t/Tools/IUPAC.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 4);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::IUPAC');
  13         use_ok('Bio::Seq');
  14 }
  15
  16 # test IUPAC
  17
  18 my $ambiseq = Bio::Seq->new(-seq => 'ARTCGTTGR',
  19                             -alphabet => 'dna');
  20
  21 my $stream  = Bio::Tools::IUPAC->new('-seq' => $ambiseq);
  22 is $stream->count(), 4;
  23
  24 my $b = 1;
  25 while (my $uniqueseq = $stream->next_seq()) {
  26     if( ! $uniqueseq->isa('Bio::Seq') ) {
  27         $b = 0;
  28         last; # no point continuing if we get here
  29     }
  30 }
  31 ok $b;