t/Exonerate.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 45);
  11
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result,$hit,$hsp);
  16
  17 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('testdat.exonerate'),
  18                               -format => 'exonerate');
  19 my @data = ( [qw(ln27 416 Contig124 939
  20                  293 416 -1
  21                  1   124 1
  22
  23                  107 292 -1
  24                  178 363 1
  25
  26                  66 106 -1
  27                  899 939 1
  28                  )],
  29              [qw(ln74 644 Contig275 1296
  30                  601 644 -1
  31                  901 944 1
  32
  33                  436 600 -1
  34                  998 1162    1
  35
  36                  386 435 -1
  37                  1247 1296 1
  38
  39                  )] );
  40
  41
  42 my $val;
  43
  44 while( my $r = $searchio->next_result ) {
  45     my $d = shift @data;
  46     is($r->query_name, shift @$d);
  47         SKIP: {
  48                 $val = shift @$d;
  49                 skip('no query length available in default output',1);
  50             is($r->query_length, $val);
  51                    };
  52
  53     my $h = $r->next_hit;
  54     is($h->name, shift @$d);
  55         SKIP: {
  56                 $val = shift @$d;
  57                 skip( 'no hit length available in default output',1);
  58             is($h->length, $val);
  59                    };
  60     while( my $hsp = $h->next_hsp ) {
  61         is($hsp->query->start, shift @$d);
  62         is($hsp->query->end, shift @$d);
  63         is($hsp->query->strand, shift @$d);
  64
  65         is($hsp->hit->start, shift @$d);
  66         is($hsp->hit->end, shift @$d);
  67         is($hsp->hit->strand, shift @$d);
  68     }
  69 }