t/LocusLink.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 25,
  11                -requires_module => 'Graph::Directed');
  12
  13         use_ok('Bio::SeqIO');
  14         use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  15         use_ok('Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor');
  16 }
  17
  18 my $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => test_input_file('LL-sample.seq'),
  19                             -format => 'locuslink');
  20 ok $seqin;
  21 my $seqout = Bio::SeqIO->new(-file => ">".test_output_file(),
  22                              -format => 'embl');
  23
  24 # process and write to output
  25 my @seqs = ();
  26
  27 while(my $seq = $seqin->next_seq()) {
  28     push(@seqs, $seq);
  29
  30     # create an artificial feature to stick the annotation on
  31     my $fea = Bio::SeqFeature::Generic->new(-start => 1, -end => 9999,
  32                                             -strand => 1,
  33                                             -primary => 'annotation');
  34     my $ac = Bio::SeqFeature::AnnotationAdaptor->new(-feature => $fea);
  35     foreach my $k ($seq->annotation->get_all_annotation_keys()) {
  36         foreach my $ann ($seq->annotation->get_Annotations($k)) {
  37             next unless $ann->isa("Bio::Annotation::SimpleValue");
  38             $ac->add_Annotation($ann);
  39         }
  40     }
  41     $seq->add_SeqFeature($fea);
  42     $seqout->write_seq($seq);
  43 }
  44
  45 is (scalar(@seqs), 2);
  46
  47 is ($seqs[0]->desc,
  48     "amiloride binding protein 1 (amine oxidase (copper-containing))");
  49 is ($seqs[0]->accession, "26");
  50 is ($seqs[0]->display_id, "ABP1");
  51 is ($seqs[0]->species->binomial, "Homo sapiens");
  52
  53
  54 my @dblinks = $seqs[0]->annotation->get_Annotations('dblink');
  55 my %counts = map { ($_->database(),0) } @dblinks;
  56 foreach (@dblinks) { $counts{$_->database()}++; }
  57
  58 is ($counts{GenBank}, 11);
  59 is ($counts{RefSeq}, 4);
  60 is ($counts{UniGene}, 1);
  61 is ($counts{Pfam}, 1);
  62 is ($counts{STS}, 2);
  63 is ($counts{MIM}, 1);
  64 is ($counts{PUBMED}, 6);
  65 is (scalar(@dblinks), 27);
  66
  67 is ($seqs[1]->desc, "v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 (arg, Abelson-related gene)");
  68 is ($seqs[1]->display_id, "ABL2");
  69
  70 my $ac = $seqs[1]->annotation;
  71 my @keys = $ac->get_all_annotation_keys();
  72 is (scalar(@keys), 19);
  73
  74 my ($cmt) = $ac->get_Annotations('comment');
  75 is (length($cmt->text), 403);
  76
  77 my @isoforms = qw(a b);
  78 foreach ($ac->get_Annotations('PRODUCT')) {
  79     is ($_->value,
  80         "v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 isoform ".
  81         shift(@isoforms));
  82 }
  83
  84 my @goann = ();
  85 foreach my $k (@keys) {
  86     foreach my $ann ($ac->get_Annotations($k)) {
  87         next unless $ann->isa("Bio::Ontology::TermI");
  88         push(@goann, $ann);
  89     }
  90 }
  91 is (scalar(@goann), 4);
  92 @goann = sort { $a->as_text() cmp $b->as_text() } @goann;
  93 is ($goann[2]->as_text, "cellular component|cytoplasm|");