Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.923
  21
  22     * Major Windows support updates! [fjossandon]
  23     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
  24     * Better support for circular sequences [fjossandon]
  25     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
  26     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
  27     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
  28     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
  29
  30 1.6.922
  31
  32     * Address CPAN test failures [cjfields]
  33     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
  34     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
  35
  36 1.6.921
  37
  38     * Minor update to address CPAN test failures
  39
  40 1.6.920
  41
  42     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
  43       - this cause version clashes with an independently-released
  44         version of Bio::Biblio
  45
  46 1.6.910
  47
  48     [New features]
  49
  50     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
  51       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
  52         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
  53         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
  54         1.7.x release series [cjfields]
  55
  56     [New features]
  57
  58     * Bio::Seq::SimulatedRead
  59         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
  60     * Bio::Tools::IUPAC
  61         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
  62           [fangly]
  63     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
  64         - Code refresh [fangly]
  65     * Bio::DB::Taxonomy
  66         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
  67     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
  68         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
  69         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
  70           number is exceeded in add_trait() [fangly]
  71         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
  72         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
  73     * Bio::DB::Taxonomy::list
  74         - Misc optimizations [fangly]
  75         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
  76     * Bio::DB::Taxonomy::*
  77         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
  78     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
  79         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
  80         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
  81         - new option to remove index file at the end [fangly]
  82     * Bio::DB::Fasta
  83         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
  84     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
  85         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
  86     * Bio::PrimaryQual
  87         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
  88     * Bio::SeqIO::fasta
  89         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
  90           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
  91         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
  92           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
  93     * Bio::FeatureIO::*
  94         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
  95     * Bio::SeqFeature::Annotated
  96         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
  97     * Bio::Cluster::SequenceFamily
  98         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
  99           criteria
 100     * Bio::SearchIO::hmmer3
 101         - now supports nhmmer [bosborne]
 102
 103     [Bug fixes]
 104
 105     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
 106       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 107     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
 108       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 109     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 110       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 111     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 112       total gaps [Paul Cantalupo]
 113     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 114     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 115       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 116     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 117       cjfields]
 118     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 119       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 120     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 121       types [fangly]
 122     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 123     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 124       cjfields]
 125     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 126     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 127       breaks parsing [cjfields]
 128     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 129       be reverse-complemented [fangly]
 130     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 131     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 132       when unsure that values will be numerical [fangly]
 133     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 134     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 135     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 136     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 137       Sallou]
 138     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 139       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 140     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 141       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 142     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 143       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 144     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 145       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 146     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 147       without also passing a lineage to store [fangly]
 148     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 149       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 150       [fangly]
 151     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 152     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 153     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 154       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 155
 156
 157 1.6.901 May 18, 2011
 158
 159     [Notes]
 160
 161     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 162       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 163     * Minor bug fix release
 164     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 165     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 166     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 167     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 168     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 169       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 170       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 171
 172     [Bug fixes]
 173
 174     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 175       docs [genehack, cjfields]
 176     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 177       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 178       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 179
 180
 181 1.6.900 April 14, 201
 182
 183     [Notes]
 184
 185     * This will probably be the last release to add significant features to
 186       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 187       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 188       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 189     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 190       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 191       This code essentially is what is on the github master branch.
