t/Node.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 34);
  11
  12         use_ok('Bio::Tree::Node');
  13         use_ok('Bio::Tree::AlleleNode');
  14 }
  15
  16 my $node1 = Bio::Tree::Node->new();
  17 my $node2 = Bio::Tree::Node->new();
  18 ok($node1->is_Leaf() );
  19 is($node1->ancestor, undef);
  20
  21 # tests for tags
  22 ok ! $node1->has_tag('test');
  23 is $node1->add_tag_value('test','a'), 1;
  24 ok $node1->has_tag('test');
  25 is $node1->add_tag_value('test','b'), 2;
  26 my @tags = $node1->get_tag_values('test');
  27 is scalar @tags, 2;
  28 is scalar $node1->get_tag_values('test'), 'a', 'retrieve the first value';
  29
  30 is $node1->remove_tag('test2'), 0;
  31 is $node1->remove_tag('test'), 1;
  32 ok ! $node1->has_tag('test');
  33 is $node1->set_tag_value('test',('a','b','c')), 3;
  34 is $node1->remove_all_tags(), undef;
  35 ok ! $node1->has_tag('test');
  36
  37
  38 my $pnode = Bio::Tree::Node->new();
  39 $pnode->add_Descendent($node1);
  40 is($node1->ancestor, $pnode);
  41 $pnode->add_Descendent($node2);
  42 is($node2->ancestor, $pnode);
  43
  44 ok(! $pnode->is_Leaf);
  45
  46 my $phylo_node = Bio::Tree::Node->new(-bootstrap => 0.25,
  47                                      -id => 'ADH_BOV',
  48                                      -desc => 'Taxon 1');
  49 $node1->add_Descendent($phylo_node);
  50 ok(! $node1->is_Leaf);
  51 is($phylo_node->ancestor, $node1);
  52 is($phylo_node->id, 'ADH_BOV');
  53 is($phylo_node->bootstrap, 0.25);
  54 is($phylo_node->description, 'Taxon 1');
  55
  56 is $phylo_node->ancestor($node2), $node2;
  57 ok $node1->is_Leaf;
  58 is my @descs = $node2->each_Descendent, 1;
  59 is $descs[0], $phylo_node;
  60
  61 my $allele_node = Bio::Tree::AlleleNode->new();
  62 $allele_node->add_Genotype(Bio::PopGen::Genotype->new(-marker_name => 'm1',
  63                                                      -alleles=>  [ 0 ]));
  64 $allele_node->add_Genotype(Bio::PopGen::Genotype->new(-marker_name => 'm3',
  65                                                      -alleles=>  [ 1,1 ]));
  66 $allele_node->add_Genotype(Bio::PopGen::Genotype->new(-marker_name => 'm4',
  67                                                      -alleles=>  [ 0,4 ]));
  68 ok($allele_node);
  69 my @mkrs = $allele_node->get_marker_names;
  70
  71 is(@mkrs, 3);
  72 my ($m3) = $allele_node->get_Genotypes(-marker => 'm3');
  73 is($m3->get_Alleles, 2);
  74 my ($a1) = $allele_node->get_Genotypes(-marker => 'm1')->get_Alleles;
  75 is($a1, 0);
  76
  77 my ($a2,$a3) = $allele_node->get_Genotypes(-marker => 'm4')->get_Alleles;
  78 is($a2, 0);
  79 is($a3, 4);