t/Genewise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 53);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Genewise');
  13     use_ok('Bio::SearchIO');
  14 }
  15
  16 my $inputfilename= test_input_file('genewise.out');
  17 my $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-file => $inputfilename);
  18 my @gene;
  19 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  20     push @gene, $gene;
  21 }
  22 my @t = $gene[0]->transcripts;
  23 my @e = $t[0]->exons;
  24
  25 is ($t[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  26 is ($e[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  27 is ($t[0]->source_tag, 'genewise');
  28 is ($e[0]->source_tag, 'genewise');
  29 is ($t[0]->primary_tag, 'transcript');
  30 is ($e[0]->primary_tag, 'exon');
  31
  32 is (scalar($t[0]->exons), 18);
  33 is ($t[0]->start, 22265);
  34 is ($t[0]->end, 37062);
  35 is ($e[0]->start,22265);
  36 is ($e[0]->end, 22396);
  37 my ($phase) = $e[0]->each_tag_value('phase');
  38 is ($phase,0);
  39 my ($sf)= $e[0]->each_tag_value('supporting_feature');
  40 is ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  41 is ($sf->feature1->start,22265);
  42 is ($sf->feature1->end,22396);
  43 is ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  44 is ($sf->feature2->start,1);
  45 is ($sf->feature2->end,44);
  46 is ($sf->feature1->end,22396);
  47
  48 open(FH,$inputfilename);
  49 $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-fh=>\*FH);
  50 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  51     push @gene, $gene;
  52 }
  53 @t = $gene[0]->transcripts;
  54 @e = $t[0]->exons;
  55
  56 is (scalar($t[0]->exons), 18);
  57 is ($t[0]->start, 22265);
  58 is ($t[0]->end, 37062);
  59 is ($e[0]->start,22265);
  60 is ($e[0]->end, 22396);
  61 ($phase) = $e[0]->each_tag_value('phase');
  62 is ($phase,0);
  63 ($sf)= $e[0]->each_tag_value('supporting_feature');
  64 is ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  65 is ($sf->feature1->start,22265);
  66 is ($sf->feature1->end,22396);
  67 is ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  68 is ($sf->feature2->start,1);
  69 is ($sf->feature2->end,44);
  70 is ($sf->feature1->end,22396);
  71
  72 $parser = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('genewise.out'),
  73                             -format   => 'wise',
  74                             -wisetype => 'genewise');
  75 my $result = $parser->next_result;
  76 my $hit = $result->next_hit;
  77 is($result->query_name, 'SINFRUP00000067802');
  78 is($hit->name, 'Scaffold_2042.1');
  79
  80 is($hit->score, 2054.68);
  81 my $hsp = $hit->next_hsp;
  82
  83 is($hsp->query->start,22265);
  84 is($hsp->query->end,22396);
  85 is($hsp->query->strand,1);
  86 is($hsp->query->score, 2054.68);
  87
  88 is($hsp->hit->start,1);
  89 is($hsp->hit->end,44);
  90 is($hsp->hit->strand,0);
  91 is($hsp->hit->score, 2054.68);
  92
  93 $hsp = $hit->next_hsp;
  94
  95 is($hsp->query->start,24224);
  96 is($hsp->query->end,24328);
  97
  98 is($hsp->hit->start,45);
  99 is($hsp->hit->end,79);
 100
 101 $hsp = $hit->next_hsp;
 102
 103 is($hsp->query->start,24471);
 104 is($hsp->query->end,24513);
 105
 106 is($hsp->hit->start,80);
 107 is($hsp->hit->end,93);