 192
 193     [New features]
 194
 195     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 196     * Bio::Tree refactor
 197         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 198         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 199           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 200     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 201           many others]
 202     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 203           [Warren Kretzschmar]
 204     * Bio::SeqIO::gbxml
 205         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 206     * Bio::Assembly::IO
 207         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 208         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 209         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 210         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 211         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 212           at a time [Joshua Udall, fangly]
 213     * Bio::OntologyIO
 214         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 215             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 216         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 217     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 218
 219     [Bug fixes]
 220
 221     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 222     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 223     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 224     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 225                [cjfields]
 226     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 227     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 228     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 229     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 230     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 231                hyphaltip]
 232     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 233     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 234     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 235                cjfields]
 236     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 237     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 238     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 239     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 240     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 241     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 242                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 243     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 244                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 245     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 246                jhannah]
 247     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 248     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 249                cjfields]
 250     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 251     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 252     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 253     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 254     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 255     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 256     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 257                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 258     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 259     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 260     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 261     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 262     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 263     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 264     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 265     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 266                DaveMessina]
 267     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 268     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 269     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 270     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 271     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 272     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 273     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 274     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 275                PAML 4.4d [DaveMessina]
 276     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 277                DaveMessina]
 278     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 279     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 280     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 281     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 282     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 283     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 284     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 285     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 286                cjfields]
 287     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 288     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 289     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 290     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 291     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 292     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 293     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 294     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 295     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 296     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 297     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 298     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 299     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 300     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 301                cjfields]
 302     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 303     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 304     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 305     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 306     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 307     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 308     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 309     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 310     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 311     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 312     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 313     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 314     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 315     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 316     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 317     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 318     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 319     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 320     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 321                cjfields]
 322     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 323
 324     [Deprecated]
 325
 326     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 327       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 328       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 329       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 330
 331     [Other]
 332
 333     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 334       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 335     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 336     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 337       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 338       [cjfields]
 339
 340 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 341     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 342
 343 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 344     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 345
 346 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 347     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 348     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 349       [cjfields]
 350     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 351
 352 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 353     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 354     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 355       [cjfields]
 356     * Minor doc fixes [cjfields]
 357
 358 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 359     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 360     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 361
 362 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 363     * Bio::Root::Build
 364         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 365
 366 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 367     * Bio::Align::DNAStatistics
 368         - fix divide by zero problem [jason]
 369     * Bio::AlignIO::*
 370         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 371     * Bio::AlignIO::stockholm
 372         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 373     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 374         - function to score contig spectrum [fangly]
 375     * Bio::DB::EUtilities
 376         - small updates [cjfields]
 377     * Bio::DB::Fasta
 378         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 379           [lstein]
 380     * Bio::DB::HIV
 381         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 382           database interface [maj]
 383     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 384         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 385         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 386         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 387     * Bio::DB::SwissProt
 388         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 389     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 390         - mailing list bug fix [cjfields]
 391     * Bio::LocatableSeq
 392         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 393     * Bio::Matrix::IO::phylip
 394         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 395     * Bio::Nexml
 396         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 397           file format [maj, chmille4]
 398     * Bio::PopGen
 399         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 400         - simplify LD code [jason]
 401     * Bio::RangeI
 402         - deal with empty intersection [jason]
 403     * Bio::Restriction
 404         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 405           external and non-palindromic cutters. [maj]
 406     * Bio::Root::Build
 407         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 408     * Bio::Root::IO
 409         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 410         - catch unintentional undef values [cjfields]
 411         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 412     * Bio::Root::Root/RootI
 413         - small debugging and core fixes [cjfields]
 414     * Bio::Root::Test
 415         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 416     * Bio::Root::Utilities
 417         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 418     * Bio::Search
 419         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 420           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 421           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 422           release
 423         - small fixes [cjfields]
 424     * Bio::SearchIO
 425         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 426         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 427         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 428         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 429         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 430         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 431         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 432     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 433         - delete tempdirs [cjfields]
 434         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 435     * Bio::Seq::Quality
 436         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 437         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 438     * Bio::SeqFeature::Lite
 439         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 440     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 441         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 442     * Bio::SeqIO::chadoxml
 443         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 444     * Bio::SeqIO::embl
 445         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 446     * Bio::SeqIO::fastq
 447         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 448           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 449           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 450           [cjfields]
 451     * Bio::SeqIO::genbank
 452         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 453         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 454     * Bio::SeqIO::largefasta
 455         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 456     * Bio::SeqIO::raw
 457         - add option for 'single' and 'multiple'
 458     * Bio::SeqIO::scf
 459         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 460     * Bio::SeqUtils
 461         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 462           Jackson]
 463     * Bio::SimpleAlign
 464         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 465         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 466         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 467           [Tristan Lefebure, maj]
 468         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 469         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 470     * Bio::Tools::dpAlign
 471         - add support for LocatableSeq [ymc]
 472         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 473     * Bio::Tools::EUtilities
 474         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 475         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 476           [cjfields]
 477     * Bio::Tools::HMM
 478         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 479         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 480     * Bio::Tools::Primer3
 481         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 482     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 483         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 484     * Bio::Tools::SeqPattern
 485         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 486     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 487         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 488     * Bio::Tree::*
 489         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 490     * Bio::Tree::Statistics
 491         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 492           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 493     * Bio::Tree::Tree
 494         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 495           prematurely garbage-collected [cjfields]
 496         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 497           [maj]
 498     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 499         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 500           Lefebure, maj]
 501     * Bio::TreeIO::newick
 502         - fix small semicolon issue [cjfields]
 503     * scripts
 504         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 505         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 506         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 507         - gccalc - total stats [jason]
 508     * General Stuff
 509         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 510         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 511         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 512           in favor of num_* [cjfields]
 513         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 514         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 515
 516 1.6.0 Winter 2009
 517     * Feature/Annotation rollback
 518         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 519           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 520           overloading and interface methods.
