DEPRECATED

   1 # These are modules which are deprecated and later removed from the toolkit
   2 # See http://www.bioperl.org/wiki/Deprecated_modules for the latest details
   3
   4                           Version    Version
   5 Deprecated Modules       Deprecated  Removed Comment
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   7 Bio::Annotation               1.0      1.1    use Bio::Annotation::Collection
   8 Bio::Tools::Blast             1.0      1.1    use Bio::SearchIO
   9 Bio::Tools::Blast::HSP        1.0      1.1    use Bio::Search::HSP::GenericHSP
  10 Bio::Tools::Blast::Sbjct      1.0      1.1    use Bio::Search::Hit::GenericHit
  11 Bio::Tools::Blast::HTML       1.0      1.1    use Bio::SearchIO::Writer::HTMLWriter
  12 Bio::Tools::SeqAnal           1.0      1.1    used only by deprecated Bio::Tools::Blast
  13 Bio::UnivAln                  1.0      1.1    use Bio::SimpleAlign
  14 Bio::Tools::WWW               1.1      1.1.1  Just a collection of links
  15 Bio::Root::Err                1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  16 Bio::Root::Global             1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  17 Bio::Root::IOManager          1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  18 Bio::Root::Object             1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  19 Bio::Root::Utilities          1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  20 Bio::Root::Vector             1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  21 Bio::Root::Xref               1.5.2    1.5.2  Bio::Root* redundant classes
  22 Bio::Tools::RestrictionEnzyme 1.5      1.6    use Bio::Restriction
  23 Bio::Tools::BPlite            1.5      1.6    use Bio::SearchIO
  24 Bio::Tools::BPpsilite         1.5      1.6    use Bio::SearchIO
  25 Bio::Tools::BPbl2seq          1.5      1.6    use Bio::SearchIO
  26 Bio::Ontology::SimpleGOEngine 1.5.1    1.6    use Bio::Ontology::OBOEngine
  27 Bio::Factory::ResultFactoryI  1.5.2    1.6    Superseded by Bio::Factory::ObjectFactory
  28 Bio::Factory::HitFactoryI     1.5.2    1.6    Superseded by Bio::Factory::ObjectFactory
  29 Bio::Graph                    1.5.2    1.6    Superseded by bioperl-network
  30 Bio::Tools::WebBlat           1.5.2    1.6    Requested that this not be maintained
  31 Bio::DB::XEMBL                1.5.2    1.6    Service no longer available; use DBFetch
  32 Bio::DB::XEMBLService         1.5.2    1.6    Service no longer available; use DBFetch
  33 Bio::Taxonomy                 1.5.1    1.7    use Bio::Taxon & Bio::Tree::Tree
  34 Bio::Taxonomy::Node           1.5.1    1.7    renamed Bio::Taxon
  35 Bio::Taxonomy::Taxon          1.5.1    1.7    use Bio::Taxon
  36 Bio::Taxonomy::Tree           1.5.1    1.7    use Bio::Taxon & Bio::Tree::Tree
  37 Bio::Taxonomy::FactoryI       1.5.1    1.7    Redundant, no implementors
  38 Bio::Search::Processor        1.5.1    1.7    Superseded by Bio::SearchIO
  39 Bio::Tools::RNAMotif          1.5.2    1.7    Superseded by Bio::SearchIO::rnamotif
  40 Bio::Tools::Infernal          1.5.2    1.7    Superseded by Bio::SearchIO::infernal
  41 Bio::Tools::ERPIN             1.5.2    1.7    Superseded by Bio::SearchIO::erpin