented');
 492 eval {$hsp->num_identical};
 493 like($@, qr'num_identical not implemented for Model-based searches','HSP num_identical not implemented');
 494 eval {$hsp->percent_identity};
 495 like($@, qr'percent_identity not implemented for Model-based searches','HSP percent_identity not implemented');
 496 eval {$hsp->cigar_string};
 497 like($@, qr'cigar_string not implemented for Model-based searches','HSP cigar_string not implemented');
 498 eval {$hsp->generate_cigar_string};
 499 like($@, qr'generate_cigar_string not implemented for Model-based searches','HSP cigar_string not implemented');
 500
 501 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 502 is($hsp->seq_str,
 503    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 504    "HSP seq_str");
 505 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 506 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 507 is($hsp->meta,
 508    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 509    "HSP meta");
 510 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 511
 512 $hsp = $hit->next_hsp;
 513 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 514 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 515 is($hsp->evalue, 6.802, "HSP evalue");
 516 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 517 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 518 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 519 is($hsp->gaps, 3, "HSP gaps");
 520 # infernal can return alignment data
 521 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 522 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 523 is($hsp->hit_string,
 524    'CGUGCGGUUCCAUUGCUCACCCAUA-GUCGGACAU-UUACGG-UGCCCGGUAGAAACUUGCGUGCCAUAUCCACGCGAUUaUAUGAGUGUUCCUAUUAUAUUG',
 525    "HSP hit_string");
 526 is($hsp->homology_string,
 527    '  +    +   A    +:AC C:UA  +::: ::   UA GG :: :::GU    AC: G::::CC UA  ::::C :   UA:G GU: +  U+++AUAUU ',
 528    "HSP homology_string");
 529 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 530 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 531 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 532 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 533 is($hsp->n, '', "HSP n");
 534 is($hsp->pvalue, 0.9989, "HSP pvalue");
 535 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 536 is($hsp->query_string,
 537    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 538    "HSP query_string");
 539 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 540 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 541 is($hsp->seq_inds, 31, "HSP seq_inds");
 542 is($hsp->significance, 6.802, "HSP significance");
 543 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 544 is($hsp->expect, 6.802, "HSP expect");
 545 #is($hsp->matches, 2, "HSP matches");
 546 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 547 # this should probably default to the hit string
 548 is($hsp->seq_str,
 549    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGAC.UAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 550    "HSP seq_str");
 551 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 552 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 553 is($hsp->meta,
 554    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,.))))))))::::::::::::::',
 555    "HSP meta");
 556 is($hsp->strand('hit'), -1, "HSP strand");
 557
 558 # one more hit...
 559
 560 $hit = $result->next_hit;
 561 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 562 is($hit->accession, 'U51115.1', "Hit accession");
 563 is($hit->ncbi_gi, '2239287', "Hit GI");
 564 is($hit->algorithm, 'CMSEARCH', "Hit algorithm");
 565 is($hit->bits, 81.29, "Hit bits");
 566 is($hit->description, '', "Hit description"); # no hit descs yet
 567 is($hit->length, 0, "Hit length");
 568 is($hit->locus, 'BSU51115', "Hit locus");
 569 is($hit->n, 11, "Hit n");
 570 is($hit->name, 'gi|2239287|gb|U51115.1|BSU51115', "Hit name");
 571 is($hit->num_hsps, 11, "Hit num_hsps");
 572 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 573 is($hit->query_length, 102, "Hit query_length");
 574 is($hit->rank, 2, "Hit rank");
 575 is($hit->raw_score, 81.29, "Hit raw_score");
 576 is($hit->score, 81.29, "Hit score");
 577 is($hit->significance, 1.259e-07, "Hit significance");
 578
 579 # one more HSP...
