t/BioFetch_DB.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 36,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok('Bio::DB::BioFetch');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 my $dbwarn = "Warning: Couldn't connect to EMBL with Bio::DB::EMBL.pm!\n";
  20
  21 my ($db,$db2,$seq,$seqio);
  22
  23 SKIP :{
  24         # get a single seq
  25         ok defined($db = Bio::DB::BioFetch->new(-verbose => $verbose));
  26         # get a RefSeq entry
  27         ok $db->db('refseq');
  28         eval {
  29                 $seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732'); # RefSeq VERSION
  30         };
  31         skip($dbwarn, 4) if $@;
  32         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
  33         is($seq->accession_number,'NM_006732');
  34         is($seq->accession_number,'NM_006732');
  35         is( $seq->length, 3776);
  36 }
  37
  38 SKIP: {
  39         # EMBL
  40         $db->db('embl');
  41         eval {
  42                 $seq = $db->get_Seq_by_acc('J02231');
  43         };
  44         skip($dbwarn, 3) if $@;
  45         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
  46         is($seq->id, 'J02231');
  47         is($seq->length, 200);
  48 }
  49
  50 SKIP: {
  51         eval {
  52                 $seqio = $db->get_Stream_by_id(['BUM']);
  53         };
  54         skip($dbwarn, 3) if $@;
  55         undef $db; # testing to see if we can remove gb
  56         $seq = $seqio->next_seq();
  57         isa_ok($seqio, 'Bio::SeqIO');
  58         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
  59         is( $seq->length, 200);
  60 }
  61
  62 SKIP: {
  63         #swissprot
  64         ok $db2 = Bio::DB::BioFetch->new(-db => 'swissprot');
  65         eval {
  66                 $seq = $db2->get_Seq_by_id('YNB3_YEAST');
  67         };
  68         skip($dbwarn, 5) if $@;
  69         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
  70         is($seq->length, 125);
  71         is($seq->division, 'YEAST');
  72         $db2->request_format('fasta');
  73         eval {
  74                 $seq = $db2->get_Seq_by_acc('P43780');
  75         };
  76         skip($dbwarn, 2) if $@;
  77         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
  78         is($seq->length,103);
  79 }
  80
  81 $seq = $seqio = undef;
  82
  83 SKIP: {
  84         ok $db = Bio::DB::BioFetch->new(-retrievaltype => 'tempfile',
  85                                          -format => 'fasta',
  86                                          -verbose => $verbose
  87                                         );
  88         $db->db('embl');
  89         eval {
  90                 $seqio = $db->get_Stream_by_id('J00522 AF303112 J02231');
  91         };
  92         skip($dbwarn, 7) if $@;
  93         my %seqs;
  94         # don't assume anything about the order of the sequences
  95         while ( my $s = $seqio->next_seq ) {
  96                 isa_ok($s, 'Bio::SeqI');
  97                 my ($type,$x,$name) = split(/\|/,$s->display_id);
  98                 $seqs{$x} = $s->length;
  99         }
 100         isa_ok($seqio, 'Bio::SeqIO');
 101         is($seqs{'J00522'},408);
 102         is($seqs{'AF303112'},1611);
 103         is($seqs{'J02231'},200);
 104 }
 105
 106 SKIP: {
 107         ok $db = Bio::DB::BioFetch->new(-db => 'embl', -verbose => $verbose ? $verbose : -1);
 108
 109         # check contig warning (WebDBSeqI)
 110         eval {
 111                 $seq = $db->get_Seq_by_acc('NT_006732');
 112         };
 113         like($@, qr{contigs are whole chromosome files}, 'contig warning');
 114         eval {
 115                 $seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732');
 116         };
 117         skip($dbwarn, 3) if $@;
 118         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
 119         is($seq->length,3776);
 120 }
 121
 122 # unisave
 123 SKIP: {
 124         ok $db = Bio::DB::BioFetch->new(-db => 'unisave',
 125                                    -verbose => $verbose);
 126         eval {
 127                 $seq = $db->get_Seq_by_acc('LAM1_MOUSE');
 128         };
 129         skip($dbwarn, 3) if $@;
 130         isa_ok($seq, 'Bio::SeqI');
 131         is($seq->display_id, 'LAM1_MOUSE');
 132         is($seq->accession, 'P14733');
 133         is($seq->length, 587);
 134 }