 521         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 522           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 523           speedup.
 524     * Bio::Graphics
 525         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 526           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 527         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 528           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 529     * Bio::Root::Test
 530         - Common test bed for all BioPerl modules
 531     * Bio::Root::Build
 532         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 533     * Bio::DB::EUtilities
 534         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 535           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 536           and user agent request posting and retrieval
 537     * Test implementation and reorganization
 538         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 539           cases.
 540         - Automated test coverage is now online:
 541           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 542         - After this release, untested modules will be moved into a
 543           separate developer distribution until tests can be derived.
 544           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 545           and adequate test coverage.
 546
 547 1.5.2 Developer release
 548
 549     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 550     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 551     The following represents a brief overview of the most important changes.
 552
 553     o Bio::Map
 554       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 555         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 556         backward compatible.
 557
 558     o Bio::Taxonomy
 559       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 560         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 561
 562     o Bio::DB::Taxonomy
 563
 564       - Taxonomy.pm
 565         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 566
 567         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 568
 569         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 570           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 571
 572       - flatfile.pm
 573         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 574
 575         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 576           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 577
 578       - entrez.pm
 579         * get_node() has new option -full
 580
 581         * Caches data retrieved from website
 582
 583     o Bio::Species
 584       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 585         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 586         backward compatability in species() method.
 587
 588     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 589       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 590         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 591         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 592         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 593
 594
 595 1.5.1 Developer release
 596
 597     o Major problem with how Annotations were written out with
 598       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 599       Bio::Annotation objects.
 600
 601     o Bio::SeqIO
 602
 603      - genbank.pm
 604        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 605          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 606          indicate line wrapping.
 607
 608        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 609          both common_name() and classification()
 610
 611        * parse swissprot fields in genpept file
 612
 613        * parse WGS genbank records
 614
 615      - embl.pm
 616         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 617           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 618           colon expression following the captured \S+. This means the
 619           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 620           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 621           repbase
 622
 623         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 624           it. Like: "genomic DNA"
 625
 626      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 627
 628      - entrezgene.pm
 629         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 630           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 631
 632     o Bio::AlignIO
 633
 634      -  maf.pm coordinate problem fixed
 635
 636     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 637
 638      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 639        can be done via Web without downloading all the sequence.
 640
 641     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 642       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 643       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 644       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 645       fully expects to change things in the future.
 646
 647     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 648
 649       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 650
 651       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 652         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 653         to bootstraps.
 654          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 655             $node->bootstrap($node->id);
 656             $node->id('');
 657          }
 658       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 659         LF.
 660
 661       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 662
 663       - Node height and depth now properly calculated
 664
 665       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 666
 667     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 668       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 669       these.
 670
 671     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 672       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 673
 674     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 675       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 676       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 677
 678     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 679
 680     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 681       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 682       branch specific parametes are now supported.
 683
 684     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 685       (joins of joins)
 686
 687     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 688       for getter/setter functions
 689
 690     o Bio::SearchIO
 691
 692       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 693         and possible e+ values
 694
 695       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 696         a full database pathname,
 697
 698       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 699         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 700
 701       - psl off-by-one error fixed
 702
 703       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 704         and HSPs can be constructed from them.
 705
 706       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 707         always available via $hit->description and
 708         $result->query_description
 709
 710       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 711
 712       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 713
 714     o Bio::Tools::Hmmpfam
 715       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 716       allow parse of multiple records
 717
 718
 719 1.5 Developer release
 720
 721     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 722       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 723       respectively.