 580
 581 $hsp = $hit->next_hsp;
 582 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 583 is($hsp->algorithm, 'CMSEARCH', "HSP algorithm");
 584 is($hsp->evalue, 1.259e-07, "HSP evalue");
 585 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 586 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 587 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 588 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 589 isa_ok($hsp->get_aln, 'Bio::Align::AlignI');
 590 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 591 is($hsp->hit_string,
 592    'AGAAAUCAAAUAAGAUGAAUUCGUAUAAUCGCGGGAAUAUGGCUCGCAAGUCUCUACCAAGCUACCGUAAAUGGCUUGACUACGUAAACAUUUCUUUCGUUU',
 593    "HSP hit_string");
 594 is($hsp->homology_string,
 595    'A AAAU AAA+AA A+   : CGUAUAAU::CG:GAAUAUGGC:CG::AGU UCUACCA:GC ACCGUAAAU GC:UGACUACG :   AU+U +++  UUU',
 596    "HSP homology_string");
 597 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 598 is($hsp->hsp_length, 102, "HSP hsp_length");
 599 is($hsp->length, 102, "HSP length");
 600 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 601 is($hsp->n, '', "HSP n");
 602 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 603 is($hsp->query_string,
 604    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 605    "HSP query_string");
 606 is($hsp->range, 102, "HSP range");
 607 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 608 is($hsp->seq_inds, 69, "HSP seq_inds");
 609 is($hsp->significance, 1.259e-07, "HSP significance");
 610 is($hsp->end, 102, "HSP end");
 611 is($hsp->expect, 1.259e-07, "HSP expect");
 612 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 613 is($hsp->seq_str,
 614    'aAaaauaaAaaaaaaaauaCuCgUAUAaucucgggAAUAUGGcccgagaGUuUCUACCaGgcaaCCGUAAAuugcCuGACUAcGaGuaAauauuaaauauuu',
 615    "HSP seq_str");
 616 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 617 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 618 is($hsp->meta,
 619    ':::::::::::::::::((((((((,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,,,,,,,<<<<<<<_______>>>>>>>,,))))))))::::::::::::::',
 620    "HSP meta");
 621 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 622
 623 #### RNAMotif ####
 624
 625 # regular data
 626
 627 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'rnamotif',
 628                                 -file   => test_input_file('trna.strict.rnamotif'),
 629                                 -model => 'trna.descr',
 630                                 -query_acc => 'test',
 631                                 -database => 'gbrna.fas',
 632                                 -verbose => 2
 633                                );
 634
 635 $result = $searchio->next_result;
 636 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 637 $algorithm = $result->algorithm;
 638 is($result->algorithm, 'RNAMOTIF', "Result $algorithm");
 639 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 640 is($result->algorithm_version, '3.0.3', "Result $algorithm version");
 641 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 642 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 643 is($result->database_name, 'gbrna.fas', "Result database_name");
 644 is($result->num_hits, 28, "Result num_hits");
 645 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 646 is($result->query_accession, 'test', "Result query_accession");
 647 is($result->query_description, 'h5 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 ss h5 ss h3 h3 ss', "Result query_description");
 648 is($result->query_length, 0, "Result query_length");
 649 is($result->query_name, 'trna.strict.descr', "Result query_name");
 650
 651 $hit = $result->next_hit;
 652 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 653 is($hit->accession, 'M10671', "Hit accession");
 654 is($hit->ncbi_gi, '173683', "Hit GI");
 655 is($hit->algorithm, 'RNAMOTIF', "Hit algorithm");
 656 is($hit->description, 'Avian oncornavirus Trp-tRNA',
 657    "Hit description"); # no hit descs yet
 658 is($hit->length, 0, "Hit length");
 659 is($hit->locus, 'ACSTRW', "Hit locus");
 660 is($hit->n, 8, "Hit n");
