t/Perl.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);
  11 $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'} || 0;
  12
  13 my $error;
  14
  15 BEGIN {
  16         # to handle systems with no installed Test module
  17         # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  18         # as a fallback
  19         eval { require Test::More; };
  20         if( $@ ) {
  21                 use lib 't/lib';
  22         }
  23         use Test::More;
  24
  25         $NUMTESTS = 30;
  26         plan tests => $NUMTESTS;
  27         eval { require IO::String };
  28         if( $@ ) {
  29                 $error = "IO::String not installed. This means the Bio::DB::* modules are not usable. Skipping some tests.";
  30                 $DEBUG = 0;
  31         } elsif (!$DEBUG) {
  32                 $error = "BIOPERLDEBUG must be set to 1 for running tests requiring network access. Skipping some tests.";
  33         }
  34         use_ok('Bio::Perl');
  35         use_ok('File::Spec');
  36 }
  37
  38 END {
  39         # clean up after oneself
  40         unlink (  'Perltmp' );
  41 }
  42
  43 ## End of black magic.
  44 ##
  45 ## Insert additional test code below but remember to change
  46 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  47 ## total number of tests that will be run.
  48
  49 my ($seq_object,$filename,@seq_object_array);
  50
  51 # will guess file format from extension
  52 $filename = File::Spec->catfile(qw(t data cysprot1.fa));
  53 ok ($seq_object = read_sequence($filename));
  54 isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
  55
  56 # forces genbank format
  57 $filename = File::Spec->catfile(qw(t data AF165282.gb));
  58 ok  ($seq_object = read_sequence($filename,'genbank'));
  59 isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
  60
  61 # reads an array of sequences
  62 $filename = File::Spec->catfile(qw(t data amino.fa));
  63 is (@seq_object_array = read_all_sequences($filename,'fasta'), 2);
  64 isa_ok $seq_object_array[0], 'Bio::SeqI';
  65 isa_ok $seq_object_array[1], 'Bio::SeqI';
  66
  67 $filename = 'Perltmp';
  68 ok write_sequence(">$filename",'genbank',$seq_object);
  69 ok ($seq_object = new_sequence("ATTGGTTTGGGGACCCAATTTGTGTGTTATATGTA","myname","AL12232"));
  70 isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
  71
  72 my $trans;
  73
  74 ok ($trans = translate($seq_object));
  75
  76 isa_ok $trans, 'Bio::SeqI';
  77
  78 ok ($trans = translate("ATTGGTTTGGGGACCCAATTTGTGTGTTATATGTA"));
  79
  80 isa_ok $trans, 'Bio::PrimarySeqI';
  81
  82 ok ($trans = translate_as_string($seq_object));
  83
  84 is $trans, 'IGLGTQFVCYM';
  85
  86 $trans = '';
  87
  88 ok ($trans = translate_as_string("ATTGGTTTGGGGACCCAATTTGTGTGTTATATGTA"));
  89
  90 is $trans, 'IGLGTQFVCYM';
  91
  92 # we need to keep tests that depend on net connection at the end
  93 # these now run only with BIOPERLDEBUG set
  94
  95 SKIP: {
  96         skip($error, 10) unless $DEBUG;
  97
  98         # swissprot
  99         SKIP: {
 100                 eval {
 101                         $seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
 102                 };
 103                 if ($@) {
 104                         skip("problem connecting to SwissProt:$@",2);
 105                 } else {
 106                         ok $seq_object;
 107                         isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
 108                 }
 109         }
 110
 111     # embl
 112         SKIP: {
 113                 eval {
 114                         $seq_object = get_sequence('embl',"BUM");
 115                 };
 116                 if ($@) {
 117                         skip("problem connecting to EMBL:$@",2);
 118                 } else {
 119                         ok $seq_object;
 120                         isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
 121                 }
 122         }
 123
 124         # genbank
 125         SKIP: {
 126                 eval {
 127                         $seq_object = get_sequence('genbank',"AI129902");
 128                 };
 129                 if ($@) {
 130                         skip("problem connecting to GenBank:$@",2);
 131                 } else {
 132                         ok $seq_object;
 133                         isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
 134                 }
 135         }
 136
 137     # refseq
 138         SKIP: {
 139                 eval {
 140                         $seq_object = get_sequence('genbank',"NM_006732");
 141                 };
 142                 if( $@ ) {
 143                         skip("problem connecting to RefSeq:$@",2);
 144                 } else {
 145                         ok $seq_object;
 146                         isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
 147                 }
 148         }
 149
 150         # genpept
 151         SKIP: {
 152                 eval {
 153                         $seq_object = get_sequence('genpept',"AAC06201");
 154                 };
 155                 if ($@) {
 156                         skip("problem connecting to RefSeq:$@",2);
 157                 } else {
 158                         ok $seq_object;
 159                         isa_ok $seq_object, 'Bio::SeqI';
 160                 }
 161         }
 162 }