 724
 725     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 726       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 727       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 728       particularly large multiple sequence alignments.
 729
 730     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 731       be treated similarly as an assembled contig.
 732
 733     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 734       methods for identifying particular codons that encode a given
 735       amino acid.
 736
 737     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 738       a Bio::Coordinate pair directly from a
 739       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 740
 741     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 742       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 743       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 744       results as XML.
 745
 746     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 747
 748     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 749       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 750       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 751       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 752       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 753       Sequence Ontology.
 754
 755     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 756       analysis of protein interaction graphs.
 757
 758     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 759
 760     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 761       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 762
 763     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 764       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 765       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 766       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 767       import.
 768
 769     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 770       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 771
 772     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 773       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 774       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 775       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 776       ontology files are hard-coded into
 777       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 778
 779     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 780       population genetics analyses.
 781
 782     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 783       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 784       overlapping ranges are merged into a single range with the
 785       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 786
 787     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 788       The new -url argument allows one to specify the network address
 789       of a file for input.  -url currently only works for GET
 790       requests, and thus is read-only.
 791
 792     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 793       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 794       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 795       involved in the alignments was the same, but this only worked
 796       when the repeated domain occured without interruption by any
 797       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 798       objects.
 799
 800     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 801       implement the "get_statistics" method to access
 802       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 803       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 804       lambda for BLAST/FASTA).
 805
 806     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 807       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 808
 809     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 810       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 811       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 812       dealing with untyped annotation tags.  All
 813       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 814       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 815
 816     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 817       melting point predictions.
 818
 819     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 820       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 821
 822     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 823       Bio::Species interoperability.
 824
 825     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 826       make_iupac_string() methods.
 827
 828     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 829
 830     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 831
 832     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 833       parsers.
 834
 835     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 836       for designing small inhibitory RNA.
 837
 838     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 839       methods based on a distance matrix.
 840
 841     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 842       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 843       based on provided bootstrap tree topologies.
 844
 845     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 846
 847 1.4 branch
 848
 849 1.4.1
 850
 851   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 852
 853   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 854
 855   o Bio::SearchIO
 856    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 857      (RF lines alone)
 858    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 859    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 860
 861   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 862     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 863     supporting more complex queries
 864
 865
 866 1.4. Stable major release
 867
 868 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
 869
 870    o installable scripts
 871
 872    o global module version from Bio::Root:Version
 873
 874    o Bio::Graphics
 875       - major improvements; SVG support
 876
 877    o Bio::Popgen
 878      - population genetics
 879      - support several population genetics types of questions.
 880      - Tests for statistical neutrality of mutations
 881        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
 882        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
 883        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
 884        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
 885        well.
 886      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
 887        and csv (comma delimited formatted) data.
 888
 889      - a directory for implementing population simulations has
 890        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
 891        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
 892        simulation have been provided.  This replaces the code in
 893        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
 894        methods for generating random phylogenetic trees are
 895        implemented.
 896
 897    o Bio::Restriction
 898       - new restrion analysis modules
 899
 900    o Bio::Tools::Analysis
 901       - web based DNA and Protein analysis framework and several
 902         implementations
 903
 904    o Bio::Seq::Meta
 905      - per residue annotable sequences
 906
 907    o Bio::Matrix
 908       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
 909       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
 910         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
 911         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
 912         Distance matricies respectively.  A generic matrix
 913         implementation for general use was added in
 914         Bio::Matrix::Generic.
 915
 916    o Bio::Ontology
 917      - major changes
 918
 919    o Bio:Tree
 920
 921    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
 922      - small inhibitory RNA
 923
 924    o Bio::SeqFeature::Tools
 925      - seqFeature mapping tools
 926      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
 927        -- deal with mapping GenBank feature collections into
 928           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
 929
 930    o Bio::Tools::dpAlign
 931      - pure perl dynamic programming sequence alignment
 932      - needs Bioperl-ext
 933
 934    o new Bio::SearchIO formats
 935      - axt and psl:  UCSC formats.
