t/AlignIO/fasta.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: fasta.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 10);
  11
  12         use_ok('Bio::AlignIO::fasta');
  13 }
  14
  15 my $DEBUG = test_debug();
  16
  17 my ($str,$aln,$strout,$status);
  18
  19 # FASTA
  20 $str = Bio::AlignIO->new(
  21                  -file => test_input_file("testaln.fasta"),
  22                  -format => 'fasta');
  23 $aln = $str->next_aln();
  24 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  25 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431',
  26   "fasta input test ";
  27 is ($aln->get_seq_by_pos(1)->description, 'DESCRIPTION HERE',
  28     "fasta input test for description");
  29 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->display_id, 'AK_YEAST',
  30     "fasta input test for id");
  31
  32 is ($aln->get_seq_by_pos(2)->end, 318,
  33     "fasta input test for end");
  34
  35 is ($aln->get_seq_by_pos(11)->description, 'A COMMENT FOR YEAST',
  36     "fasta input test for description");
  37
  38 $strout = Bio::AlignIO->new(
  39    '-file' => ">".test_output_file(),
  40                               '-format' => 'fasta');
  41 $status = $strout->write_aln($aln);
  42 is $status, 1,"fasta output test";
  43
  44 my $in = Bio::AlignIO->newFh(
  45    '-file'  => test_input_file("testaln.fasta"),
  46                                '-format' => 'fasta');
  47 my $out = Bio::AlignIO->newFh(
  48    '-file' => ">".test_output_file(),
  49                                 '-format' => 'pfam');
  50 while ( $aln = <$in>) {
  51     is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'AK1H_ECOLI/114-431',
  52      "filehandle input test  ";
  53     $status = print $out $aln;
  54     last;
  55 }
  56 is $status, 1, "filehandle output test";