[bug 2637]
[bioperl-live.git] / BUGS
blobae29d9997947285eaf2eaa42fd07e052379dd7c2
1 # $Id: BUGS,v 1.7 2006-11-16 10:51:50 sendu Exp $
3 Known Bugs
5 Bugs are tracked at this URL:
6 http://bugzilla.bioperl.org/
9 Bioperl 1.5.2
10 =============
12 There are no known installation bugs in 1.5.2 per se, but issues with
13 external programs may cause problems. See the following URL for details:
14 http://www.bioperl.org/wiki/Release_1.5.2#Notes
17 Bioperl 1.2
18 ===========
20  * The StandAloneBlast.t test is failing on cygwin installations (and
21    nowhere else). We suspect something to do with temporary file
22    opening. Fixed in 1.4 (set TMPDIR).
25 Bioperl 0.9.0 
26 =============
28  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
29    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for 
30    it that have not been fixed.  
32  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get 
33    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
34    (jitterbug #966).
36  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
37    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
39  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB 
40    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
41    these during a make test.  
42    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
43    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
44    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
45    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
46    tracked down.
49 Bioperl 0.7.2
50 =============
52  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
53    online which as resulted in some of the DB methods from not working
54    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
55    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
56    part of the later releases. 
58    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
59    the bioperl list archives for information about potential
60    workarounds and ongoing development effort to address these.
63 Bioperl 0.7.1
64 =============
66  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
67    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
69  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
70    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
71    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
72    bioperl release.
74  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
75    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
76    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
77    File::Temp when running 0.7 branch code.
79  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
80    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
81    jobs to a remote blast server like NCBI a module
82    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
83    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
84    major bioperl release.
87 Bioperl 0.7
88 ===========
90  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
91    code synopsis code as 
92      my $parser = new BPlite(\*FH);  
93    should be 
94      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
95