 936      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
 937
 938    o new Bio::SeqIO formats
 939      - chado, tab, kegg, tigr, game
 940      - important fixes for old modules
 941
 942    o Bio::AlignIO: maf
 943
 944    o improved Bio::Tools::Genewise
 945
 946    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
 947      stream
 948
 949    o new parsers in Bio::Tools:
 950       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
 951
 952    o Bio::DB::Registry bugs fixed
 953      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
 954      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
 955        used by the OBDA system
 956
 957    o several new HOWTOs
 958      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
 959        Databases
 960
 961    o hundreds of new and improved files
 962
 963
 964    o
 965    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
 966      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
 967
 968
 969 1.2 Branch
 970
 971 1.2.3 Stable release update
 972     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
 973                   handling.
 974     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
 975     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
 976       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
 977     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
 978       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
 979       keywords returns a string and the array is accessible via
 980       get_keywords).
 981     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
 982       Added a new initialization option -nodelete which
 983       won't try and cleanup the containing nodes if this
 984       is true.
 985      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
 986        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
 987        - Also merged main trunk changes to the branch which make
 988          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
 989          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
 990          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
 991          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
 992          tests for this module as well.
 993     o Bio::SearchIO
 994       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
 995         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
 996         the extra unexpeted column).
 997       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
 998         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
 999         although doesn't try to correct it - will get the negative
1000         number for you.  Added a test for this as well.
1001       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1002         has no top-level family classification scores but does have scores and
1003         alignments for individual domains.
1004       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1005         regular expression to match the line was missing the possibility of
1006         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1007         catch it before.
1008       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1009         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1010       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1011         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1012         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1013      o Bio::DB::GFF
1014       - Update for GFF3 compatibility.
1015       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1016       - Added a 1.2003 version number.
1017      o Bio::Graphics
1018       - Updated tutorial.
1019       - Added a 1.2003 version number.
1020      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1021        properly writing keywords out.
1022      o Bio::SeqIO::genbank
1023       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1024         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1025         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1026         string so it is properly formatted.
1027       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1028         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1029         parse in the ORIGIN text.
1030      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1031        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1032        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1033        documentation for more information.
1034      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1035
1036 1.2.2 Stable release update
1037
1038     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1039       - auto-discover ontology name
1040       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1041       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1042       - various smaller issues
1043
1044     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1045       of Bio::Ontology::TermI
1046
1047     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1048
1049     o Bio::DB::GenBank
1050       - eutils URL change
1051       - accession number retrieval fixed
1052
1053     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1054
1055     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1056       #1459 which now properly report alignment start/end info
1057       for translated BLAST/FASTA searches.
1058
1059     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1060
1061     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1062       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1063       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1064       support for bl2seq in the SearchIO system.
1065
1066     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1067       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1068       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1069       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1070
1071     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1072
1073     o Bio::SeqIO::genbank
1074       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1075       - write moltype correctly for genpept
1076
1077 1.2.1 Stable release update
1078
1079     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1080
1081     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1082       BioSQL releases against 1.2.1
1083
1084     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1085
1086     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1087       the primary accession number
1088
1089     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1090
1091     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1092
1093 1.2  Stable major release
1094
1095     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1096
1097     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1098       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1099
1100     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1101       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1102       Hmmpfam parser.
1103
1104     o New ontology parsing Bio::Ontology
1105
1106     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1107       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1108
1109     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1110
1111     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1112
1113     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1114       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1115
1116     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1117       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1118       features into different coordinate systems.
1119
1120     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1121       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1122       NCBI eutils interface.
1123
1124     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1125       object for extracting subsets of features : currently only
1126       supports extraction by location.
1127
1128 1.1.1 Developer release
1129
1130     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1131
1132     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1133       a domain of Bioperl.
1134
1135     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1136       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1137
1138     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1139       have been addressed.
1140
1141     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1142
1143     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1144
1145     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1146       A global _load_module method was implemented to simplify the
1147       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1148       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1149       etc).
1150
1151     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1152       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1153
1154     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1155       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1156       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1157       before 1.2 release.
1158
1159     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1160
1161 1.1 Developer release
1162
1163     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1164       this separation removes some of the complexity in our test suite
1165       and separates the core modules in bioperl from those that need
1166       external programs to run.
1167
1168     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1169       not run into trouble running the makefile
1170
1171     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1172       read,create,and write locations for grouped/split locations
1173       (like mRNA features on genomic sequence).
1174
1175     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1176       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1177
1178     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1179       paraphyly, least common ancestor, etc.
