t/trim.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 #####
   5 #
   6 # this test script tests working within the chromat_dir,phd_dir,edit_dir structure
   7 # it also tests the ability of Trim.pm to do its thing
   8 #
   9 #####
  10
  11 use strict;
  12
  13 BEGIN {
  14     use lib 't/lib';
  15     use BioperlTest;
  16
  17     test_begin(-tests => 6);
  18
  19         use_ok('Bio::Tools::Alignment::Consed');
  20 }
  21
  22 # scope some variables
  23 my($o_consed,@singlets,@singletons,@pairs,@doublets,@multiplets,$invoker);
  24
  25 # instantiate a new object
  26 $o_consed = Bio::Tools::Alignment::Consed->new( -acefile        =>test_input_file("consed_project","edit_dir","test_project.fasta.screen.ace.1"));
  27 ok ( $o_consed && defined $o_consed, 'create new CSM::Consed object' ) ;
  28
  29 # set the verbosity to a valid value (0)
  30 my $verbosity = $o_consed->set_verbose(0);
  31
  32 # test 3
  33 isa_ok($o_consed,'Bio::Tools::Alignment::Consed');
  34
  35 # test 4
  36 $invoker = $o_consed->set_singlets("verbosely");
  37 ok ( $invoker != 1, 'singlets can be successfully set');
  38
  39 ok ( ! $o_consed->set_singlet_quality(), 'singlet quality can be set' );
  40 ok ( ! $o_consed->set_trim_points_singlets_and_singletons(), 'singleton/singlet qualities can be set' );
  41
  42 # TODO? huh? are these tests really valid, is Trim even being tested here?