t/BlastIndex.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 15,
  11                            -requires_module => 'IO::String');
  12
  13         use_ok('Cwd');
  14         use_ok('Bio::SearchIO');
  15         use_ok('Bio::Index::Blast');
  16 }
  17
  18 END {  unlink qw( Wibbl Wibbl.pag Wibbl.dir ); }
  19
  20 my $index = Bio::Index::Blast->new(-filename => 'Wibbl',
  21                                   -write_flag => 1);
  22 ok($index);
  23
  24 $index->make_index(test_input_file('multi_blast.bls'));
  25 ($index->dbm_package eq 'SDBM_File') ?
  26         (ok(-e "Wibbl.pag" && -e "Wibbl.dir")) :
  27         (ok(-e "Wibbl"));
  28
  29 foreach my $id ( qw(CATH_RAT PAPA_CARPA) ) {
  30         my $fh = $index->get_stream($id);
  31         ok($fh);
  32         ok( ! eof($fh) );
  33         my $report = Bio::SearchIO->new(-noclose => 1,
  34                                    -format  => 'blast',
  35                                    -fh      => $fh);
  36         my $result = $report->next_result;
  37         like($result->query_name, qr/$id/);
  38         ok( $result->next_hit);
  39
  40         like( $index->fetch_report($id)->query_name, qr/$id/);
  41 }