t/Tools/EUtilities/espell.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: espell.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
   3 #
   4
   5 use strict;
   6 use warnings;
   7
   8 BEGIN {
   9     use lib '.';
  10         use Bio::Root::Test;
  11
  12         test_begin(-tests => 22,
  13                            -requires_module => 'XML::Simple');
  14
  15     use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
  16     use_ok('Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters');
  17 }
  18
  19 # Normal esearch
  20 my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  21     -eutil      => 'espell',
  22     -file       => test_input_file('eutils','espell.xml'));
  23
  24 is($eutil->get_db, 'pubmed', 'get_db');
  25 is(($eutil->get_dbs)[0], 'pubmed', 'get_dbs');
  26 is($eutil->get_database, 'pubmed', 'get_database');
  27 is(($eutil->get_databases)[0], 'pubmed', 'get_databases');
  28 is($eutil->get_term, 'Netch AND Mus musclus','get_term');
  29 is($eutil->get_corrected_query, 'notch AND mus musculus' ,'get_corrected_query');
  30 is(scalar($eutil->get_replaced_terms), 2,'get_replaced_terms');
  31 is(join(',',$eutil->get_replaced_terms), 'notch,musculus','get_replaced_terms');
  32
  33 # eveything else undef or 0
  34 is ($eutil->get_count, undef, 'get_count');
  35 my $history = $eutil->next_History;
  36 is($history, undef);
  37 my @ids2 = $eutil->get_ids;
  38 is(scalar(@ids2), 0, 'get_ids');
  39 is($eutil->get_retstart, undef,'get_retstart');
  40 is($eutil->get_retmax, undef,'get_retmax');
  41 is($eutil->get_translation_from, undef,'get_translation_from');
  42 is($eutil->get_translation_to, undef,'get_translation_to');
  43
  44 # add Parameters
  45 my $pb = Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters->new(-eutil => 'espell',
  46                                                                            -db => 'protein',
  47                                                                            -term => 'Notch AND Mus musculus');
  48
  49 is($eutil->get_db, 'pubmed', 'get_db');
  50 is(($eutil->get_dbs)[0], 'pubmed', 'get_dbs');
  51 is($eutil->get_database, 'pubmed', 'get_database');
  52 is(($eutil->get_databases)[0], 'pubmed', 'get_databases');
  53 is($eutil->get_term, 'Netch AND Mus musclus','get_term');