t/Molphy.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 18,
  11                            -requires_module => 'IO::String');
  12
  13         use_ok('Bio::Tools::Phylo::Molphy');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 my $inmolphy = Bio::Tools::Phylo::Molphy->new(-file => test_input_file('lysozyme6.simple.protml'));
  19 ok($inmolphy);
  20 my $r = $inmolphy->next_result;
  21 ok($r);
  22 is($r->model, 'JTT');
  23 is($r->search_space,50);
  24 my @trees;
  25 while( my $t = $r->next_tree ) {
  26     push @trees, $t;
  27 }
  28 is(@trees,5);
  29  $inmolphy = Bio::Tools::Phylo::Molphy->new(-file => test_input_file('lysozyme6.protml'));
  30 ok($inmolphy);
  31 $r = $inmolphy->next_result;
  32 is($r->model, 'JTT');
  33 is($r->search_space,50);
  34 @trees = ();
  35 while( my $t = $r->next_tree ) {
  36     push @trees, $t;
  37 }
  38 is(@trees,5);
  39
  40 is($trees[0]->score, -1047.8);
  41 is($trees[-1]->id, 9);
  42
  43 my $tpm = $r->transition_probability_matrix;
  44 is($tpm->{'Val'}->{'Val'}, -122884);
  45 is($tpm->{'Ala'}->{'Arg'}, 2710);
  46
  47 my $sub_mat = $r->substitution_matrix;
  48 is($sub_mat->{'Val'}->{'Tyr'}, 50);
  49 is($sub_mat->{'Arg'}->{'Ile'}, 72);
  50 is($sub_mat->{'Met'}->{'Met'}, '');
  51
  52 my %fmat = $r->residue_frequencies();
  53 is($fmat{'D'}->[0], 0.052);