t/ELM.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 15,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTML::HeadParser)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM');
  17         use_ok('Bio::SeqIO');
  18         use_ok('Bio::WebAgent');
  19 }
  20
  21 my $verbose = test_debug();
  22
  23 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  24
  25 my $seqio=Bio::SeqIO->new( -verbose => $verbose,
  26                   -format => 'swiss',
  27                   -file   => test_input_file('swiss.dat'));
  28
  29 my $seq = $seqio->next_seq();
  30 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::ELM->new(
  31                                         -seq=>$seq->primary_seq);
  32 ok $tool->compartment(['golgi', 'er']);
  33 ok my $cmp = $tool->compartment();
  34 is $cmp->[1], 'GO:0005783';
  35 ok $tool->species(9606);
  36 is $tool->species, 9606;
  37
  38 ok $tool->run ();
  39 exit if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
  40 ok my $raw = $tool->result('');
  41 print $raw if $verbose;
  42 ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  43 is $parsed->{'CLV_NDR_NDR_1'}{'locus'}[0], '54-56';
  44 ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');