t/TreeStatistics.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: RandomTreeFactory.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 13);
  11
  12     use_ok('Bio::TreeIO');
  13     use_ok('Bio::Tree::Statistics');
  14 }
  15
  16
  17 use Data::Dumper;
  18 my $in = Bio::TreeIO->new(-format => 'nexus',
  19                           -file   => test_input_file('traittree.nexus'));
  20 my $tree = $in->next_tree;
  21 my $node = $tree->find_node(-id => 'N14');
  22
  23
  24 my $stats = Bio::Tree::Statistics->new();
  25 is $stats->cherries($tree), 8, 'cherries';
  26 is $stats->cherries($tree, $node), 4, 'cherries';
  27
  28 # traits
  29 my $key = $tree->add_trait(test_input_file('traits.tab'), 3);
  30 is ($key, 'intermediate', 'read traits');
  31
  32 is $stats->ps($tree, $key), 5, 'parsimony score';
  33 is $stats->ps($tree, $key, $node), 1, 'subtree parsimony score';
  34
  35 is $stats->ai($tree, $key), 0.628906, 'association index';
  36 is $stats->ai($tree, $key, $node), 0.062500, 'subtree association index';
  37
  38 my $mc = $stats->mc($tree, $key);
  39 is ($mc->{blue}, 2, 'monophyletic clade size');
  40 is ($mc->{red}, 4, 'monophyletic clade size');
  41 $node = $tree->find_node(-id => 'N10');
  42 $mc = $stats->mc($tree, $key, $node);
  43 is ($mc->{blue}, 2, 'monophyletic clade size');
  44 is ($mc->{red}, 2, 'monophyletic clade size');