1180
1181     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1182
1183     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1184       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1185
1186     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1187       a pseudo-blast textfile format
1188
1189
1190 1.0.2 Bug fix release
1191
1192     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1193       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1194       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1195       on our main development branch and the functionality will be
1196       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1197       Fall 2002.
1198
1199     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1200       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1201       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1202       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1203
1204     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1205       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1206       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1207       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1208       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1209       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1210       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1211       implementation in BlastHSP).
1212
1213     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1214       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1215
1216     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1217
1218     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1219       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1220       unbalanced trees.
1221
1222     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1223       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1224       -seqid becamse -seq_id.
1225
1226     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1227       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1228       the alignment when the best alignment starts internally in the
1229       sequence.
1230
1231 1.0.1 Bug fix release
1232
1233     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1234
1235     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1236       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1237
1238     o Small API change to add methods for completeness across
1239       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1240       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1241       as the BlastXX objects.
1242         * Bio::Search::Result::ResultI
1243          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1244            iterator method)
1245
1246         * Bio::Search::Hit::HitI
1247          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1248            iterator method)
1249
1250     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1251        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1252        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1253        has to be done here to make it work properly and will nee major
1254        API changes.
1255
1256     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1257        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1258        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1259
1260     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1261       tests added.
1262
1263     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1264
1265     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1266
1267     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1268       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1269       the newline.
1270
1271 1.0.0 Major Stable Release
1272
1273   This represents a major release of bioperl with significant
1274   improvements over the 0.7.x series of releases.
1275
1276     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1277       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1278
1279     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1280       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1281
1282     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1283       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1284       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1285       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1286       documentation in Bio::Biblio for more information.
1287
1288     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1289       Open Bioinformatics Database Access.  See
1290       http://obda.open-bio.org for more information.
1291
1292     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1293       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1294       local database.
1295
1296     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1297       been added by Lincoln Stein.
1298
1299     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1300
1301     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1302       a starting point for frequent questions and issues.
1303
1304 0.9.3 Developer's release
1305
1306     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1307       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1308       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1309       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1310
1311     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1312       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1313       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1314       modules.
1315
1316     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1317       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1318
1319     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1320       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1321       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1322       Bio::DB::GFF databases.
1323
1324 0.9.2 Developer's release
1325
1326     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1327       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1328       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1329
1330     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1331       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1332       statistics module for evaluating.
1333
1334     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1335       server for DAS servers.
1336
1337     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1338       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1339       for the data stream.
1340
1341     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1342       functionality.
1343
1344     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1345
1346     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1347       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1348
1349     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1350       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1351
1352     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1353       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1354       remote servers.
1355
1356     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1357       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1358       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1359       previous system.
1360
1361     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1362
1363     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1364       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1365
1366     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1367       strictly enforced.
1368
1369     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1370       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1371
1372     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1373       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1374
1375 0.9.0 Developer's release
1376
1377     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1378
1379     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1380       blast jobs at NCBI.
1381
1382     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1383
1384     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1385       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1386       Promotor, PolyA and Transcript.
1387
1388     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1389
1390     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1391       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1392
1393     o Various fixes to Variation toolkit
1394
1395     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1396       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1397       and dbs in a single interface.
1398
1399     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1400
1401     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1402       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1403
1404     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1405
1406 0.7.2 Bug fix release
1407
1408     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1409       to be runnable in many (but not all modules)
1410
1411     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1412
1413     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1414       split locations
1415
1416     o Bio::SeqIO::genbank
1417         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1418         * moltype and molecule separation
1419
1420     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1421
1422     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1423       sequence calculation
1424
1425     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1426
1427     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1428       major changes are not on the 0.7 branch.
1429
1430     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1431       with File::Spec
1432
1433     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1434         in several types of mutations:
1435         1.) AA level: deletion, complex
1436         2.) AA level: complex, inframe
1437         3.) RNA level: silent
1438
1439     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1440        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1441        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1442        way to test if report was empty is to see if
1443        $report->query->seqname is undefined.
1444
1445 0.7.1 Bug fix release
1446
1447     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1448       related to Feature table parsing and locations on remote
1449       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1450
1451     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1452       which include a number of header lines.
