t/AlignIO/arp.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: arp.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests           => 48,
  11                -requires_module => 'Data::Stag');
  12
  13         use_ok('Bio::AlignIO::arp');
  14 }
  15
  16 my $DEBUG = test_debug();
  17
  18 my ($str,$aln,$strout,$status);
  19
  20 # ARP format
  21 $str  = Bio::AlignIO ->new(
  22     '-file'     => test_input_file("testaln.arp"),
  23     -verbose => 1,
  24     '-format'   => 'arp');
  25 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  26 $aln = $str->next_aln();
  27 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  28 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '01/1-399','ARP get_nse()');
  29 is($aln->get_seq_by_pos(1)->length, '407');
  30 is($aln->num_sequences, 60,'ARP num_sequences()');
  31 is($aln->id, 'Mandenka', 'ARP id()');
  32 is($aln->description, 'mtDNA sequences in the Senegalese Mandenka (hypervariable region 1)', 'ARP description()');
  33 my $coll = $aln->annotation;
  34 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  35 my ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  36 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  37 my %nodes = $ann->pairs;
  38 is(keys %nodes, 60);
  39 is($nodes{'03'}, 10);
  40 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value,'DNA');
  41 is(($coll->get_Annotations('MissingData'))[0]->value,'?');
  42
  43 $str  = Bio::AlignIO->new(
  44     '-file'     => test_input_file("testaln2.arp"),
  45     '-format'   => 'arp');
  46 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  47 $aln = $str->next_aln();
  48 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  49 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, '000/1-29','ARP get_nse()');
  50 is($aln->num_sequences, 3,'ARP num_sequences()');
  51 is($aln->id, 'Population 1', 'ARP id()');
  52 is($aln->description, 'An example of DNA sequence data', 'ARP description()');
  53 $coll = $aln->annotation;
  54 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  55 ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  56 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  57 %nodes = $ann->pairs;
  58 is(keys %nodes, 3);
  59 is($nodes{'001'}, 1);
  60 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value, 'DNA');
  61 is(($coll->get_Annotations('SampleSize'))[0]->value, 6);
  62
  63 $aln = $str->next_aln();
  64 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  65 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, '001/1-29','ARP get_nse()');
  66 is($aln->num_sequences, 8,'ARP num_sequences()');
  67 is($aln->id, 'Population 2', 'ARP id()');
  68 is($aln->description, 'An example of DNA sequence data', 'ARP description()');
  69 $coll = $aln->annotation;
  70 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  71 ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  72 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  73 %nodes = $ann->pairs;
  74 is(keys %nodes, 8);
  75 is($nodes{'001'}, 1);
  76 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value, 'DNA');
  77 is(($coll->get_Annotations('SampleSize'))[0]->value, 8);
  78
  79 $aln = $str->next_aln();
  80 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  81 is($aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, '024/1-29','ARP get_nse()');
  82 is($aln->num_sequences, 6,'ARP num_sequences()');
  83 is($aln->id, 'Population 3', 'ARP id()');
  84 is($aln->description, 'An example of DNA sequence data', 'ARP description()');
  85 $coll = $aln->annotation;
  86 isa_ok($coll, 'Bio::AnnotationCollectionI');
  87 ($ann) = $coll->get_Annotations('Samples');
  88 isa_ok($ann, 'Bio::AnnotationI');
  89 %nodes = $ann->pairs;
  90 is(keys %nodes, 6);
  91 is($nodes{'024'}, 1);
  92 is(($coll->get_Annotations('DataType'))[0]->value, 'DNA');
  93 is(($coll->get_Annotations('SampleSize'))[0]->value, 6);