 661 is($hit->name, 'gi|173683|gb|M10671|ACSTRW', "Hit name");
 662 is($hit->num_hsps, 8, "Hit num_hsps");
 663 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 664 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 665 is($hit->raw_score, 0, "Hit raw_score");
 666 is($hit->score, 0, "Hit score");
 667 is($hit->significance, undef, "Hit significance");
 668
 669 $hsp = $hit->next_hsp;
 670 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 671 is($hsp->algorithm, 'RNAMOTIF', "HSP algorithm");
 672 is($hsp->evalue, undef, "HSP evalue");
 673 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 674 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 675 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 676 is($hsp->gaps, 0, "HSP gaps");
 677
 678 # RNAMotif cannot build alignments
 679 eval{$hsp->get_aln};
 680 like($@, qr'Missing query string, can\'t build alignment','RNAMotif get_aln warning');
 681 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 682 is($hsp->hit_string,
 683    'gacctcgtggcgcaacggtagcgcgtctgactccagatcagaaggctgcgtgttcgaatcacgtcggggtcacca',
 684    "HSP hit_string");
 685 is($hsp->homology_string,
 686    '',
 687    "HSP homology_string");
 688 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 689 is($hsp->hsp_length, 75, "HSP hsp_length");
 690 is($hsp->length, 75, "HSP length");
 691 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 692 is($hsp->n, '',"HSP n");
 693 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 694 is($hsp->query_string,
 695    '',
 696    "HSP query_string");
 697 is($hsp->range, 75, "HSP range");
 698 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 699 is($hsp->significance, undef, "HSP significance");
 700 is($hsp->end, 75, "HSP end");
 701 is($hsp->expect, undef, "HSP expect");
 702 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 703 is($hsp->seq_str,
 704    '',
 705    "HSP seq_str");
 706 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 707 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 708 is($hsp->meta,
 709    '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....',
 710    "HSP meta");
 711 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 712 ($meta) = $hsp->feature1->get_tag_values('meta');
 713 is($meta, '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....');
 714 ($meta) = $hsp->feature2->get_tag_values('meta');
 715 is($meta, '<<<<<<<..<<<.........>>>.<<<<<.......>>>>>.......<<<<.......>>>>>>>>>>>....');
 716
 717 #### ERPIN ####
 718
 719 $searchio = Bio::SearchIO->new( -format => 'erpin',
 720                                 -file   => test_input_file('testfile.erpin'),
 721                                 -model => 'stem-loop',
 722                                 -query_acc => 'test',
 723                                 -version => 5.5,
 724                                 -verbose => 2
 725                                );
 726 $result = $searchio->next_result;
 727 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::ResultI');
 728 $algorithm = $result->algorithm;
 729 is($result->algorithm, 'ERPIN', "Result $algorithm");
 730 is($result->algorithm_reference, undef, "Result $algorithm reference");
 731 is($result->algorithm_version, 5.5, "Result $algorithm version");
 732 is($result->available_parameters, 2, "Result parameters");
 733 is($result->available_statistics, 1, "Result statistics");
 734 is($result->database_entries, '', "Result entries");
 735 is($result->database_letters, '', "Result letters");
 736 is($result->database_name, 'AE016879.fna', "Result database_name");
 737 is($result->num_hits, 1, "Result num_hits");
 738 is($result->program_reference, undef, "Result program_reference");
 739 is($result->query_accession, 'test', "Result query_accession");
 740 is($result->query_description, '40 sequences of length 43', "Result query_description");
 741 is($result->query_name, '/home/Administrator/pyrR.epn', "Result query_name");
 742
 743 $hit = $result->next_hit;
 744 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 745 is($hit->accession, 'AE016879.1', "Hit accession");
