t/Domcut.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 26,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent)],
  13                            -requires_networking => 1);
  14
  15         use_ok('Bio::PrimarySeq');
  16         use_ok('Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut');
  17 }
  18
  19 my $verbose = test_debug();
  20
  21 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  22
  23 SKIP: {
  24         ######## test using PrimarySeq object ##############
  25         my $seq = Bio::PrimarySeq->new(-seq        => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQPPPPPPPPPPPPPDQRS',
  26                                                                    -display_id => 'test2');
  27
  28         ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut->new( -seq=>$seq);
  29         ok $tool->run ();
  30         if ($tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR') {
  31                 skip('Problem with DomCut run, check status', 21);
  32         }
  33
  34         ok my $raw    = $tool->result('');
  35         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  36         is ($parsed->[23]{'score'}, '-0.209');
  37         my @res       = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  38         if (scalar @res > 0) {
  39                 ok 1;
  40         } else {
  41                 skip('No network access - could not connect to Domcut server', 18);
  42         }
  43         ok my $meta = $tool->result('meta');
  44
  45         SKIP: {
  46                 test_skip(-tests => 2, -requires_module => 'Bio::Seq::Meta::Array');
  47                 is($meta->named_submeta_text('Domcut', 1,2), "0.068 0.053");
  48                 is ($meta->seq, "MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQPPPPPPPPPPPPPDQRS");
  49         }
  50
  51         ########## test using Bio::Seq object ##############
  52         ok my $tool2 = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  53
  54         ok my $seq2  = Bio::Seq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  55                                  -display_id => 'test2');
  56
  57         ok $tool2 = Bio::Tools::Analysis::Protein::Domcut->new( -seq=>$seq2->primary_seq);
  58         ok $tool2->run ();
  59
  60         @res = $tool2->result('Bio::SeqFeatureI');
  61
  62         if (scalar @res > 0) {
  63                 ok 1;
  64         } else {
  65                 skip('No network access - could not connect to Domcut server', 10);
  66         }
  67
  68         ok my $parsed2 = $tool2->result('parsed');
  69         is ($parsed2->[23]{'score'}, '-0.209');
  70
  71         ok my $meta2 = $tool2->result('meta');
  72
  73         is($meta2->named_submeta_text('Domcut', 1,2), "0.068 0.053");
  74         is ($meta2->seq, "MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDPPPPPPPPFGDSFGDGFSDRSRQDQRS");
  75
  76         ok my $seq4 = Bio::Seq->new();
  77         ok $seq2->primary_seq($meta2);
  78         ok $seq2->add_SeqFeature(@res);
  79         ok $seq2->primary_seq->named_submeta_text('Domcut', 1,2);
  80 }