t/PhylipDist.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 20);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename= test_input_file('phylipdist.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::Phylo::Phylip::ProtDist->new(-program => 'phylipdist',
  17                                                       -file => $inputfilename);
  18
  19 my $phy = $parser->next_matrix;
  20 is $phy->program, 'phylipdist';
  21 is $phy->get_entry('Alpha','Beta'), '4.23419';
  22 is $phy->get_entry('Gamma','Alpha'),'3.63330';
  23 my @column =  $phy->get_column('Alpha');
  24 is $column[0], '0.00000';
  25 is $column[1], '4.23419';
  26 is $column[2], '3.63330';
  27 is $column[3], '6.20865';
  28 is $column[4], '3.45431';
  29
  30 my @row = $phy->get_row('Gamma');
  31 is $row[0], '3.63330';
  32 is $row[1], '3.49289';
  33 is $row[2], '0.00000';
  34 is $row[3], '3.68733';
  35 is $row[4], '5.84929';
  36
  37 my @diag  = $phy->get_diagonal;
  38
  39
  40 is $diag[0], '0.00000';
  41 is $diag[1], '0.00000';
  42 is $diag[2], '0.00000';
  43 is $diag[3], '0.00000';
  44 is $diag[4], '0.00000';
  45
  46 my $matrix =<<END;
  47     5
  48 Alpha          0.00000  4.23419  3.63330  6.20865  3.45431
  49 Beta           4.23419  0.00000  3.49289  3.36540  4.29179
  50 Gamma          3.63330  3.49289  0.00000  3.68733  5.84929
  51 Delta          6.20865  3.36540  3.68733  0.00000  4.43345
  52 Epsilon        3.45431  4.29179  5.84929  4.43345  0.00000
  53 END
  54 ;
  55 is $phy->print_matrix , $matrix;