t/EMBOSS_Tools.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 13);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::EMBOSS::Palindrome');
  13         use_ok('Bio::Tools::GFF');
  14 }
  15
  16 my $DEBUG = test_debug();
  17
  18 my $parser = Bio::Tools::EMBOSS::Palindrome->new(-file => test_input_file('humts1.pal'));
  19
  20 my $seq = $parser->next_seq;
  21 ok($seq);
  22 is($seq->display_id, 'HUMTS1');
  23 is($seq->length, 18596);
  24 my @features = $seq->get_SeqFeatures();
  25 is(scalar @features, 23);
  26
  27 is($features[0]->feature1->start, 126);
  28 is($features[0]->feature1->end, 142);
  29 is($features[0]->feature1->strand, 1);
  30 is($features[0]->feature1->seq_id, 'HUMTS1');
  31
  32
  33 is($features[0]->feature2->start, 201);
  34 is($features[0]->feature2->end, 217);
  35 is($features[0]->feature2->strand, -1);
  36
  37 if( $DEBUG ) {
  38     my $out = Bio::Tools::GFF->new(-gff_version => 2);
  39     $out->write_feature($features[0]);
  40 }