t/SeqFeature/Amplicon.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use lib '.';
   5     use Bio::Root::Test;
   6
   7     test_begin(-tests => 21);
   8
   9     use_ok 'Bio::PrimarySeq';
  10     use_ok 'Bio::SeqFeature::Primer';
  11     use_ok 'Bio::SeqFeature::Amplicon';
  12 }
  13
  14 my ($amplicon, $amplicon_seq, $fwd_primer, $rev_primer, $template);
  15
  16
  17 # Basic amplicon object
  18
  19 $amplicon = Bio::SeqFeature::Amplicon->new();
  20 isa_ok $amplicon, 'Bio::SeqFeature::Amplicon';
  21 isa_ok $amplicon, 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  22
  23
  24 # Amplicon with explicit sequence (sequence string)
  25
  26 ok $amplicon = Bio::SeqFeature::Amplicon->new(
  27     -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT',
  28 );
  29 ok $amplicon_seq = $amplicon->seq;
  30 isa_ok $amplicon_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  31 is $amplicon_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  32
  33
  34 # Amplicon with explicit sequence (sequence object)
  35
  36 $fwd_primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  37     -start  => 1,
  38     -end    => 4,
  39     -strand => 1
  40 );
  41
  42 $rev_primer = Bio::SeqFeature::Primer->new(
  43     -seq    => 'GATTA',
  44     -start  => 16,
  45     -end    => 20,
  46     -strand => -1
  47 );
  48
  49 ok $amplicon = Bio::SeqFeature::Amplicon->new(
  50     -start      => 1,
  51     -end        => 20,
  52     -seq        => Bio::PrimarySeq->new( -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' ),
  53     -fwd_primer => $fwd_primer,
  54 );
  55
  56 ok $amplicon->rev_primer($rev_primer);
  57
  58 is_deeply $amplicon->fwd_primer(), $fwd_primer;
  59 is_deeply $amplicon->rev_primer(), $rev_primer;
  60
  61 ok $amplicon_seq = $amplicon->seq;
  62 isa_ok $amplicon_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  63 is $amplicon_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  64
  65
  66 # Amplicon with implicit sequence
  67
  68 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'ATCGATCGATCCCCCAAAAAGGGGGTTTTTAGCTAGCTAT');
  69
  70 ok $amplicon = Bio::SeqFeature::Amplicon->new(
  71     -start  => 11,
  72     -end    => 30,
  73     -strand => -1
  74 );
  75
  76 ok $template->add_SeqFeature($amplicon);
  77
  78 ok $amplicon_seq = $amplicon->seq;
  79 isa_ok $amplicon_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  80 is $amplicon_seq->seq, 'AAAAACCCCCTTTTTGGGGG';