t/Tools/Analysis/Protein/Mitoprot.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 10,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok 'Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot';
  15         use_ok 'Bio::PrimarySeq';
  16         use_ok 'Bio::WebAgent';
  17 }
  18
  19 my $verbose = test_debug();
  20
  21 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
  22
  23 my $seq = Bio::PrimarySeq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDSFFGSDFDGDS'.
  24                                'DFGSDFGSDGDFGSDFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
  25                                -display_id => 'test2');
  26
  27 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot->new( -seq=>$seq);
  28 SKIP: {
  29         ok $tool->run();
  30         skip( 'Server terminated with an error, skipping tests', 4 )
  31             if ( $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR'
  32             or   $tool->result =~ /certificate verify failed/ );
  33         ok my $raw = $tool->result('');
  34         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
  35         is ($parsed->{'charge'}, -13);
  36         ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');
  37 }