t/Tools/EUtilities/egquery.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: egquery.t 15112 2008-12-08 18:12:38Z sendu $
   3 #
   4
   5 use strict;
   6 use warnings;
   7
   8 BEGIN {
   9     use lib '.';
  10         use Bio::Root::Test;
  11
  12         test_begin(-tests => 19);
  13
  14     use_ok('Bio::Tools::EUtilities');
  15 }
  16
  17 # Normal esearch
  18 my $eutil = Bio::Tools::EUtilities->new(
  19     -eutil      => 'egquery',
  20     -file       => test_input_file('eutils','egquery.xml'));
  21
  22 is($eutil->get_db, 'pubmed', 'get_db');
  23 is($eutil->get_database, 'pubmed', 'get_database');
  24 is(scalar($eutil->get_databases), 35, 'get_databases');
  25 is($eutil->get_term, 'Notch AND Mus musculus','get_term');
  26
  27 ## eveything else undef or 0
  28 is ($eutil->get_count('pubmed'), 1803, 'get_count');
  29 is ($eutil->get_count('protein'), 534, 'get_count');
  30 is ($eutil->get_count('cdd'), 0, 'get_count');
  31
  32 my @qs = $eutil->get_GlobalQueries;
  33 is(scalar(@qs), 35, 'get_GlobalQueries');
  34 is($qs[2]->get_term, 'Notch AND Mus musculus', 'get_term');
  35 is($qs[2]->get_database, 'journals', 'get_term');
  36 is($qs[2]->get_count, 0, 'get_term');
  37 is($qs[2]->get_status, 'Term or Database is not found', 'get_term');
  38 is($qs[2]->get_menu_name, 'Journals', 'get_term');
  39
  40 is($qs[20]->get_term, 'Notch AND Mus musculus', 'get_term');
  41 is($qs[20]->get_database, 'unists', 'get_term');
  42 is($qs[20]->get_count, 61, 'get_term');
  43 is($qs[20]->get_status, 'Ok', 'get_term');
  44 is($qs[20]->get_menu_name, 'UniSTS', 'get_term');