t/HNN.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 13,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok("Bio::Seq");
  15         use_ok("Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN");
  16 }
  17
  18 my $seq = Bio::Seq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  19                         -display_id => 'test2');
  20 ok my $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::HNN->new(-seq=>$seq->primary_seq);
  21
  22 SKIP: {
  23         ok $tool->run();
  24         skip "Skipping tests since we got terminated by a server error", 9 if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  25         ok my $raw = $tool->result('');
  26         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  27         is $parsed->[0]{'coil'}, '1000';
  28         my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  29         if (scalar @res > 0) {
  30                 ok 1;
  31         }
  32         else {
  33                 skip 'No results - could not connect to HNN server?', 6;
  34         }
  35
  36         ok my $meta = $tool->result('meta');
  37         ok my $seqobj = Bio::Seq->new(-primary_seq => $meta, display_id=>"a");
  38         ok $seqobj->add_SeqFeature($tool->result('Bio::SeqFeatureI'));
  39
  40         test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  41         is $meta->named_submeta_text('HNN_helix',1,2), '0 111';
  42         is $meta->seq, 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS';
  43 }