 746 is($hit->ncbi_gi, '30260185', "Hit GI");
 747 is($hit->algorithm, 'ERPIN', "Hit algorithm");
 748 is($hit->bits, 31.64, "Hit bits");
 749 is($hit->description, 'Bacillus anthracis str. Ames, complete genome',
 750    "Hit description"); # no hit descs yet
 751 is($hit->length, 0, "Hit length");
 752 is($hit->locus, '', "Hit locus");
 753 is($hit->n, 4, "Hit n");
 754 is($hit->name, 'gi|30260185|gb|AE016879.1|', "Hit name");
 755 is($hit->num_hsps, 4, "Hit num_hsps");
 756 is($hit->overlap, 0, "Hit overlap");
 757 is($hit->query_length, undef, "Hit query_length");
 758 is($hit->rank, 1, "Hit rank");
 759 is($hit->raw_score, 31.64, "Hit raw_score");
 760 is($hit->score, 31.64, "Hit score");
 761 is($hit->significance, '4.44e-06', "Hit significance");
 762
 763 $hsp = $hit->next_hsp;
 764 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 765 is($hsp->algorithm, 'ERPIN', "HSP algorithm");
 766 is($hsp->evalue, '1.68e-05', "HSP evalue");
 767 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 768 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 769 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 770 is($hsp->gaps, 2, "HSP gaps");
 771 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 772 is($hsp->hit_string,
 773    'CTTT.aacc--.CAACC.CCGTGA.GGTTG.a.GAAG',
 774    "HSP hit_string");
 775 is($hsp->homology_string,
 776    '',
 777    "HSP homology_string");
 778 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 779 is($hsp->hsp_length, 37, "HSP hsp_length");
 780 is($hsp->length, 37, "HSP length");
 781 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 782 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP query");
 783 is($hsp->query_string,
 784    '',
 785    "HSP query_string");
 786 is($hsp->range, 37, "HSP range");
 787 is($hsp->rank, 1, "HSP rank");
 788 is($hsp->significance, '1.68e-05', "HSP significance");
 789 is($hsp->expect, '1.68e-05', "HSP expect");
 790 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 791 is($hsp->seq_str,
 792    '',
 793    "HSP seq_str");
 794 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 795 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 796 is($hsp->meta, undef, "HSP meta");
 797 is($hsp->meta, undef);
 798 is($hsp->meta, undef);
 799 is($hsp->strand('hit'), 1, "HSP strand");
 800 is($hsp->meta, undef);
 801 is($hsp->meta, undef);
 802
 803 # ERPIN lacks sequence for query, will spit back a warning..
 804 eval{$hsp->get_aln};
 805 like($@, qr'Missing query string, can\'t build alignment','ERPIN get_aln warning');
 806
 807 $hsp = $hit->next_hsp;
 808 isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 809 is($hsp->algorithm, 'ERPIN', "HSP algorithm");
 810 is($hsp->evalue, '5.61e-05', "HSP evalue");
 811 isa_ok($hsp->feature1, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 812 isa_ok($hsp->feature2, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 813 is($hsp->frame('query'), 0, "HSP frame");
 814 is($hsp->gaps, 1, "HSP gaps");
 815 isa_ok($hsp->hit, 'Bio::SeqFeature::Similarity', "HSP hit");
 816 is($hsp->hit_string,
 817    'CTTT.taatt-.CAGTC.CTGTGA.GACCG.g.AAAG',
 818    "HSP hit_string");
 819 is($hsp->homology_string,
 820    '',
 821    "HSP homology_string");
 822 is($hsp->query_string,
 823    '',
 824    "HSP query_string");
 825 is($hsp->hsp_group, undef, "HSP hsp_group");
 826 is($hsp->hsp_length, 37, "HSP hsp_length");
 827 is($hsp->length, 37, "HSP length");
 828 is($hsp->links, undef, "HSP links");
 829 isa_ok($hsp->query, 'Bio::SeqFeature::Similarity');
 830 is($hsp->range, 37, "HSP range");
 831 is($hsp->rank, 2, "HSP rank");
 832 is($hsp->significance, '5.61e-05', "HSP significance");
 833 is($hsp->end, 37, "HSP end");
 834 is($hsp->expect, '5.61e-05', "HSP expect");
 835 isa_ok($hsp->seq, 'Bio::LocatableSeq');
 836 is($hsp->seq_str,   '',   "HSP seq_str");
 837 is($hsp->start, 1, "HSP start");
 838 is($hsp->custom_score, undef, "HSP custom_score");
 839 is($hsp->meta, undef);
 840 is($hsp->meta, undef);
 841 is($hsp->strand('hit'), -1, "HSP strand");