1453
1454     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1455       spaces where appropriate).
1456
1457     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1458       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1459
1460     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1461       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1462       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1463
1464     o A moderate number of documentation improvements were made as
1465       well to provide a better code synopsis in each module.
1466
1467
1468 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1469      Object system, new parsers, new functionality and
1470      all round better system. Highlights are:
1471
1472
1473      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1474        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1475
1476      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1477        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1478        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1479
1480      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1481        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1482        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1483        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1484        feature tables for complex locations.
1485
1486      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1487        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1488        a temporary file as a backend.
1489
1490      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1491        CDS retrieval and exon shuffling.
1492
1493      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1494
1495      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1496        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1497
1498      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1499        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1500
1501      o New Alignment IO framework
1502
1503      o New Index modules (Swissprot)
1504
1505      o New modules for running Blast within perl
1506        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1507        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1508        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1509
1510      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1511        documentation across the package.
1512
1513      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1514        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1515        setup (see PLATFORMS).
1516
1517      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1518        maintainability benefit a lot.
1519
1520      o A total of 957 automatic tests
1521
1522
1523 0.6.2
1524
1525    There are very few functionality changes but a large
1526    number of software improvements/bug fixes across the package.
1527
1528    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1529
1530    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1531      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1532      wait for 0.7 release
1533
1534    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1535
1536    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1537      fixed.
1538
1539    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1540
1541    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1542      set have been removed
1543
1544    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1545      have improved compliance with interface specs and documentation
1546
1547    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1548
1549    o Most minor bug fixes have happened.
1550
1551    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1552      rather than the deprecated syntax
1553
1554
1555 0.6.1  Sun April 2 2000
1556
1557    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1558         - The sequence features can be read from or written to
1559           EMBL and GenBank style flat files
1560
1561    o Objects for Annotation, including References (but not
1562      full medline abstracts), Database links and Comments are
1563      provided
1564
1565    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1566      is provided
1567
1568    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1569
1570    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1571      support and better overall behaviour.
1572
1573    o Flat file indexed databases provide both random access
1574      and sequential access to their component sequences.
1575
1576    o A CodonTable object has been written with all known
1577      CodonTables accessible.
1578
1579    o A number of new lightweight analysis tools have been
1580      added, such as molecular weight determination.
1581
1582     The 0.6 release also has improved software engineering
1583
1584    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1585      maintainable and easier to implement objects. These
1586      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1587
1588    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1589      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1590      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1591
1592      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1593      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1594      bioperl.
1595
1596    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1597      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1598      over arguments.
1599
1600    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1601      tests are now run before release).
1602
1603
1604
1605 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1606         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1607           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1608           and SimpleAlign.
1609         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1610           including better exception handling and PSI-Blast
1611           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1612         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1613           Follow the instructions in README for how to install
1614           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1615         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1616           objects are returned and where strings are returned.
1617         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1618           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1619         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1620
1621 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1622         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1623           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1624           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1625         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1626           sequence reformatting code out of the sequence object
1627         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1628           generic index capabilities and specifically works for
1629           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1630           databases
1631         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1632           databases, both via flat file + index (see above) and
1633           via http to NCBI
1634         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1635           are put has been started.
1636         - Many changes - a better distribution all round.
1637
1638 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1639         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1640           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1641         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1642         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1643         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1644         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1645           get_newline() since it could return more than one char.
1646         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1647         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1648         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1649         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1650         - Beefed up SimpleAlign.t test
1651
1652 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1653         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1654           script is run as a CGI and suppress output that is only
1655           appropriate when running interactively.
1656         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1657         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1658           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1659         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1660           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1661         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1662           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1663         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1664           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1665           -debug argument.
1666         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1667           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1668           creation and autodetect newline characters in files/streams
1669           (see bug report #19).
1670         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1671           Utilities::create_filehandle().
1672         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1673           of hardwiring in "\n".
1674         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1675
1676 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1677         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1678           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1679         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1680           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1681         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1682           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1683           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1684         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1685           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1686           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1687
1688 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1689         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1690           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1691         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1692           with make clean.
1693
1694 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1695         - Lots of new modules added including:
1696            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1697              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1698              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1699            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1700            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1701         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1702         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1703         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1704           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1705           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1706
1707 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1708         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18